Seznam softwaru pro funkční připojení - List of functional connectivity software

Funkční konektivita software se používá ke studiu funkčních vlastností konektom použitím funkční zobrazování magnetickou rezonancí (fMRI) údaje v klidový stav a během úkolů. Chcete-li získat přístup k mnoha z těchto softwarových aplikací, navštivte web NIH financován Neuroimaging Informatics Tools and Resources Clearinghouse (NITRC) stránky.

názevPopisProgramovací jazykJe součástí / vyžadujeVývojář / organizace
Sada nástrojů pro připojení k mozku[1]Graficko-teoretické analýzy funkční konektivityMatlabKatedra psychologických věd a věd o mozku, Indiana University
Brain Modulyzer [2]Prozkoumejte hierarchické procesy funkčních mozkových sítíKrajtaUS Dept. of Energy, Lawrence Berkeley National Laboratory
Prohlížeč BrainNet[3]Nástroj pro vizualizaci mozkové sítěMatlabNárodní klíčová laboratoř kognitivních neurovědy a učení, Pekingská normální univerzita
Brainwaver[4]Extrakce a analýza mozkové konektivityRvlnyCentre National de la Recherche Scientifique, Laboratoř GIPSA [fr ], Univerzita v Cambridge
C-PAC[5]Kanál analýzy funkční konektivityKrajtaInstitut dětské mysli; Nathan Kline Institute; NYU Langone Medical Center
PŘIPOJIT[6]Nástroj pro analýzu a zobrazení funkční konektivityMatlabSPMMcGovern Institute for Brain Research, Massachusetts Institute of Technology: MIT
Pracovní stůl ConnectomeVizualizační a objevovací nástrojKrajtaInstitut dětské mysli, Nathan Kline Institute, NYU Langone Medical Center
cPPI[7]Analýza funkční konektivity související s úkolemMatlabSPMMonash Clinical and Imaging Neuroscience
DCM[8]Analýza dynamického kauzálního modelováníMatlabSPMWellcome Trust Center for Neuroimaging, University College London
TLUSTÁ KOČKA[9]Analýza funkční a traktografické konektivityCAFNIVědecké a statistické výpočetní jádro, Národní institut duševního zdraví: NIMH
FSFC[10]Analýza funkční konektivity založená na osivuShellFreeSurferMartinos Center for Biomedical Imaging
Fubraconnex[11]Nástroj pro vizuální analýzu funkční konektivityCTechnologická univerzita v Delftu
DÁREK[12]Analýza nezávislých komponentMatlabMedical Image Analysis Lab, The Mind Research Network
gPPI[13]Analýza funkční konektivity související s úkolemMatlabSPMUniversity of Wisconsin Madison
Teoretický graf GLM Toolbox[14]Analýza teorie grafů a potrubí předzpracování fMRIMatlabBoston University School of Medicine, VA Boston Healthcare System
Graphvar[15]Graficko-teoretický analytický nástrojMatlabOddělení výzkumu mysli a mozku, Charité Universitätsmedizin
MELODICKÝ[16]Analýza nezávislých komponentCFSLZobrazování funkční magnetické rezonance skupiny pro analýzu mozku, Oxfordská univerzita
NIAK[17]Knihovna pro analýzu neuroimaginguMatlab, OktávaVýzkumné centrum Montrealského geriatrického institutu, University of Montreal
nilearn[18]Strojové učení pro Neuro-Imaging v PythonuKrajtaTým projektu INRIA Parietal, Neurospin, CEA Institute
ZBYTEK[19]Nástroj pro analýzu funkční konektivity v klidovém stavuMatlabStátní klíčová laboratoř kognitivních neurovědy a učení, Pekingská normální univerzita

Viz také

Reference

  1. ^ Rubinov, M .; Sporns, O. (2010). "Složité síťové míry propojení mozku: použití a interpretace". NeuroImage. 52 (3): 1059–1069. doi:10.1016 / j.neuroimage.2009.10.003. PMID  19819337.
  2. ^ Murugesan, S .; Bouchard, K .; Brown, J. A .; Hamann, B .; Seeley, W. W .; Trujillo, A .; Weber, G. H. (01.01.2016). „Brain Modulyzer: Interaktivní vizuální analýza funkčního propojení mozku“ (PDF). Transakce IEEE / ACM na výpočetní biologii a bioinformatiku. PP (99): 805–818. doi:10.1109 / TCBB.2016.2564970. ISSN  1545-5963. PMC  5585064. PMID  28113724.
  3. ^ Xia, M .; Wang, J .; On, Y. (2013). „BrainNet Viewer: síťový vizualizační nástroj pro konektomiku lidského mozku“. PLOS ONE. 8 (7): e68910. doi:10.1371 / journal.pone.0068910. PMC  3701683. PMID  23861951.
  4. ^ Achard, S .; Salvador, R .; Whitcher, B .; Suckling, J .; Bullmore, Ed (2006). „Brainwaver: Základní waveletová analýza vícerozměrných časových řad s vizualizací a parametrizací pomocí teorie grafů“. J. Neurosci. 26 (1): 63–72. doi:10.1523 / JNEUROSCI.3874-05.2006. PMID  16399673.
  5. ^ Di Martino, A .; et al. (2014). „Výměna dat zobrazování mozku autismu: směrem k rozsáhlému hodnocení vnitřní architektury mozku v autismu“. Mol. Psychiatrie. 19 (6): 659–667. doi:10,1038 / mp.2013,78. PMC  4162310. PMID  23774715.
  6. ^ Whitfield-Gabrieli, S .; Nieto-Castanon, A. (2012). "Conn: funkční sada nástrojů pro připojení pro korelované a antikorelační mozkové sítě". Brain Connect. 2 (3): 125–141. doi:10.1089 / brain.2012.0073. PMID  22642651.
  7. ^ Fornito, A .; Harrison, B. J .; Zalesky, A .; Simons, J.S. (2012). „Konkurenční a kooperativní dynamika rozsáhlých mozkových funkčních sítí podporujících vzpomínky“. PNAS. 109 (31): 12788–12793. doi:10.1073 / pnas.1204185109. PMC  3412011. PMID  22807481.
  8. ^ Friston, K. J .; Kahan, J .; Biswal, B .; Razi, A. (2014). „DCM pro klidový stav fMRI“. NeuroImage. 94: 396–407. doi:10.1016 / j.neuroimage.2013.12.009. PMC  4073651. PMID  24345387.
  9. ^ Taylor, P. A .; Saad, Z. S. (2013). „FATCAT: (efektivní) sada nástrojů pro analýzu funkční a traktografické konektivity“. Brain Connect. 3 (5): 523–535. doi:10.1089 / brain.2013.0154. PMC  3796333. PMID  23980912.
  10. ^ Fischl, B. FreeSurfer (2012). „FreeSurfer“. NeuroImage. 62 (2): 774–781. doi:10.1016 / j.neuroimage.2012.01.021. PMC  3685476. PMID  22248573.
  11. ^ van Dixhoorn, A.F., Vissers, B., Ferrarini, L., Milles, J. a Botha, C.P. (2010). Vizuální analýza funkčního propojení a anatomie mozku v klidovém stavu, Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine
  12. ^ Calhoun, V. D., Adali, T. Pearlson, G. D. & Pekar, J. J. (2001). Metoda pro vytváření skupinových závěrů z funkčních dat MRI pomocí analýzy nezávislých komponent. Hučení. Brain Mapp. 14, 140–151
  13. ^ McLaren, D.G., Ries, M.L., Xu, G., Johnson, S.C. (2012). Zobecněná forma kontextově závislých psychofyziologických interakcí (gPPI): Srovnání se standardními přístupy, NeuroImage, 61 (4), 1277-1286
  14. ^ Spielberg, Jeffrey M .; McGlinchey, Regina E .; Milberg, William P .; Salat, David H. (2015). "Porucha mozkové sítě související s posttraumatickým stresem a traumatickým poraněním mozku u veteránů". Biologická psychiatrie. 78 (3): 210–216. doi:10.1016 / j.biopsych.2015.02.013. PMID  25818631.
  15. ^ Kruschwitz, J. D .; List, D .; Waller, L .; Rubinov, M .; Walter, H. (2015). „GraphVar: Uživatelsky přívětivý soubor nástrojů pro komplexní analýzu grafů funkční konektivity mozku“. Journal of Neuroscience Methods. 245: 107–115. doi:10.1016 / j.jneumeth.2015.02.021. PMID  25725332.
  16. ^ Beckmann, C. F .; DeLuca, M .; Devlin, J. T .; Smith, S. M. (2005). „Vyšetřování konektivity v klidovém stavu pomocí analýzy nezávislých komponent“. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 360 (1457): 1001–1013. doi:10.1098 / rstb.2005.1634. PMC  1854918. PMID  16087444.
  17. ^ Bellec, P .; et al. (2012). „Potrubní systém pro Octave a Matlab (PSOM): lehký skriptovací rámec a spouštěcí stroj pro vědecké pracovní postupy“. Přední. Neuroinformace. 6: 7. doi:10.3389 / fninf.2012.00007. PMC  3318188. PMID  22493575.
  18. ^ Abraham, A., Pedregosa, F., Eickenberg, M., Gervais, P., Mueller, A., Kossaifi, J., ... & Varoquaux, G. (2014). Strojové učení pro neurozobrazování pomocí scikit-learn. Frontiers in neuroinformatics, 8
  19. ^ Song, X. W .; et al. (2011). „REST: sada nástrojů pro zpracování dat funkční magnetické rezonance v klidovém stavu“. PLOS ONE. 6 (9): e25031. doi:10.1371 / journal.pone.0025031. PMC  3176805. PMID  21949842.