Jen další Gibbsův vzorkovač - Just another Gibbs sampler - Wikipedia

JAGS
Původní autořiMartyn Plummer
První vydání11. prosince 2007 (2007-12-11)
Stabilní uvolnění
4.3.0 / 18. července 2017 (2017-07-18)
Úložiště
Upravte to na Wikidata
NapsánoC ++
Operační systémUnixový, Microsoft Windows, Mac OS X
PlošinaIntel x86 - 32bitový, x64
Velikost1.7 MB
TypStatistický balíček
LicenceGNU General Public License
webová stránkamcmc-jags.sourceforge.síť

Jen další Gibbsův vzorkovač (JAGS) je program pro simulaci z Bayesovských hierarchických modelů pomocí Markovský řetězec Monte Carlo (MCMC), vyvinutý Martynem Plummerem. Společnost JAGS byla zaměstnána pro statistické práce v mnoha oblastech, například v ekologii, managementu a genetice.[1][2][3]

JAGS si klade za cíl kompatibilitu s WinBUGS /OpenBUGS prostřednictvím použití dialektu stejného modelovacího jazyka (neformálně, CHYBY), ale neposkytuje žádné grafické uživatelské rozhraní pro vytváření modelů a následné zpracování MCMC vzorků, s nimiž je tedy třeba zacházet v samostatném programu (například volání JAGS z R prostřednictvím knihovny, jako jsou rjags a post-processing MCMC výstup v R).[4]

Hlavní výhoda JAGS ve srovnání s členy původní rodiny BUGS (WinBUGS a OpenBUGS ) je jeho nezávislost na platformě. Je napsán v C ++, zatímco rodina BUGS je zapsána Součást Pascal, méně známý programovací jazyk.[5][6] Kromě toho je JAGS již součástí mnoha úložišť distribucí Linuxu, jako je Ubuntu. Lze jej také zkompilovat jako 64bitovou aplikaci na 64bitových platformách, čímž se modelům BUGS zpřístupní veškerý adresovatelný prostor.

JAGS lze použít prostřednictvím příkazového řádku nebo spustit v dávkovém režimu prostřednictvím souborů skriptu. To znamená, že není nutné znovu nastavovat nastavení při každém spuštění a že program lze volat a ovládat z jiného programu (např. Z R prostřednictvím rjagů, jak je uvedeno výše).

JAGS je licencován pod GNU General Public License.

Viz také

Reference

  1. ^ Semmens, B. X .; Ward, E. J .; Moore, J. W .; Darimont, C. T. (2009). Getz, Wayne M (ed.). „Vyčíslení mezipopulační a intraopulační variability výklenku pomocí hierarchických Bayesovských stabilních modelů míchání izotopů“. PLOS ONE. 4 (7): e6187. Bibcode:2009PLoSO ... 4.6187S. doi:10.1371 / journal.pone.0006187. PMC  2704373. PMID  19587790.
  2. ^ Johnson, T. R.; Kuhn, K. M. (2013). "Bayesian Thurstonian modely pro hodnocení dat pomocí JAGS". Metody výzkumu chování. 45 (3): 857–872. doi:10,3758 / s13428-012-0300-3. PMID  23539504.
  3. ^ McKeigue, P. M .; Campbell, H .; Wild, S .; Vitart, V .; Hayward, C .; Rudan, I .; Wright, A. F .; Wilson, J. F. (2010). „Bayesovské metody pro instrumentální analýzu proměnných pomocí genetických nástrojů („ Mendelovská randomizace “): Příklad s transportérem urátů SLC2A9 jako instrumentální proměnnou pro účinek hladin urátů na metabolický syndrom.“. International Journal of Epidemiology. 39 (3): 907–918. doi:10.1093 / ije / dyp397. PMC  2878456. PMID  20348110.
  4. ^ Martyn Plummer (2003). JAGS: Program pro analýzu Bayesiánských grafických modelů pomocí Gibbsova vzorkování, Sborník ze 3. mezinárodního semináře o distribuovaných statistických výpočtech (DSC 2003), 20. – 22. Března, Vídeň, Rakousko. ISSN 1609-395X.
  5. ^ Lunn, David; Spiegelhalter, David; Thomas, Andrew; Nejlepší, Nicky (2009). „Projekt BUGS: Evoluce, kritika a budoucí směry“ (PDF). Statistika v medicíně. 28 (25): 3049–3067. doi:10,1002 / sim. 3680. PMID  19630097. Archivovány od originál (PDF) dne 15. 9. 2012.
  6. ^ Simon Jackman (2009). Bayesovská analýza pro sociální vědy. Wiley Series in Probability and Statistics, svazek 845. John Wiley and Sons. ISBN  978-0-470-01154-6.

externí odkazy