Virus chřipky pseudoknot - Influenza virus pseudoknot

Chřipkový pseudoknot
Konsensuální sekundární struktura RNA motivů chřipkových pseudoknotů.png
Konsenzuální sekundární struktura rodiny chřipkových pseudoknotů RNA motivů
Identifikátory
SymbolPK-IAV
RfamRF01099
Další údaje
RNA typCis-reg
DoményOrthomyxoviridae;
PDB strukturPDBe

The Virus chřipky pseudoknot je RNA pseudoknot struktura vytvořené v jedné z nestrukturálních kódovací segmenty (NS) ze dne virus chřipky genom.[1] Pseudoknoty se běžně vyskytují u virů genomy, zvláště RNA viry, kde obsahují místo sestřihu RNA a mohou mít širokou škálu funkcí.[2] Orientace koaxiálně naskládaných stonků v chřipkovém pseudoknotu se však liší od nejběžnější topologie v „klasických“ RNA pseudoknotech.[3][4]

Struktura pseudoknotu je velmi podobná influenzavirus A a influenzavirus B. Unikátní bodová mutace vyskytující se v kmenech podtyp viru chřipky A H5N1 po roce 2001 bylo navrženo vést k konformačnímu posunu RNA,[5] upřednostňování alternativy sponka do vlasů struktura místo pseudoknotu.[1]

Další pseudoknot se vyskytuje na Influenza A Segment 7 Splice Site, který se používá k produkci důležitého virového proteinu iontového kanálu M2.[6][7] Oba pseudoknoty mají možnost střídání vlásenka a pseudoknotové konformace, které umisťují sestřihové regulační motivy do různých strukturálních kontextů.

Viz také

Reference

  1. ^ A b Gultyaev AP, Olsthoorn RC (březen 2010). „Rodina neklasických pseudoknotů ve virech chřipky A a B“. RNA Biol. 7 (2): 125–129. doi:10,4161 / rna.7.2.11287. PMID  20200490. Citováno 2010-07-13.
  2. ^ Brierley I, Pennell S, Gilbert RJ (srpen 2007). „Virové RNA pseudoknoty: univerzální motivy v genové expresi a replikaci“. Nat. Rev. Microbiol. 5 (8): 598–610. doi:10.1038 / nrmicro1704. PMC  7096944. PMID  17632571.
  3. ^ Pleij CW (duben 1990). "Pseudoknots: nový motiv ve hře RNA". Trends Biochem. Sci. 15 (4): 143–147. doi:10.1016 / 0968-0004 (90) 90214-v. PMID  1692647.
  4. ^ Pleij, C. (1994). "RNA pseudoknots". Aktuální názor na strukturní biologii. 4 (3): 337–344. doi:10.1016 / S0959-440X (94) 90101-5. PMC  7133496.
  5. ^ Gultyaev AP, Heus HA, Olsthoorn RC (únor 2007). „RNA konformační posun v nedávných virech chřipky A H5N1“. Bioinformatika. 23 (3): 272–276. doi:10.1093 / bioinformatika / btl559. PMID  17090581.
  6. ^ Moss WN, Dela-Moss LI, Kierzek E, Kierzek R, Priore SF, Turner DH (březen 2012). Lewin A (ed.). „3 'spojovací místo chřipky mRNA segmentu 7 mRNA může existovat ve dvou konformacích: pseudoknot a vlásenka“. PLOS ONE. 7 (6): e38323. doi:10.1371 / journal.pone.0038323. PMC  3369869. PMID  22685560.
  7. ^ Moss WN, Dela-Moss LI, Priore SF, Turner DH (říjen 2012). „Rodina chřipky A segmentu 7 mRNA 3 'místo sestřihu pseudoknot / vlásenka“. RNA Biology. 9 (11): 1305–1310. doi:10,4161 / rna.22343. PMC  3597570. PMID  23064116. Archivovány od originál dne 2013-10-13.

externí odkazy