GlmZ RNA - GlmZ RNA

GlmZ RNA aktivátor glmS mRNA
RF00083.jpg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence GlmZ_SraJ
Identifikátory
SymbolGlmZ_SraJ
Alt. SymbolySraJ
RfamRF00083
Další údaje
RNA typGen; sRNA
DoményBakterie
TAKSO: 0000655
PDB strukturPDBe

GlmZ (formálně známý jako SraJ) je malý nekódující RNA (ncRNA). Jedná se o funkční produkt a gen který není přeložen do protein.

Tato ncRNA byla objevena v bakteriích Escherichia coli během rozsáhlého výpočetního screeningu transkripčních signálů a genomických rysů známých malých genů kódujících RNA.[1] Během tohoto screeningu bylo identifikováno 14 nových genů ncRNA, včetně SraB, SraC, SraD a SraG.[1]

Exprese SraJ byla experimentálně potvrzena Northern blot.[1] Tato ncRNA je exprimována na počátku logaritmická fáze, ale jeho hladina klesá do stacionární fáze. Analýza Northern blot také ukázala, že tato RNA podléhá specifickému štěpení.

Ukázalo se, že sRNA GlmZ pozitivně řídí syntézu GlmS mRNA.[2][3] GlmZ je regulován související sRNA GlmY.[4][5][6] GlmY funguje jako anti-adaptér, váže se na RapZ (RNase adaptorový protein pro sRNA GlmZ), tato vazba brání RapZ ve vazbě na GlmZ a cílí na štěpení RNáza E.[7]

Reference

  1. ^ A b C Argaman L, Hershberg R, Vogel J a kol. (2001). „Nové malé geny kódující RNA v intergenních oblastech Escherichia coli“. Curr. Biol. 11 (12): 941–950. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00270-6. PMID  11448770.
  2. ^ Kalamorz F, Reichenbach B, März W, Rak B, Görke B (2007). „Zpětná vazba na expresi GlmS glukosamin-6-fosfát syntázy GlmS závisí na malé RNA GlmZ a zahrnuje nový protein YhbJ v Escherichia coli“. Mol Microbiol. 65 (6): 1518–1533. doi:10.1111 / j.1365-2958.2007.05888.x. PMID  17824929.
  3. ^ Urban JH, Papenfort K, Thomsen J, Schmitz RA, Vogel J (2007). „Konzervovaná malá RNA podporuje diskoordinovanou expresi mRNA operonu glmUS k aktivaci syntézy GlmS“. J Mol Biol. 373 (3): 521–528. doi:10.1016 / j.jmb.2007.07.035. PMID  17854828.
  4. ^ Reichenbach B, Maes A, Kalamorz F, Hajnsdorf E, Görke B (2008). „Malá RNA GlmY působí upstream od sRNA GlmZ při aktivaci exprese glmS a podléhá regulaci polyadenylací v Escherichia coli“. Nucleic Acids Res. 36 (8): 2570–2580. doi:10.1093 / nar / gkn091. PMC  2377431. PMID  18334534.
  5. ^ Urban JH, Vogel J (2008). „Dvě zdánlivě homologní nekódující RNA působí hierarchicky a aktivují překlad mRNA glmS“. PLoS Biol. 6 (3): e64. doi:10.1371 / journal.pbio.0060064. PMC  2267818. PMID  18351803.
  6. ^ Görke B, Vogel J (2008). "Nekódující kontrola RNA nad produkcí a štěpením cukrů". Genes Dev. 22 (21): 2914–2925. doi:10.1101 / gad.1717808. PMID  18981470.
  7. ^ Göpel, Y; Papenfort, K; Reichenbach, B; Vogel, J; Görke, B (1. března 2013). "Cílený rozpad regulační malé RNA adaptorovým proteinem pro RNázu E a protiraketa anti-adaptační RNA". Geny a vývoj. 27 (5): 552–564. doi:10.1101 / gad.210112.112. PMC  3605468. PMID  23475961.

externí odkazy