Halocin - Halocin
Halociny jsou bakteriociny produkovaný halofilní Archaea[1][2] a typ archaeocin.[3]
Od jejich objevu v roce 1982[4] Bylo prokázáno, že halociny jsou rozmanité podobným způsobem jako jiné bakteriociny.[5][6][7] Některé jsou velké bílkoviny, jiné malé polypeptidy (mikrohalociny). Tato rozmanitost je překvapivá z mnoha důvodů, včetně původních předpokladů, že Archaea, zejména extremofily, žijí při relativně nízké hustotě za podmínek, které nemusí vyžadovat antagonistické chování.
Genetika,[8][9][10][11][12] mechanismus výroby[13][14] a mechanismus účinku[15][16][17][18] halociny byly studovány, ale ne vyčerpávajícím způsobem. Ekologie halocinů[19][20][21][22] byl také vyšetřován. Jedním zajímavým pozorováním je, že halociny jsou aktivní napříč hlavními divizemi archaeí,[23] čímž porušují dogma, že by měly být nejúčinnější proti nejbližším příbuzným kmenům.
Halociny jsou obzvláště zajímavé kvůli způsobu, jakým se bakteriociny vytvářející póry používají ke zkoumání struktury buněčné membrány a produkci a udržování gradientů energetických iontů přes membránu. Halofily žijí v tak extrémních koncentracích iontů, že představují soubor neobvyklých řešení a adaptací s ohledem na jejich energetické gradienty. Schopnost používat nativní halociny ke studiu těchto přechodů poskytuje motivaci pro jejich charakterizaci.
Mohou hrát roli v humánní medicíně.[24][25]
Vyskytují se také u mnoha typů druhů, které se používají k poznávání halofilů obecně.[26]
Stejně jako jiné bakteriociny jsou halociny vyšetřovány jako antimikrobiální látky pro použití při kontrole znehodnocení během průmyslových procesů; v tomto případě výroba kůže.[27]
Vzhledem k tomu, že literatura o halocinu je relativně omezená, lze ji vyčerpávajícím způsobem citovat. Několikrát byly řešeny v kapitolách knih.[3][28][29][30]
BACTIBASE[31][32] databáze je databáze s otevřeným přístupem pro bakteriociny včetně halocinů (zobrazit celý seznam ).
Reference
- ^ Li Y, Xiang H, Tan H (2002). „[Halocin: proteinová antibiotika produkovaná extrémně halofilní archouou]“. Wei Sheng Wu Xue Bao (v čínštině). 42 (4): 502–5. PMID 12557560.
- ^ O'Connor EM, Shand RF (2002). „Halociny a sulfolobiciny: objevující se příběh archaeálních proteinových a peptidových antibiotik“. Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology. 28 (1): 23–31. doi:10.1038 / sj / jim / 7000190. PMID 11938468. S2CID 16583426.
- ^ A b Shand RF, Leyva KJ (2008). „Antimikrobiální látky Archaeal: neobjevená země“. Archaea: Nové modely pro prokaryotickou biologii. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-27-1.
- ^ Rodríguez-Valera F, Juez G, Kushner DJ (1982). „Halociny: bakteriociny závislé na soli produkované extrémně halofilní tyčí“. Canadian Journal of Microbiology. 28: 151–154. doi:10.1139 / m82-019.
- ^ Torreblanca M, Meseguer I, Rodríguez-Valera F (1989). „Halocin H6, bakteriocin z Haloferax gibbonsii". Journal of General Microbiology. 135 (10): 2655–2661. doi:10.1099/00221287-135-10-2655.
- ^ Cena LB, Shand RF (2000). „Halocin S8: 36-aminokyselina mikrohalocin z kmene haloarchaeal S8a“. Journal of Bacteriology. 182 (17): 4951–8. doi:10.1128 / JB.182.17.4951-4958.2000. PMC 111376. PMID 10940040.
- ^ Platas G, Meseguer I, Amils R (2002). "Čištění a biologická charakterizace halocinu H1 z Haloferax mediterranei M2a ". Mezinárodní mikrobiologie. 5 (1): 15–9. doi:10.1007 / s10123-002-0053-4. PMID 12102231. S2CID 45501770.
- ^ Mei SS, Li Y, Lu QH, Xiang H (2006). "[Klonování a analýza genů v halocinovém C8 genovém klastru]". Wei Sheng Wu Xue Bao (v čínštině). 46 (2): 318–22. PMID 16736600.
- ^ Sun C, Li Y, Mei S, Lu Q, Zhou L, Xiang H (2005). "Jediný gen řídí jak produkci, tak imunitu halocinu C8 v haloarcheálním kmeni AS7092". Molekulární mikrobiologie. 57 (2): 537–49. doi:10.1111 / j.1365-2958.2005.04705.x. PMID 15978083.
- ^ Perez, AM (2000). Fyziologie růstu Haloferax mediterranei R4 a čištění halocinu H4. Flagstaff, Arizona: Severní arizonská univerzita. s. Diplomová práce.
- ^ Cheung J, Danna KJ, O'Connor EM, Price LB, Shand RF (1997). „Izolace, sekvence a exprese genu kódujícího halocin H4, bakteriocin z halofilního archaeonu Haloferax mediterranei R4“. Journal of Bacteriology. 179 (2): 548–51. doi:10.1128 / jb.179.2.548-551.1997. PMC 178729. PMID 8990311.
- ^ Platas G, Meseguer I, Amils R (1996). "Optimalizace produkce bakteriocinu z Haloferax mediterranei Xia3 ". Microbiología. 12 (1): 75–84. PMID 9019137.
- ^ Meseguer I, Rodríguez-Valera F (1985). "Výroba a čištění halocinu H4". Mikrobiologické dopisy FEMS. 28 (2): 177–182. doi:10.1111 / j.1574-6968.1985.tb00787.x.
- ^ Li Y, Xiang H, Liu J, Zhou M, Tan H (2003). "Čištění a biologická charakterizace halocinu C8, nového peptidového antibiotika z Halobacterium kmen AS7092 ". Extremophiles. 7 (5): 401–7. doi:10.1007 / s00792-003-0335-6. PMID 12811620. S2CID 32609554.
- ^ Platas G (1995). Caracterizacíon de la actividad antimicrobiana de la haloarquea Haloferax mediterranei Xia3. Madrid, Španělsko: Universidad Autónoma de Madrid. s. disertační práce.
- ^ Meseguer I, Torreblanca M, Konishi T (1995). „Specifická inhibice halobakteriálního antiporteru Na + / H + halocinem H6“. Journal of Biological Chemistry. 270 (12): 6450–5. doi:10.1074 / jbc.270.12.6450. PMID 7896778.
- ^ Meseguer I, Rodríguez-Valera F (1986). "Účinek halocinu H4 na buňky Halobacterium halobium". Journal of General Microbiology. 132 (11): 3061–3068. doi:10.1099/00221287-132-11-3061.
- ^ Girones F, Minagawa A, Hatano Y, Torreblanca M, Meseguer I, Sanchez M, Konishi T (2001). "Interakce protein-protein mezi halocinem H7 a halobakteriálním membránovým proteinem". Nippon Yakugakkai Nenkai Koen Yoshishu. 121 (4): 116.
- ^ Kis-Papo T, Oren A (2000). „Halociny: účastní se soutěže mezi halobakteriemi v solných rybnících?“. Extremophiles. 4 (1): 35–41. doi:10.1007 / s007920050005. PMID 10741835. S2CID 24584604.
- ^ Meseguer I, Rodríguez-Valera F, Ventosa A (1986). „Antagonistické interakce mezi halobakteriemi způsobené produkcí halocinu“. Mikrobiologické dopisy FEMS. 36 (2–3): 177–182. doi:10.1111 / j.1574-6968.1986.tb01691.x.
- ^ Oren A (1994). „Ekologie halofilních archaeí“. Recenze mikrobiologie FEMS. 13 (4): 415–440. doi:10.1111 / j.1574-6976.1994.tb00060.x.
- ^ Pirzada ZA, Ali SA, Khan BM, Rasool SA (2004). „Produkce a fyzikálně-chemická charakterizace inhibičních látek podobných bakteriocinům z mořských bakterií ZM81“. Pakistan Journal of Biological Sciences. 7 (12).
- ^ Haseltine C, Hill T, Montalvo-Rodriguez R, Kemper SK, Shand RF, Blum P (2001). "Secreted Euryarchaeal Microhalocins Kill Hyperthermophilic Crenarchaea". Journal of Bacteriology. 183 (1): 287–91. doi:10.1128 / JB.183.1.287-291.2001. PMC 94877. PMID 11114928.
- ^ Alberola A, Meseguer I, Torreblanca M, Moya A, Sancho S, Polo B, Soria B, Such L (1998). „Halocin H7 zmenšuje velikost infarktu a ektopické rytmy po reperfuzi myokardu u psů“. Fyziologický časopis.
- ^ Lequerica JL, O'Connor JE, Such L, Alberola A, Meseguer I, Dolz M, Torreblanca M, Moya A, Colom F, Soria B (2006). "Halocin působící na Na + / H + výměník haloarchaea jako nový typ inhibitoru v NHE savců". Journal of Physiology and Biochemistry. 62 (4): 253–62. doi:10.1007 / BF03165754. PMID 17615951. S2CID 8822522.
- ^ Soppa J, Oesterhelt D (1989). „Halobacterium sp. GRB: druh, se kterým lze pracovat !?“. Canadian Journal of Microbiology. 35 (1): 205–9. doi:10,1139 / m89-032. PMID 2720494.
- ^ Birbir M, Eryilmaz S, Ogan A (2004). "Prevence halofilního mikrobiálního poškození na kůži solené kůží extrémně halofilními kmeny producentů halocinu". Journal of the Society of Leather Technologists and Chemists. 88 (3): 99–104.
- ^ Rdest U, Sturm M (1987). "Bakteriociny z halobakterií". V Burgess R (ed.). Čištění bílkovin: mikro až makro. New York, New York: Alan R. Liss. str. 271–278.
- ^ Shand RF, Perez AM (1999). "Fyziologie růstu haloarchaeal". In Seckback J (ed.). Enigmatické organismy a život v extrémních prostředích. Dordrecht, Nizozemsko: Kluwer Acadademic Press. 413–424.
- ^ Shand RF, Price LB, O'Connor EM (1999). „Halociny: proteinová antibiotika z prostředí hypersalinů“. V Oren A (ed.). Mikrobiologie a biogeochemie hypersalinních prostředí. Boca Raton, FL: CRC Press. str. 295–306.
- ^ Hammami R, Zouhir A, Ben Hamida J, Fliss I (2007). „BACTIBASE: nová webová databáze pro charakterizaci bakteriocinu“. Mikrobiologie BMC. 7: 89. doi:10.1186/1471-2180-7-89. PMC 2211298. PMID 17941971.
- ^ Hammami R, Zouhir A, Le Lay C, Ben Hamida J, Fliss I (2010). „BACTIBASE druhé vydání: databáze a platforma nástrojů pro charakterizaci bakteriocinu“. Mikrobiologie BMC. 10: 22. doi:10.1186/1471-2180-10-22. PMC 2824694. PMID 20105292.