Mezinárodní konsorcium pro fenotypizaci myší - International Mouse Phenotyping Consortium

Mezinárodní konsorcium pro fenotypizaci myší
International Mouse Phenotyping Consortium logo.jpg
Obsah
PopisEncyklopedie fenotypy z knockoutovaných myší.
OrganismyMyš
Kontakt
Primární citaceBrown a Moore, 2012[1]
Datum vydání2011
Přístup
webová stránkahttp://www.mousephenotype.org

The Mezinárodní konsorcium pro fenotypizaci myší (IMPC) je mezinárodní vědecké úsilí vytvořit a charakterizovat fenotyp 20 000 knockout myš kmeny.[1][2][3] Zahájeno v září 2011,[1] konsorcium se skládá z více než 15 výzkumných ústavů na čtyřech kontinentech s financováním poskytovaným NIH, Evropské národní vlády a partnerské instituce.[4]

Předpokládá se, že tato iniciativa bude trvat 10 let (do roku 2021) a zaměří se na analýzu homozygotní mutant myši generované na isogenní C57BL / 6 N pozadí od International Knockout Mouse Consortium. Myší kmeny jsou charakterizovány široce založeným fenotypizačním potrubím, které je zaměřeno na odhalení vhledů do lidských onemocnění měřením embryonálních, neuromuskulárních, senzorických, kardiovaskulárních, metabolických, respiračních, hematologických a neurologických parametrů.[1][5]Protokoly používané k hodnocení těchto fenotypů byly standardizovány napříč partnery IMPC a jsou k dispozici na IMPReSS.[5]

Kmeny myší generované partnery IMPC jsou uloženy v úložišti KOMP [6] a Evropský archiv mutantních myší.[7] V mnoha případech budou archivovány kmeny nesoucí jeden ze dvou typů alel - nulová alela použitá v primárním fenotypizačním potrubí IMPC a podmíněná připravená alela, která umožňuje knockouty omezené na tkáně prostřednictvím Cre-Lox rekombinace a FLP-FRT rekombinace systémy.

Fenotypová data se zaznamenávají volně přístupným a plně prohledatelným online databáze,[8] generování toho, co bylo popsáno jako „komplexní encyklopedie funkce genů savců“.[1]

Zapůsobit

Zapůsobit
Obsah
PopisStandardizované protokoly pro fenotypizaci mutantních myších kmenů.
OrganismyMyš
Kontakt
Primární citaceBrown a Moore, 2012[1]
Datum vydání2012
Přístup
webová stránkahttp://www.mousephenotype.org/impress

Koordinuje a prezentuje standardizovaný Mezinárodní zdroj fenotypování myší standardizovaných obrazovek (IMPReSS) protokoly které jsou používány myšími výzkumnými klinikami k hodnocení biologických charakteristik mutovaných myších kmenů. Program IMPReSS byl spuštěn v roce 2011, aby pomohl IMPC dosáhnout cíle charakterizovat knockoutovaný kmen myší pro každý gen a bude i nadále aktivně vyvíjen po dobu deseti let trvání projektu.[1] IMPReSS, nástupce EMPReSS, je postaven na konceptu „fenotypového potrubí“: posloupnost jednotlivých procedur prováděných na myši ve stanoveném věku a organizovaných tak, aby se minimalizovala interference mezi jednotlivými procedurami.[9][10][11] Každý postup je rozdělen na sadu několika parametrů, které zachycují jak data, tak metadata. Datové parametry jsou spojeny s biomedicínou ontologie pojmy s cílem usnadnit sdílení údajů a pomoci při identifikaci fenotypových myších modelů lidských nemocí.[12]

Císařovna

Evropský zdroj fenotypování myší pro standardizované obrazovky (EMPReSS),[9] předchůdce IMPReSS vyvinul více než 150 standardizovaných protokolů pro charakterizaci kmenů mutovaných myší napříč evropskými výzkumnými ústavy jako součást EUMODIC[13] a EUMORPHIA[14] projekty. EMPReSS byl aktivně vyvíjen od roku 2002, dokud nebyl nahrazen IMPReSS v roce 2011. Fenotypová data shromážděná z protokolů EMPReSS jsou k dispozici na Europhenome.

Embryonálně smrtící vyřazovací linie

Asi 30% všech cílených genových knockoutů u myší má za následek embryonální nebo perinatální smrt.[15] Účinky těchto mutací proto nelze studovat u živých dospělých myší, kromě případů heterozygot mutanti. Systematické studie embryonálně-smrtících knockoutů jsou však důležité k pochopení toho, jak tyto geny ovlivňují vývoj a přežití embryí.

V roce 2013 IMPC zveřejnila zprávu Bloomsbury o fenotypizaci embryí myší,[15] nastínit standardní potrubí pro screening embryonálně-smrtících knockoutů u homozygotních mutantů. Ve Velké Británii tvoří jejich doporučení základ projektu DMDD (Dešifrování mechanismů vývojových poruch).[16]

Viz také

Reference

  1. ^ A b C d E F G Hnědá SD, Moore MW (květen 2012). „Směrem k encyklopedii funkce genů savců: Mezinárodní konsorcium pro fenotypizaci myší“. Dis. Modely Mech. 5 (3): 289–92. doi:10,1242 / dmm.009878. PMC  3339821. PMID  22566555.
  2. ^ Hnědá SD, Moore MW (říjen 2012). „The International Mouse Phenotyping Consortium: minulost a budoucnost perspektivy fenotypování myší“. Mamm. Genom. 23 (9–10): 632–40. doi:10.1007 / s00335-012-9427-x. PMC  3774932. PMID  22940749.
  3. ^ Morgan H, Simon M, Mallon AM (2012). "Přístup a těžba dat z rozsáhlých projektů fenotypizace myší". Int. Rev. Neurobiol. Mezinárodní přehled neurobiologie. 104: 47–70. doi:10.1016 / B978-0-12-398323-7.00003-3. ISBN  9780123983237. PMID  23195311.
  4. ^ Schofield PN, Hoehndorf R, Gkoutos GV (květen 2012). „Myší genetické a fenotypové zdroje pro lidskou genetiku“. Hučení. Mutat. 33 (5): 826–36. doi:10,1002 / humu.22077. PMC  3473354. PMID  22422677.
  5. ^ A b „IMPReSS International Mouse Phenotyping Resource of Standardized Screens“. Mousephenotype.org. Citováno 2013-08-01.
  6. ^ „Úložiště projektu Knockout Mouse (KOMP)“. KOMP. 2010-08-01. Citováno 2013-08-01.
  7. ^ „EMMA - archiv evropských mutantů myší“. Emmanet.org. Citováno 2013-08-01.
  8. ^ „IMPC | Mezinárodní konsorcium pro fenotypizaci myší“. Mousephenotype.org. Citováno 2013-08-01.
  9. ^ A b "Císařovna". Empress.har.mrc.ac.uk. Archivovány od originál dne 20.03.2011. Citováno 2013-08-01.
  10. ^ Brown, S. D. M .; Chambon, P .; De Angelis, M. H .; Eumorphia, C. (2005). "EMPReSS: Standardizované fenotypové obrazovky pro funkční anotaci myšího genomu". Genetika přírody. 37 (11): 1155. doi:10.1038 / ng1105-1155. PMID  16254554.
  11. ^ Mallon, A.-M .; Blake, A .; Hancock, J. M. (2007). „EuroPhenome a EMPReSS: Zdroj fenotypizace myší online“. Výzkum nukleových kyselin. 36 (Problém s databází): D715 – D718. doi:10,1093 / nar / gkm728. PMC  2238991. PMID  17905814.
  12. ^ Chen, C. K.; Mungall, C. J .; Gkoutos, G. V .; Doelken, S. C .; Köhler, S .; Ruef, B. J .; Smith, C .; Westerfield, M .; Robinson, P. N .; Lewis, S.E .; Schofield, P. N .; Smedley, D. (2012). „MouseFinder: Geny kandidátní choroby z údajů o fenotypu myší“. Lidská mutace. 33 (5): 858–866. doi:10,1002 / humu.22051. PMC  3327758. PMID  22331800.
  13. ^ „Eumodický“. Eumodický. Archivovány od originál dne 04.07.2011. Citováno 2013-08-01.
  14. ^ „EUMORPHIA“. Archivovány od originál 3. července 2012. Citováno 8. července 2013.
  15. ^ A b Adams, D; Baldock, R; Bhattacharya, S; Copp, AJ; Dickinson, M; Greene, NDE; Henkelman, M; Justice, M; Mohun, T; Murray, SA; Pauws, E; Raess, M; Rossant, J; Weaver, T; West, D (květen 2013). „Zpráva Bloomsbury o fenotypizaci myších embryí: doporučení z workshopu IMPC o embryonálním letálním screeningu“. Modely a mechanismy nemocí. 6 (3): 571–579. doi:10,1242 / dmm.011833. PMC  3634642. PMID  23519032.
  16. ^ Mohun, T; Adams, DJ; Baldock, R; Bhattacharya, S; Copp, AJ; Hemberger, M; Houart, C; Hurles, ME; Robertson, E; Smith, JC; Weaver, T; Weninger, W (květen 2013). „Dešifrování mechanismů vývojových poruch (DMDD): nový program pro fenotypizaci embryonálních letálních myší“. Modely a mechanismy nemocí. 6 (3): 562–566. doi:10,1242 / dmm.011957. PMC  3634640. PMID  23519034.

externí odkazy