GlmY RNA - GlmY RNA

Aktivátor Glm Y RNA glmS mRNA
RF00128.jpg
Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence GlmY_tke1
Identifikátory
SymbolGlmY_tke1
Alt. Symbolytke1
RfamRF00128
Další údaje
RNA typGen; sRNA
DoményBakterie
TAKSO: 0000655
PDB strukturPDBe

The GlmY RNA (formálně známý jako tke1) rodina se skládá z řady bakteriálních RNA geny o délce přibližně 167 bází. Gen GlmY RNA je přítomen v Escherichia coli, Shigella flexneri, Yersinia pestis a Salmonella druh, kde se vyskytuje mezi yfhK a obruba geny. Původně to bylo předpovězeno v bioinformatické obrazovka pro román ncRNA v E-coli.[1]

Ukázalo se, že GlmY sRNA aktivuje syntézu GlmS.[2] Dosahuje toho ovlivněním působení jiné zvané sRNA GlmZ hierarchicky.[3][4][5] GlmY funguje jako anti-adaptér, váže se na RapZ (RNase adaptorový protein pro sRNA GlmZ), tato vazba brání RapZ ve vazbě na GlmZ a cílí na štěpení RNáza E.[6]

Další studie prokázaly, že mutanty GlmY jsou citlivé na obálka buňky stres.[7]

Reference

  1. ^ Rivas, E; Klein RJ; Jones TA; Eddy SR (2001). "Výpočetní identifikace nekódujících RNA v E. coli srovnávací genomikou". Curr Biol. 11 (17): 1369–1373. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00401-8. PMID  11553332.
  2. ^ Urban JH, Papenfort K, Thomsen J, Schmitz RA, Vogel J (2007). „Konzervovaná malá RNA podporuje diskoordinovanou expresi mRNA operonu glmUS k aktivaci syntézy GlmS“. J Mol Biol. 373 (3): 521–528. doi:10.1016 / j.jmb.2007.07.035. PMID  17854828.
  3. ^ Reichenbach B, Maes A, Kalamorz F, Hajnsdorf E, Görke B (2008). „Malá RNA GlmY působí upstream od sRNA GlmZ při aktivaci exprese glmS a podléhá regulaci polyadenylací v Escherichia coli“. Nucleic Acids Res. 36 (8): 2570–2580. doi:10.1093 / nar / gkn091. PMC  2377431. PMID  18334534.
  4. ^ Urban JH, Vogel J (2008). „Dvě zdánlivě homologní nekódující RNA působí hierarchicky a aktivují překlad mRNA glmS“. PLoS Biol. 6 (3): e64. doi:10.1371 / journal.pbio.0060064. PMC  2267818. PMID  18351803.
  5. ^ Görke B, Vogel J (2008). "Nekódující kontrola RNA nad produkcí a štěpením cukrů". Genes Dev. 22 (21): 2914–2925. doi:10.1101 / gad.1717808. PMID  18981470.
  6. ^ Göpel, Y; Papenfort, K; Reichenbach, B; Vogel, J; Görke, B (1. března 2013). "Cílený rozpad regulační malé RNA adaptorovým proteinem pro RNázu E a protiraketa anti-adaptační RNA". Geny a vývoj. 27 (5): 552–564. doi:10.1101 / gad.210112.112. PMC  3605468. PMID  23475961.
  7. ^ Hobbs EC, Astarita JL, Storz G (2010). „Malé RNA a malé proteiny podílející se na odolnosti vůči stresu buněčného obalu a kyselému šoku v Escherichia coli: analýza kolekce mutantů s čárovým kódem“. J Bacteriol. 192 (1): 59–67. doi:10.1128 / JB.00873-09. PMC  2798238. PMID  19734312.

externí odkazy