Grid.org - grid.org - Wikipedia

grid.org byl web a online komunita založená v roce 2001 pro clusterové výpočty a grid computing uživatelé softwaru. Po dobu šesti let fungovalo několik různých dobrovolnická práce na počítači projekty, které členům umožnily věnovat jejich náhradní počítačové cykly na užitečné věci. V roce 2007 se stala komunitou pro otevřený zdroj klastrový a gridový výpočetní software. Asi po roce 2010 byla přesměrována na jiné stránky.

Dobrovolnické počítačové projekty

Od svého založení v dubnu 2001 do 27. dubna 2007[1] grid.org byl spuštěný web a organizace distribuované výpočty projekty jako United Devices Cancer Research Project, vedený Jikku Venkatem, Ph.D a byl filantropicky sponzorován United Devices (UD) a členové se zúčastnili dobrovolnická práce na počítači spuštěním softwaru UD Agent (verze 3.0).

Časová osa projektů pořádaných grid.org

Projekt výzkumu rakoviny

Agent UD se spuštěním softwaru LigandFit pro fázi výzkumu rakoviny 2.

United Devices Cancer Research Project, který byl zahájen v roce 2001, hledal možné léky na léčbu rakovina použitím distribuované výpočty.[2] Ve Spojených státech bylo přibližně 150 000 uživatelů a v Evropě 170 000 spolu se stovkami tisíc dalších v jiných částech světa.

Projekt byl spojenectvím několika společností a organizací:[3]

United Devices zahájila výzkum rakoviny spořič obrazovky na principu využití náhradního výpočetního výkonu. Program, který mohl být nastaven tak, aby běžel nepřetržitě, používal „virtuální screening“ k nalezení možných interakcí mezi molekulami a cílovými proteiny, tj. Léčivem. Tyto molekuly (ligandy ) jsou odeslány agentovi UD hostitelského počítače. Když se tyto molekuly úspěšně spojí s cílovým proteinem, je tato interakce hodnocena pro další výzkum.

Výzkum sestával ze dvou fází:

  • Fáze 1 testovala více než 3 miliardy molekul podobných léku proti 12 proteinům, o nichž bylo známo, že jsou vhodnými cíli pro protinádorová léčiva. Pro simulaci molekulárních interakcí použil software „THINK“.[4]
  • Fáze 2 pomocí softwaru "LigandFit" vyvinutého společností Accelrys k modelování interakcí se snažili zdokonalit data 1. fáze, aby vytvořili lépe zvládnutelný seznam kandidátů na léky pro testování, který by vyžadoval experimentální spolupracovníky, včetně některých z průmyslu.[5][6]

Projekt skládání lidských proteinů, fáze 1

Hlavní článek: Projekt skládání lidského proteinu

The IBM - sponzorováno Projekt skládání lidského proteinu („HPF“), fáze 1, byla vyhlášena 16. listopadu 2004 a byla dokončena 3. července 2006. Projekt fungoval současně na grid.org i na IBM Světová komunitní mřížka.[7]

Využila software „Rosetta“ k předpovědi struktury lidských proteinů, aby pomohla předpovědět funkci proteinů. Tyto informace mohou být někdy použity k vyléčení různých nemocí a genetických vad.

Podle oznámení na fórech grid.org,[8] po dokončení projektu HPF1 bylo ponecháno pokračovat v provozu na grid.org do 9. srpna 2006.[9] Během této doby získali členové, jejichž počítače byly nakonfigurovány pro spuštění tohoto projektu, novou práci a strávili výpočetní zdroje výpočtem výsledku, ale výsledek byl vrácen na grid.org pouze pro body - nebyl použit pro vědecký výzkum.

Stav projektu skládání lidských proteinů způsobil určitou diskusi na fórech grid.org. Většina členů chtěla vidět veškerý dostupný výpočetní výkon směřující k stále aktivnímu projektu rakoviny,[9] ale zástupce UD Robby Brewer tvrdil, že „některým [uživatelům] se spořič obrazovky líbí“.[8][10] Jak je uvedeno výše, nakonec byla nadbytečná práce HPF1 na grid.org zastavena.[9]

Projekt neštovic

The Výzkumná mřížka neštovic byla součástí iniciativy United Devices „Patriot Grid“ v boji proti biologickému terorismu. Tento projekt pomohl analyzovat potenciální kandidáty na léky pro léčebnou terapii v boji proti viru neštovic. Využil software „LigandFit“ (který byl již použit ve fázi 2 projektu Cancer Research), ale se specializovanou sadou cílových molekul, které byly zaměřeny na neštovice virus.[11]

Partneři projektu zahrnovali University of Oxford, University of Western Ontario, Memorial Sloan – Kettering Cancer Center, Univerzita v Essexu, Evotec OAI, Accelrys, a IBM.[12]

The Světová komunitní mřížka do značné míry začalo díky úspěchu tohoto projektu.[Citace je zapotřebí ]

Anthrax Project

The Výzkumný projekt Anthrax byl součástí iniciativy United Patices „Patriot Grid“ v boji proti biologickému terorismu. Využíval software „LigandFit“ (který byl již použit ve fázi 2 projektu Cancer Research), ale se specializovanou sadou cílových molekul, které se zaměřovaly na pokročilá stadia antrax bakteriální infekce.

Projekt probíhal od 22. ledna 2002 do 14. února 2002 a skončil poté, co screening prošlo celkem 3,57 miliardy molekul. Výsledky výzkumného projektu byly předány biologickým vědcům za účelem dokončení screeningu výpočtových simulací.[13]

Včetně partnerů projektu Oxfordská univerzita.

Projekt HMMER

The Genetický výzkum HMMER projekt využil Skrytý Markovův model hledat vzory v genetických sekvencích DNA.[14]

Webload Project

The Testování výkonu webu projekt byl provozován jako komerční příležitost s vybraným web hosting poskytovatelé, aby jim pomohli otestovat škálovatelnost jejich serverové infrastruktury v obdobích vysoké poptávky.[15]

Open source grid community

V listopadu 2007 byl grid.org přemístěn do Univa jako komunita, která uživatelům umožňuje komunikovat a diskutovat o tématech souvisejících s otevřenými zdrojovými klastry a mřížkami.[16] Umožnilo uživatelům stahovat, získávat podporu, přispívat do a hlásit problémy týkající se otevřeného zdroje Globus Toolkit založené produkty nabízené společností Univa. V roce 2008 bylo hlášeno více než 100 000 jedinečných návštěvníků.[17]Kolem poloviny roku 2010 byl přesměrován na Unicluster.org (produkt Univa) a do roku 2012 přesměrován na hlavní web Univy.

Viz také

Reference

  1. ^ "Všechno dobré jednou končí…". grid.org. Citováno 2007-04-26.[mrtvý odkaz ]
  2. ^ „Spořič obrazovky pomáhá v boji proti rakovině“. BBC novinky. 03.04.2001. Citováno 2006-08-20.
  3. ^ „Účastníci projektu proti rakovině“. grid.org. Archivovány od originál dne 2007-09-27. Citováno 2006-08-20.
  4. ^ „Výpočet fáze 1 Think“. University of Oxford. Archivovány od originál dne 2006-08-27. Citováno 2006-08-20.
  5. ^ „LigandFit vysvětlil“. grid.org. Archivovány od originál dne 2007-09-27. Citováno 2006-08-20.
  6. ^ „Fáze 2 projektu“. University of Oxford. Archivovány od originál dne 2006-09-24. Citováno 2006-08-20.
  7. ^ „O projektu skládání lidského proteinu“. grid.org. 2004. Archivovány od originál dne 2007-06-23. Citováno 2006-08-20.
  8. ^ A b Brewer, Robby (10.7.2006). „Stav Grid.org“. fóra grid.org. Archivovány od originál dne 2006-12-06. Citováno 2006-08-20.
  9. ^ A b C "Přijmout odpovědnost". fóra grid.org. 17. 7. 2006. Citováno 2006-08-20.[mrtvý odkaz ]
  10. ^ Brewer, Robby (2006-08-21). „Status Grid.org“. fóra grid.org. Archivovány od originál dne 2006-12-06. Citováno 2006-08-20.
  11. ^ „O projektu neštovic“. grid.org. Archivovány od originál dne 2007-09-27. Citováno 2006-08-20.
  12. ^ „Účastníci neštovic“. grid.org. Archivovány od originál dne 2007-09-27. Citováno 2006-08-20.
  13. ^ „Výzkumný projekt Anthrax“. grid.org. Archivovány od originál dne 10. 9. 2006. Citováno 2006-08-20.
  14. ^ „Genetické testování pomocí HMMR“. grid.org. Archivovány od originál dne 2007-09-27. Citováno 2006-08-20.
  15. ^ „Testování výkonu webu“. grid.org. Archivovány od originál dne 2007-09-27. Citováno 2006-08-20.
  16. ^ „About grid.org“. Archivovány od originál 20. ledna 2008. Citováno 11. listopadu 2013.
  17. ^ „Grid.org open source komunita HPC dosáhla milníku růstu“. tisková zpráva. Univa. 14. ledna 2009. Archivovány od originál 21. ledna 2009. Citováno 11. listopadu 2013.