Mřížový model (biofyzika) - Lattice model (biophysics)

Mřížové modely v biofyzice představují třídu statisticko-mechanických modelů, které považují biologickou makromakromolekulu (jako je DNA, protein, aktin atd.) Za mřížku jednotek, přičemž každá jednotka je v různých stavech nebo konformacích.

Například, DNA v chromatinu lze reprezentovat jako jednorozměrnou mříž, jejíž základní jednotky jsou nukleotid, základní pár nebo nukleosom. Různé stavy jednotky lze realizovat buď chemickými úpravami (např. Methylace DNA nebo modifikace vázané na DNA histony ), nebo kvůli kvantovaným vnitřním stupňům volnosti (např. různé úhly vazby spojující dvě sousední jednotky), nebo kvůli vazebným událostem zahrnujícím danou jednotku (např. reverzibilní vazba malých ligandy nebo bílkoviny na DNA nebo vázání / oddělování dvou komplementární nukleotidy v páru bází DNA).[1]

Modely vázající DNA-ligand

Modely tání DNA s dvojitou šroubovicí

Modely DNA coil-globule / fraktály

Reference

  1. ^ Teif VB, Rippe K. (2010). "Statisticko-mechanické mřížkové modely pro vazbu protein-DNA v chromatinu". J. Phys .: Condens. Hmota. 22 (41): 414105. arXiv:1004.5514. Bibcode:2010JPCM ... 22O4105T. doi:10.1088/0953-8984/22/41/414105. PMID  21386588. S2CID  103345.

Další čtení

  • Ewans J. W. (1993). Náhodná a kooperativní sekvenční adsorpce. Rev. Mod. Phys., 65, 1281-1329]
  • Polsko D., Scheraga H.A. (1970). Teorie přechodů Helix-Coil v biopolymerech: Statistická mechanická teorie přechodů poruchy řádu v biologických makromolekulách. Academic Press, 797 stran.
  • Khokhlov A.R., Grosberg A.Yu. 1997. Statistická fyzika makromolekul. ISBN  1563960710