Haploskupina G-M406 - Haplogroup G-M406

Haploskupina G2a2b1
Možná doba vznikumožná 4000 let BP
Možné místo původumožná Anatolian - východní Středozemní moře
PředekHaploskupina G2a2b (L30 / PF3267 / S126)
PotomciG2a2b1a1a
Definování mutacíM406 (G2a2b1), L14 / S130 (G2a2b1a1a), L645 (G2a2b1a1b2a)

v lidská genetika, Haploskupina G-M406 je Y-chromozom haploskupina. G-M406 je pobočka Haploskupina G Y-DNA (M201). Přesněji v sestupném pořadí je G-M406 podvětví také G2 (P287), G2a (P15) a nakonec G2a2b (L30 / S126) Haploskupina G-M406 se zdá nejběžnější v krocan a Řecko. Sekundární koncentrace G-M406 se nacházejí v severním a východním Středomoří a ve velmi malých množstvích se nacházejí ve více vnitrozemských oblastech Evropa, střední východ a jižní Kavkazské hory plocha.

Genetické rysy

Velký počet osob G-M406 má hodnotu 21 at krátké tandemové opakování (STR) marker DYS390 a všichni muži G-M406 budou mít M406 SNP mutace, která tuto skupinu charakterizuje. 21 u DYS390 je neobvyklý mezi G osobami mimo skupinu G-M406. U osob G-M406 má značka DYS391 většinou hodnotu 10, ale někdy 11, a DYS392 je téměř vždy 11, s výjimkou jednoho odlišného klastru. Pokud vzorek splňuje kritéria uvedená pro tyto tři značky, je pravděpodobné, že jde o vzorek G-M406.

Tento M406 SNP byl poprvé uveden v roce 2008.[1] Označení M označuje, že byl poprvé identifikován v Stanfordská Univerzita. M406 je umístěn na chromozomu Y v poloze 2809995, referenční SNP ID i4000120. Mutace zahrnuje změnu z T na G.

Bylo zjištěno, že SNP L184 a L185 (respektive 17586994 s mutací od A do G a 20922998 s mutací od C do G) existují pouze u některých členů rodiny M406 + a jsou nyní považovány za soukromé SNP bez praktického použití mimo toto rodina.

Věk původu G-M406

Výzkumné studie se nezabývaly věkem G-M406. Na základě dostupných 67 STR markerových vzorků se zdá, že mutace, která definuje G-M406, vznikla snad před asi 4 000 lety.

Zeměpisné rozdělení

Schopnost přesně popsat distribuci G-M406 je narušena poměrně nedávnou identifikací definujícího G-M406 SNP a výslednou nedostatkem vzorků testovaných na M406. Určitý odhad procentuálního podílu G-M406 lze provést, když si všimneme procenta mužů se vzorky G markeru STR, které mají charakteristickou hodnotu 21 na DYS390, které se nacházejí téměř výlučně mezi osobami G v rámci G-M406, a využitím vzorků testovaných na komerčních laboratořích a ve výzkumných pracích.

Turecko a Řecko

Možná asi 5% mužů v krocan jsou G-M406, což je nejvyšší procento obecné populace ve všech dosud vybraných zemích. Toto 5% číslo je založeno na zjištění hodnoty 21 u STR markeru DYS390 ve 21 z 57 G vzorků z celého Turecka. U osob G je hodnota 21 v drtivé většině vidět u osob G-M406. Hodnoty jiné než 21 se však v malé míře vyskytují u osob G-M406. Celkové procento G-M406 v tureckém G se tedy pravděpodobně blíží 50 procentům a 57 vzorků G potvrzených SNP představuje 11% z 523 tureckých vzorků získaných v dosud největší studii provedené v turecké populační genetice.[2]

V sousedních Řecko„Testováním SNP bylo zjištěno, že polovina z osmi G vzorků byla G-M406. Vzorky G představovaly 5% ze 171 řeckých vzorků. Naproti tomu v blízkém okolí Kréta, G-M406 byl pouze 20% z 21 G vzorků, přičemž G vzorky představovaly 11% ze 193 ostrovních vzorků.[1] Ačkoli je Kréta v této studii pojednávána samostatně, je součástí Řecka, ale s jinou historií osídlení. Dále ve Středomoří, v menší velikosti vzorku z Kypr 4 ze 7 vzorků G mají charakteristickou hodnotu 21, kterou drtivá většina pozoruje u osob G-M406.[3]

střední východ

Jen na jih Turecka mezi Kurdové z Irák 7 ze 14 pravděpodobných vzorků G STR v Databáze YHRD mají hodnotu 21 na DYS390, což naznačuje, že polovina populace G tam patří k G-M406.[4] Toto relativně vysoké procento G-M406 je omezeno na severní kurdský region země.

Libanon, Jordán a Palestina mají také významné populace G-M406, ačkoli malé velikosti vzorků ztěžují široké závěry. V jedné studii mají 4 z 5 palestinských vzorků G charakteristickou hodnotu DYS390 = 21.[5] V Libanonu má alespoň 10 z 37 G vzorků vlastnosti G-M406 a nacházejí se mezi všemi hlavními náboženstvími.[6] V Jordánsku má 7 z 15 dostupných G vzorků 21 u markeru DYS390.[3] Žádný z G vzorků mezi Druze národy v těchto lokalitách mají podle posledních studií hodnoty markerů STR typické pro osoby G-M406.[7] Nedávné testy na Family TreeDNA však poukazují na některé rodiny, jejichž původ spočívá v Palestině / Izraeli, ale které se před obdobím 1500–1700 přestěhovaly do Libanonu nebo Sýrie a které mezi Haploskupinou přepravují kolem 50–60% Druzeů. G populace v Druze. Zpočátku existuje přiměřená jistota, že vzorky jsou v podskupině DYS459 = 8 (to je také negativní pro její vlastní podskupinu DYS392 = 12). Celkově tyto sady souvisejících podskupin tvoří hlavní část mužů G-M406 a jsou negativní pro podskupiny definované LL a L645 SNP. Vzorek má několik hodnot markerů, které se trochu liší a vzorky Druze mají 22 na DYS390 ve srovnání s typičtějšími 21 ve většině vzorků G-M406. To je tedy dobrý nepřímý důkaz, že nejméně polovina G mezi Druze je G-M406. v Sýrie„G-M406 se zdá méně běžný než v zemích blíže ke Středomoří. Pouze 3 ze 17 G vzorků mají diskutovanou hodnotu 21.[3]

Ostatní oblasti

Největší zdroj vzorků G STR z Írán je Databáze YHRD kde pouze 1 z 340 íránských vzorků má hodnotu 21 pro DYS390 spolu s dalšími hodnotami markerů shodnými se vzorky G-M406.[4] Je možné, že osoby G-M406 v Íránu mají různé hodnoty markerů STR. Země, které sdílejí Perský záliv a Ománský záliv s Íránem byly předmětem samostatné malé studie, která poskytla vzorky STR se vzory G podobnými těm v Íránu. Ale procento G-M406 (na základě hodnoty 21) se zdá vyšší než v Íránu v roce Dubaj s polovinou 6 G vzorků s 21. Žádný ze tří G vzorků z Jemen a Saudská arábie měl tuto hodnotu DYS390.[8]

Ve studii Nasidze[9] z Kavkazské hory oblast, jeho 87 pravděpodobně G STR vzorků nyní v Databáze YHRD mít pouze 8 vzorků s charakteristickou hodnotou DYS390 21, což je drtivá vlastnost skupiny G-M406. Jen v Gruzie kde 3 ze 16 pravděpodobných vzorků G mají 21, má G-M406 zjevně významnou přítomnost.[4]

Newsletter Haplogroup G Project[10] postupně shrnuje procento mužů G-M406 v ostatní oblasti na základě pravděpodobných nebo prokázaných vzorků G-M406 ve velké databázi projektu G projektu.[11] Tento zdroj má větší spolehlivost při identifikaci celku vzorků G-M406, protože se nespoléhá na hodnotu na STR markeru DYS390 jako na jediné kritérium.

Zpravodaj označuje (v sestupném pořadí) v Itálie 20% ze 156 G vzorků ......Španělsko 15% z 56 G vzorků .....Holandsko 15% z 20 G vzorků ......Švýcarsko 8% z 51 G vzorků .....Írán 6% z 34 G vzorků ....Polsko 4% ze 75 G vzorků ......Francie 4% ze 46 G vzorků ......Irsko 3% z 29 G vzorků .......Indie 3% z 18 G vzorků.

Výzkumná studie, která poskytla indické a pákistánské markery STR, nezjistila, že by některý z 20 G vzorků z různých skupin obsahoval hodnotu DYS390 = 21 tak typickou pro G-M406.[12] A studie o Sardinie nalezeno 7% z 51 vzorků G STR mělo charakteristickou hodnotu 21.[13] Možná významná polovina z těchto „21“ vzorků byla nalezena v azylové zemi staré sardinské populace v izolované centrální vysočině, která nemá žádné důkazy o obsazení vnějšími koloniálními mocnostmi počínaje fénický doba.[14] Na španělských ostrovech západně od Sardinie nebyl v jiné studii žádný ze 7 vzorků G STR z Ibiza jsou G-M406, ale 2 ze 4 G vzorků v Mallorca mají hodnotu DSY390 21. Tato stejná studie zjistila jednu hodnotu 21 mezi 25 G Sefardští Židé jehož historie je propletena se Španělskem.[15] Z 291 STR vzorků všech typů v Databáze YHRD[4] z Egypt žádný ze vzorků DYS390 = 21 nemá stejné vlastnosti jako známé vzorky G-M406 z jiných oblastí Středomoří.

Podskupiny G-M406

L14 G2a2b1a1a

G2a2b1a1a je charakterizován vlastněním SNP mutace označené buď jako L14 nebo S130. Osoby G2a2b1a1a mají obvykle hodnoty DYF395S1 16,16 a hodnotu DYS565 11.

L14 a S130 jsou různá označení pro stejnou SNP mutaci. Verze L14 byla vyvinuta na DNA rodokmenu a S130 byl vyvinut v Ethnoancestry. Ale tato mutace byla poprvé identifikována na University of Central Florida v roce 2006 jako U16 a dlouho předtím, než přidružení vědci zveřejnili v roce 2009 formální popis jeho umístění na 21327383 na chromozomu Y, referenční číslo rs35474563. Mutace zahrnuje změnu C na T.[16]

Dalším zajímavým SNP je S133, který byl poprvé identifikován v roce 2008 na Ethnoancestry v Londýn, Anglie v osobě G-M406, ale je také k dispozici jako L90 jinde. Jeho poloha na chromozomu Y je uvedena jako 20087688, referenční číslo rs35169834. Mutace je změnou z G na A. U několika osob, u kterých byla tato mutace nalezena, netvoří samostatnou kategorii od G2a2b1a1a, protože testované osoby měly také mutaci, která definuje G2a2b1a1a (L14 nebo S130). Je možné, že existují osoby, které jsou pozitivní (odvozené) buď pro L14 / S130, zatímco negativní (rodové) pro L90 / S133, a taková situace by vyžadovala vytvoření samostatné kategorie G-M406.

L645 G2a2b1a1b2a

G2a2b1a1b2a je charakterizován vlastněním SNP mutace označené jako L645. Osoby G2a2b1a1b2a dosud mají na STR markeru DYS578 hodnotu 9. Byli identifikováni evropští i blízkovýchodní členové této podskupiny. L645 byl poprvé identifikován v DNA rodokmenu v létě 2011. Byl nalezen v poloze chromozomu 2948673 a představuje mutaci od A do C.

Klastr DYS454 = 12

Existuje skupina mužů G-M406 ne patřící do podskupiny G2a2b1a1a, kteří (1) mají neobvyklou (pro muže G-M406) hodnotu 12 na STR markeru DYS454 místo hodnoty 11 předků (2) a mají relativně blízkou genetická vzdálenost při porovnání 67 značek. Společný společný předek mohl žít asi před 2000 lety. Tento marker STR DYS454 není tak spolehlivý jako mutace SNP pro kategorizaci mužů, ale hodnota 12 plus další neobvyklé vlastnosti a blízká genetická vzdálenost činí jistou samostatnou podskupinu. Několik osob, které patří do tohoto klastru, mohlo mít novější předky, kteří mutovali na jinou hodnotu než 12, ale takové vzorky se neobjevily.

Mnoho mužů v tomto klastru vyvinulo jednu nebo dvě další mutace na STR markerech, díky nimž je klastr ještě snáze identifikovatelný. Největší počet mužů v klastru má mutaci na DYS459a od předků 9 až 8. A mnozí mají mutaci od předků 11 až 12 na DYS392. Hodnota DYS392 = 12 je vidět téměř výlučně u osob G1, přičemž tato skupina G-M406 je hlavní výjimkou.

Zdá se, že tento klastr je v drtivé většině tvořen třemi identifikovatelnými etnickými skupinami (a) Ashkenazi Židé na základě rozlišovacích příjmení spolu s původem předků v severovýchodní Evropě jižně od Skandinávie, (b) Conversos s hispánskými příjmeními a (c) muži italského původu. K tomuto klastru však pravděpodobně patří i dostupný vzorek z Íránu. Aškenázští Židé dosud nebyli ve skupině s předky 11 na DYS392. A hispánci zatím nejsou ve skupině DYS392 = 12. (Viz také obálka stránky Židé s haploskupinou G (Y-DNA) ).

Klastr DYS459b = 10

Muži v této skupině mužů G-M406 ano ne patří do podskupiny G2a2b1a1a a mají (1) neobvyklou (pro muže G-M406) hodnotu 10 na STR markeru DYS459b namísto hodnoty 9 předků (2) a mají relativně blízkou genetická vzdálenost při porovnání 67 značek. Toto je zatím relativně malý shluk s francouzskými a britskými předky. Je příliš málo vzorků k odhadu s určitou spolehlivostí, když mohl žít běžný mužský předek tohoto klastru.

Klastr DYS436 = 14

Muži v této skupině mužů G-M406 ano ne patří do podskupiny G2a2b1a1a a mají neobvyklou (pro muže G-M406) hodnotu 14 na STR markeru DYS436 místo hodnoty předků 12 Toto je zatím relativně malá skupina s historií předků omezená na Galicii a Baskicko ve Španělsku a na různých částech Portugalska. Je příliš málo vzorků k odhadu s určitou spolehlivostí, když mohl žít běžný mužský předek tohoto klastru.

Migrace osob G-M406

Je logické, že se G-M406 rozšířil na západ podél Středozemního moře z oblasti, kde je dnes nejvíce koncentrovaný (Turecko a země východního Středomoří) v souvislosti s obchodováním, prodejem otroků a dalšími migračními událostmi pocházejícími z těchto zemí. První velkou obchodní říší, která se spojila na obou koncích Středomoří, byla fénická oblast, která vznikla v oblasti Izrael - Libanon - Jordán. Po zániku Féničanů mohli Řekové, Římané, Byzantinci a někteří „barbaři“ rozšířit G-M406 z východního Středomoří na západ.

Ve srovnání 67-markerových vzorků G-M406 STR[11] dostupné z vnitrozemské Evropy s podobnými vzorky z (1) Turecka (2) Libanonu a Jordánska a (3) Arménie lze provést určité odpočty. Většina Evropanů G-M406 má Armény jako své nejbližší příbuzné. Na základě počtu pozorovaných mutací některé z nich pravděpodobně sdílejí společné předky mužského pohlaví až nedávno Temné věky. Pouze jeden Evropan ukázal vzorky z Jordánska / Libanonu jako nejbližší příbuzné G. Stejně tak žádný z Evropanů neukázal Turky osamocené jako nejbližší příbuzné, ale spíše některé evropské vzorky měly Turky a Armény stejně příbuzné.

Sdílení společných předků mnohem dále v čase (možná před 3500 lety) mezi některými z těchto vzorků neposkytuje informace tak užitečné, protože k migraci na západ mohlo dojít kdykoli v dřívějším období. Nález pravděpodobných vzorků G-M406 na starověkých vysočinách na Sardinii však naznačuje příchod G-M406 na tento ostrov před příchodem Féničané. Ten začal sardinskou pobřežní přítomnost asi před 3000 lety.

V současné době neexistují žádné informace vysvětlující rozptyl G-M406 do oblasti jižní Indie.

Viz také

Reference

  1. ^ A b King, R. J .; Özcan, S. S .; Carter, T .; Kalfoglu, E .; Atasoy, S .; Triantaphyllidis, C .; Kouvatsi, A .; Lin, A. A .; et al. (2008). „Diferenciální Y-chromozomové anatolské vlivy na řecký a krétský neolit“. Annals of Human Genetics. 72 (2): 205–214. doi:10.1111 / j.1469-1809.2007.00414.x. PMID  18269686. S2CID  22406638.
  2. ^ Cinnioglu, C .; King, R; Kivisild, T; Kalfoglu, E; Atasoy, S; Cavalleri, GL; Lillie, AS; Roseman, CC; et al. (Leden 2004). „Výkop vrstev haplotypu Y-chromozomu v Anatolii“ (PDF). Genetika člověka. 114 (2): 127–48. doi:10.1007 / s00439-003-1031-4. PMID  14586639. S2CID  10763736. Archivovány od originál (PDF) dne 2006-06-19.
  3. ^ A b C El Sibai, M .; et al. (2009). „Geografická struktura Y-chromozomální genetické krajiny Levant: kontrast mezi pobřežím a vnitrozemím“. Annals of Human Genetics. 73 (6): 568–81. doi:10.1111 / j.1469-1809.2009.00538.x. PMC  3312577. PMID  19686289.
  4. ^ A b C d „YHRD: Y-Chromosome STR Haplotype Reference Database“. yhrd.org.
  5. ^ Zalloua, P .; et al. (2008). „Identifikace genetických stop historických expanzí: fénické stopy ve Středomoří“. American Journal of Human Genetics. 83 (5): 633–42. doi:10.1016 / j.ajhg.2008.10.012. PMC  2668035. PMID  18976729.
  6. ^ Zalloua, P .; et al. (2008). „Y-chromozomální rozmanitost v Libanonu je strukturována nedávnými historickými událostmi“. American Journal of Human Genetics. 82 (4): 873–82. doi:10.1016 / j.ajhg.2008.01.020. PMC  2427286. PMID  18374297.
  7. ^ Shlush, L .; Skorecki, Karl; Yudkovsky, Guennady; Templeton, Alan; Hadid, Yarin; Basis, Fuad; Hammer, Michael; Itzkovitz, Shalev; et al. (2008). Gemmell, Neil John (ed.). „Druze: Populační genetické refugium na Blízkém východě“. PLOS ONE. 3 (5): e2105. Bibcode:2008PLoSO ... 3.2105S. doi:10.1371 / journal.pone.0002105. PMC  2324201. PMID  18461126.
  8. ^ Alshamali, F; et al. (2009). „Struktura místní populace na Arabském poloostrově odhalena rozmanitostí Y-STR“. Lidská dědičnost. 68 (1): 45–54. doi:10.1159/000210448. PMID  19339785.
  9. ^ Nasidze, I .; et al. (2003). „Testování hypotéz o nahrazení jazyka na Kavkaze: důkazy z chromozomu Y“ (PDF). Genetika člověka. 112 (3): 255–61. doi:10.1007 / s00439-002-0874-4. PMID  12596050. S2CID  13232436. Archivovány od originál (PDF) dne 2010-12-27. Citováno 2009-11-17.
  10. ^ „Skupiny Yahoo!“. tech.groups.yahoo.com.
  11. ^ A b "..Projektové seznamy - projekt Haploskupiny G". sites.google.com.
  12. ^ Senpugta, S .; et al. (2006). „Polarita a dočasnost distribucí Y-chromozomů s vysokým rozlišením v Indii identifikuje jak domorodé, tak exogenní expanze a odhaluje menší genetický vliv středoasijských pastevců“. American Journal of Human Genetics. 78 (2): 202–21. doi:10.1086/499411. PMC  1380230. PMID  16400607.
  13. ^ Contu, D .; Cucca, Francesco; Santoni, Federico; Foster, Jamie W .; Francalacci, Paolo; et al. (2008). Hawks, John (ed.). „Důkazy založené na Y-chromozomu pro předneolitický původ geneticky homogenní, ale různorodé sardinské populace: závěr pro asociační skeny“. PLOS ONE. 3 (1): e1430. Bibcode:2008PLoSO ... 3.1430C. doi:10.1371 / journal.pone.0001430. PMC  2174525. PMID  18183308.
  14. ^ Zei, G .; et al. (2003). „Od příjmení k historii chromozomů Y: sardinská populace jako paradigma“. European Journal of Human Genetics. 11 (10): 802–07. doi:10.1038 / sj.ejhg.5201040. PMID  14512971.
  15. ^ Adams, F .; et al. (2009). „Genetické dědictví náboženské rozmanitosti a nesnášenlivosti: otcovské linie křesťanů, Židů a muslimů na Pyrenejském poloostrově“. American Journal of Human Genetics. 83 (6): 725–36. doi:10.1016 / j.ajhg.2008.11.007. PMC  2668061. PMID  19061982.
  16. ^ Sims, L .; Ballantyne, Jack; et al. (2009). Batzer, Mark A. (ed.). „Vylepšené rozlišení fylogeneze haploskupiny G v chromozomu Y, odhaleno sadou nově charakterizovaných SNP“. PLOS ONE. 4 (6): e5792. Bibcode:2009PLoSO ... 4.5792S. doi:10.1371 / journal.pone.0005792. PMC  2686153. PMID  19495413.