Richard Bonneau - Richard Bonneau

Richard Bonneau je americký výpočetní biolog a vědec v oblasti dat, jehož primární výzkum je v následujících oblastech: učení sítí z dat funkční genomiky, předpovídání a navrhování proteinové a peptiodomimetické struktury a aplikace datové vědy na sociální sítě. Profesor na Newyorská univerzita je jmenovatelem na Katedře biologie, Centra pro datovou vědu a Ústavu biologie Courantův ústav matematických věd.

Životopis

Bonneau je vedoucí skupiny ve skupině Systems Biology group v centru pro výpočetní biologii na Flatiron Institute. V současné době je ředitelem společnosti NYU's Center for Data Science.

Vědecká práce

V oblasti predikce struktury byl Bonneau jedním z prvních autorů Rosettova kódu, jednoho z prvních kódů k prokázání schopnosti předpovědět proteinovou strukturu při absenci sekvenční homologie.[1][2] Pomocí IBM Světová komunitní mřížka aby provedl skládání celých proteomů, jeho skupina také aplikovala predikci struktury na problém anomace genomu a proteomu.[3][4][5]

Jeho skupina významně přispěla do oblastí analýzy dat genomiky se zaměřením na dvě primární oblasti: 1. metody pro odvození sítě, které odkrývají dynamiku a topologii z dat, a 2. metody, které se učí koregulovaným skupinám závislým na podmínkách z integrací různých genomik typy dat.[6]

V roce 2013 zahájil se svými kolegy na NYU projekt zkoumání dopadu používání sociálních médií na politické postoje a účast pomocí metod z řady akademických oborů. Projekt-- Sociální média a politická účast (SMaPP) - se při řešení řady otázek týkajících se kauzálních procesů, které formují politickou účast, spoléhá na údaje z průzkumu a veřejně dostupná data ze sociálních médií.

Odvození sítě a biologie systémů

Spolu s Vestiennem Thorssonem, Davidem Reissem a Nitinem Baligou vyvinuli Inferelator a cMonkey, dva algoritmy, které byly kritické pro snahu naučit se genomový model Halobacterium regulační síť. Baliga a Bonneau použili svůj model k předpovědi dynamiky transkripce dynamiky reakce celého buňky na nová prostředí (publikace v Buňka v prosinci 2007). Tato práce představuje první plně datově řízenou rekonstrukci buněčné regulační sítě, která zahrnuje učení kinetických / dynamických parametrů i topologii sítě.

Reference

  1. ^ Renfrew PD, Campbell G, Strauss CEM, Bonneau R (2011) Setkání vývojářů Rosetta 2010: Makromolekulární predikce a design splňují reprodukovatelné publikování. PLoS ONE 6 (8): e22431
  2. ^ Renfrew PD, Choi EJ, Bonneau R, Kuhlman B (2012) Incorporation of Noncanonical AminoAcids into Rosetta and Use in Computational Protein-Peptide Interface Design. PLoS ONE 7 (3): e32637.
  3. ^ Drew K, Winters P, Butterfoss GL, Berstis V, Uplinger K, Armstrong J, Riffle M, Schweighofer E, Bovermann B, Goodlett DR, Davis TN, Shasha D, Malmström L, Bonneau R., Genome Res. 2011 listopad; 21 (11): 1981-94.
  4. ^ Projekt skládání proteomu: Predikce struktury a funkce v měřítku proteomu (2011) Kevin Drew, Patrick Winters, GlennL. Butterfoss, Viktors Berstis, Keith Uplinger, Jonathan Armstrong, MichaelRiffle, Erik Schweighofer, Bill Bovermann, David R. Goodlett, Trisha N. Davis, Dennis Shasha, Lars Malmstrom a Richard Bonneau. Genome Research, 8. srpna 2011)
  5. ^ Bonneau, R, Facciotti, MT, Reiss, DJ, Madar A, Baliga, NS a kol. Prediktivní model transkripční kontroly fyziologie ve volně žijící buňce. (2007) Cell. Prosince 131: 1354-1365
  6. ^ Maria Ciofani, Aviv Madar, Carolina Galan, MacLean Sellars, Kieran Mace, Florencia Pauli, Ashish Agarwal, Wendy Huang, Christopher N. Parkurst, Michael Muratet, Kim M. Newberry, Sarah Meadows, Alex Greenfield, Yi Yang, Preti Jain, Francis K. Kirigin, Carmen Birchmeier, Erwin F. Wagner, Kenneth M. Murphy, Richard M. Myers, Richard Bonneau, Dan R. Littman. Cell, 12. října 2012 (sv. 151, vydání 2, str. 289-303)

Predikce struktury

  • Bonneau, R & Baker, D. (2001). Predikce struktury proteinů Ab Initio: Pokrok a vyhlídky. Annu. Biophys. Biomol. Struct. 30, 173-89.
  • Bonneau, R., Dylan Chivian, Charlie EM Strauss, Carol Rohl, David Baker. (2002) De Novo Predikce trojrozměrných struktur pro hlavní rodiny proteinů. JMB, 322 (1): 65-78.
  • Bonneau R, Baliga NS, Deutsch EW, Shannon P, Hood L. (2004) Komplexní predikce struktury de novo v systémově-biologickém kontextu pro archaea Halobacterium sp. NRC-1. Genome Biology. 5 (8): R52-68
  • Mike Boxem, Zoltan Maliga, Niels J. Klitgord, Na Li, Irma Lemmens, Miyeko Mana, Lorenzo De Lichtervelde, Joram Mul, Diederik van de Peut, Maxime Devos, Nicolas Simonis, Anne-Lore Schlaitz, Murat Cokol, Muhammed A. Yildirim , Tong Hao, Changyu Fan, Chenwei Lin, Mike Tipsword, Kevin Drew, Matilde Galli, Kahn Rhrissorrakrai, David Drech-sel, David E. Hill, Richard Bonneau, Kristin C. Gunsalus, Frederick P. Roth, Fabio Piano, Jan Tavernier , Sander van den Heuvel, Anthony A. Hyman, Marc Vidal. Interaktomová síť založená na proteinové doméně pro časnou embryogenezu C. elegans. (2008) Cell, 134 (3), str. 534 - 545.
  • Andersen-Nissen E, Smith KD, Bonneau R, Strong RK, Aderem A. Konzervovaný povrch na Toll-like receptoru 5 rozpoznává bakteriální bičík. (2007) J Exp Med. 19. února; 204 (2): 393-403.

Genomika a biologie systémů

  • Bonneau, Richarde. Učení biologických sítí: od modulů k dynamice. Nature Chemical Biology 4, 658 - 664 (2008)
  • Bonneau R, Reiss DJ, Shannon P, Hood L, Baliga NS, Thorsson V (2006) Inferelator: postup pro učení šetrných regulačních sítí ze systémů-biologických datových sad de novo. Genome Biol. 7 (5): R36.
  • David J Reiss, Nitin S Baliga, Bonneau R. (2006) Integrované biclusterování heterogenních datových souborů v celém genomu. BMC bioinformatika. 7 (1): 280.

externí odkazy