JASPAR - JASPAR - Wikipedia

JASPAR
Database.png
Obsah
Popisotevřená databáze profilů vazebných transkripčních faktorů
Typy dat
zajat		Eukaryotický transkripční faktory, jejich vazebná místa a profily vazeb
Organismyeukaryoty
Kontakt
AutořiSandelin, A
Primární citaceSandelin, A. a kol. (2004) [1]
Datum vydání2004
Přístup
webová stránkahttp://jaspar.genereg.net/

JASPAR je otevřený přístup a široce používaný databáze ručně kurátorských, nepotřebných transkripční faktor (TF) vazebné profily uložené jako matice kmitočtu polohy (PFM) a flexibilní modely transkripčního faktoru (TFFM)[2] pro TF z druhů ze šesti taxonomické skupiny. Z dodaných PFM mohou uživatelé generovat polohové váhové matice (PWM). Databáze JASPAR byla zavedena v roce 2004. V letech 2006, 2008, 2010, 2014, 2016 a 2018, což je nejnovější vydání JASPAR, bylo pět hlavních aktualizací a nových verzí.[3][4][5][6][7][8]

Dostupnost

Databáze JASPAR je open-source a je volně dostupná pro vědeckou komunitu na adrese http://jaspar.genereg.net/.

Podobné databáze

  • TRANSFAC - Databáze transkripčních faktorů
  • HOCOMOCO - HOmo sapiens CO Úplná MOdel COllection
  • PAZAR - Databáze se zaměřením na experimentálně ověřená vazebná místa transkripčních faktorů
  • TFe - encyklopedie transkripčního faktoru
  • AnimalTFDB - Databáze faktorů transkripce zvířat
  • PlantCARE - cis-regulační prvky a transkripční faktory v rostlinách (2002)
  • RegTransBase - místa vázající transkripční faktor v různých souborech bakterií.
  • RegulonDB - Primární databáze transkripční regulace v EU Escherichia coli
  • TRRD - Transcription Regulatory Regions Database, hlavně o regulačních regionech a TF-vazebných stránkách
  • PlantRegMap Regulační mapa transkripce rostlin

Reference

  1. ^ Sandelin, A; Alkema, W; Engström, P; Wasserman, WW; Lenhard, B (1. ledna 2004). „JASPAR: databáze s otevřeným přístupem pro profily vázání eukaryotických transkripčních faktorů“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (Problém s databází): D91-4. doi:10.1093 / nar / gkh012. PMC  308747. PMID  14681366.
  2. ^ Mathelier, A; Wasserman, W.W. (5. září 2013). „Nová generace predikce stránek vázajících transkripční faktory“. PLOS výpočetní biologie. 9 (9): e1003214. Bibcode:2013PLSCB ... 9E3214M. doi:10.1371 / journal.pcbi.1003214. PMC  3764009. PMID  24039567.
  3. ^ Vlieghe, D; Sandelin, A; De Bleser, PJ; Vleminckx, K; Wasserman, WW; van Roy, F; Lenhard, B (1. ledna 2006). „Nová generace JASPAR, úložiště s otevřeným přístupem pro profily vazebných stránek transkripčních faktorů“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): D95-7. doi:10.1093 / nar / gkj115. PMC  1347477. PMID  16381983.
  4. ^ Bryne, JC; Valen, E; Tang, MH; Marstrand, T; Winther, O; da Piedade, I; Krogh, A; Lenhard, B; Sandelin, A (leden 2008). „JASPAR, databáze otevřeného přístupu profilů vázání transkripčních faktorů: nový obsah a nástroje v aktualizaci z roku 2008“. Výzkum nukleových kyselin. 36 (Problém s databází): D102-6. doi:10.1093 / nar / gkm955. PMC  2238834. PMID  18006571.
  5. ^ Portales-Casamar, E; Thongjuea, S; Kwon, AT; Arenillas, D; Zhao, X; Valen, E; Yusuf, D; Lenhard, B; Wasserman, WW; Sandelin, A (leden 2010). „JASPAR 2010: značně rozšířená otevřená databáze profilů vazebných transkripčních faktorů“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s databází): D105-10. doi:10.1093 / nar / gkp950. PMC  2808906. PMID  19906716.
  6. ^ Mathelier, A; Zhao, X; Zhang, AW; Parcy, F; Worsley-Hunt, R; Arenillas, DJ; Buchman, S; Chen, CY; Chou, A; Ienasescu, H; Lim, J; Shyr, C; Tan, G; Zhou, M; Lenhard, B; Sandelin, A; Wasserman, WW (leden 2014). „JASPAR 2014: rozsáhle rozšířená a aktualizovaná otevřená databáze profilů vazebných transkripčních faktorů“. Výzkum nukleových kyselin. 42 (Problém s databází): D142-7. doi:10.1093 / nar / gkt997. PMC  3965086. PMID  24194598.
  7. ^ Mathelier, A; Fornes, O; Arenillas, DJ; Chen, CY; Denay, G; Lee, J; Shi, W; Shyr, C; Tan, G; Worsley-Hunt, R; Zhang, AW; Parcy, F; Lenhard, B; Sandelin, A; Wasserman, WW (4. ledna 2016). „JASPAR 2016: zásadní rozšíření a aktualizace databáze otevřeného přístupu profilů vazebných transkripčních faktorů“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (D1): D110-5. doi:10.1093 / nar / gkv1176. PMC  4702842. PMID  26531826.
  8. ^ Khan, Aziz; Fornes, Oriol; Stigliani, Arnaud; Gheorghe, Marius; Castro-Mondragon, Jaime A .; van der Lee, Robin; Bessy, Adrien; Chèneby, Jeanne; Kulkarni, Shubhada R .; Tan, Ge; Baranasic, Damir; Arenillas, David J .; Sandelin, Albin; Vandepoele, Klaas; Lenhard, Boris; Ballester, Benoît; Wasserman, Wyeth W .; Parcy, François; Mathelier, Anthony (13. listopadu 2017). „JASPAR 2018: update of the open-access database of transcription factor binding profiles and its web framework“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (D1): D260 – D266. doi:10.1093 / nar / gkx1126. PMC  5753243. PMID  29140473.