Spirálové kolo - Helical wheel

Příklad aminokyselinové sekvence vynesené na šroubovicovém kole. Alifatický zbytky jsou zobrazeny jako modré čtverce, polární nebo záporně nabité zbytky jako červené diamanty a kladně nabité zbytky jako černé osmiúhelníky.

A spirálové kolo je typ spiknutí nebo vizuální reprezentace použitá k ilustraci vlastností alfa helixy v bílkoviny.

The sekvence z aminokyseliny které tvoří spirálovitou oblast proteinu sekundární struktura jsou vyneseny rotačně, kde úhel rotace mezi po sobě následujícími aminokyselinami je 100 °, takže konečná reprezentace vypadá dolů po spirálové ose.

Polarita a vlastnosti

Děj odhaluje, zda hydrofobní aminokyseliny jsou koncentrovány na jedné straně šroubovice, obvykle s polární nebo hydrofilní aminokyseliny na straně druhé. Toto uspořádání je běžné v alfa helixy v rámci globulární proteiny, kde je jedna strana spirály orientována směrem k hydrofobní jádro a jedna tvář je orientována směrem k solventní -exponovaný povrch. Specifické vzory charakteristické pro záhyby bílkovin a proteinové dokovací motivy jsou také odhaleny, jako při identifikaci leucinový zip dimerizační oblasti a svinuté cívky. Tento projekční diagram se po svém vynálezci často nazývá „Edmundsonovo kolo“.[1]

Kreslení šroubovicových kol

Šneková kola mohou být kreslena různými softwarovými balíčky včetně helixvis [2] v R, heliquest v R, nebo prostřednictvím serveru HELIQUEST.[3]

Reference

  1. ^ Schiffer M, Edmundson AB (1967). „Použití šroubovicových kol k reprezentaci struktur proteinů a k identifikaci segmentů se šroubovicovým potenciálem“. Biofyzikální deník. 7 (2): 121–35. Bibcode:1967BpJ ..... 7..121S. doi:10.1016 / S0006-3495 (67) 86579-2. PMC  1368002. PMID  6048867.
  2. ^ Wadhwa, R; Subramanian, V; Stevens-Truss, R (2018). "Vizualizace alfa-helikálních peptidů v R pomocí helixvisu". Journal of Open Source Software. 3 (31): 1008. Bibcode:2018JOSS .... 3,1008W. doi:10.21105 / joss.01008.
  3. ^ Gautier, R; Douguet, D; Antonny, B; Drin, G (2008). „HELIQUEST: webový server k screeningu sekvencí se specifickými alfa-šroubovicovými vlastnostmi“. Bioinformatika. 24 (18): 2101–2102. doi:10.1093 / bioinformatika / btn392. PMID  18662927.

Další čtení

  • Mount DM (2004). Bioinformatika: sekvence a analýza genomu (2. vyd.). Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN  0-87969-712-1.

externí odkazy