Geoffrey Chang - Geoffrey Chang

Geoffrey Chang je profesorem na University of California, San Diego je Farmaceutická škola Skaggs and Pharmaceutical Sciences and Department of Pharmacology, School of Medicine. Jeho laboratoř se zaměřuje na strukturní biologie z integrální membránové proteiny, zejména zkoumání Rentgenová krystalografie techniky řešení terciární struktury membránových proteinů, které jsou notoricky rezistentní vůči krystalizace. Laboratoř se specializuje na struktury odolnost proti více lékům transportní proteiny v bakterie. V roce 2001, když byl členem fakulty Výzkumný ústav Scripps, Chang byl oceněn a Cena Beckman Young Investigators Award,[1] navržen tak, aby podporoval výzkumné pracovníky na začátku jejich akademické kariéry, pro jeho práci na strukturní biologii rezistence vůči více lékům[2] V roce 2012 oznámil Chang přesun ze Scripps do sousedního UC San Diego.[3]

V roce 2007 Chang a spoluautoři zatažené pět dříve publikovaných článků popisujících struktury tří multidrogových transportních proteinů poté, co jiná výzkumná skupina zveřejnila velmi odlišnou strukturu, která vedla k objevu kritické Chyba ve vlastních softwarových nástrojích skupiny Chang.[4] Od té doby však Chang publikoval další práce z oblasti strukturní biologie,[5][6] a získal grant EUREKA „za mimořádně inovativní výzkumné projekty, které by mohly mít mimořádně významný dopad na mnoho oblastí vědy“, od National Institutes of Health.[7]

Zatažené papíry

Chang a spoluautoři publikovali práce o strukturách transportérů rezistence k více lékům známých jako EmrE, a MsbA. Ačkoli počáteční struktury byly široce považovány za záhadné v terénu kvůli jejich neočekávanému umístění ATP vazebná místa ve smontovaném stavu dimer,[8] publikace další struktury ve stejné rodině proteinů naznačila, že je nepravděpodobné, že by Changovy struktury představovaly biologicky aktivní konformaci molekul.[9] Chang a spoluautoři stáhli své strukturální dokumenty na EmrE a MsbA, přičemž jako zdroj nesprávné interpretace dat, která vedla k výskytu nesprávně sestavených dimerů, uvedla chybu v interním softwarovém nástroji.[4][10] Uplatnění populárního nástroje pro ověření struktury proteinů u jednoho ze stažených MsbA struktur vede k výsledkům, které naznačují závažné chyby v této struktuře.[11]

V roce 2007 byly odvolány následující články:[10][12]

  • Chang, G; Roth, CB (2001). „Struktura MsbA z E. coli: homolog transportérů ATP vázání kazet (ABC) s více léčivy“. Věda. 293 (5536): 1793–800. doi:10.1126 / science.293.5536.1793. PMID  11546864.
  • Pornillos, O; Chen, YJ; Chen, AP; Chang, G (2005). „Rentgenová struktura multidrogového transportéru EmrE v komplexu se substrátem“. Věda. 310 (5756): 1950–3. doi:10.1126 / science.1119776. PMID  16373573.
  • Reyes, CL; Chang, G (2005). "Struktura ABC transportéru MsbA v komplexu s ADP.vanadátem a lipopolysacharidem". Věda. 308 (5724): 1028–31. doi:10.1126 / science.1107733. PMID  15890884.
  • Chang, G (2003). „Struktura MsbA z Vibrio cholery: homolog transportéru ABC s více léčivy v uzavřené konformaci“. J Mol Biol. 330 (2): 419–30. PMID  12823979.
  • Ma, C; Chang, G (2004). "Struktura efluxního transportéru více léků EmrE z Escherichia coli". Proc Natl Acad Sci USA. 101 (9): 2852–7. doi:10.1073 / pnas.0400137101. PMC  365709. PMID  14970332.

Na tuto epizodu odkazuje vědecký pracovník[13] a populární média[14] jako motivační případová studie se zlepšila softwarové inženýrství praxe v výpočetní biologie.

Nedávná práce

V roce 2009 publikoval Chang příspěvek v Věda,[5] popisující protein, který udržuje určité látky, včetně mnoha léků, mimo buňky. Protein, zkráceně nazývaný P-glykoprotein nebo P-gp, je jedním z hlavních důvodů, proč jsou rakovinné buňky rezistentní na chemoterapeutické léky.[15] V roce 2010 vedl studii publikovanou v Příroda podrobně popisuje strukturu MATE (Multi antimikrobiální extrudovaný protein ) rodinný transportér NorM, který patří k členovi jediné zbývající třídy transportérů rezistence na více léků, které vědci nechali popsat.[6] Práce má důsledky pro boj s nebezpečnými kmeny bakterií rezistentních na antibiotika a pro vývoj odolných kmenů zemědělských plodin.[16]

Reference

  1. ^ „Geoffrey Chang“. Nadace Arnolda a Mabel Beckmanové. Citováno 1. srpna 2018.
  2. ^ Novinky a názory výzkumného ústavu Scripps. Stručně 1 (9): 2. dubna 2001. Datum přístupu 17. ledna 2001.
  3. ^ Robbins, Gary (9. října 2012). „Výzkum Scripps ztrácí pátého talentovaného vědce“. San Diego Union-Tribune. Citováno 10. února 2015.
  4. ^ A b Miller, G (2006). „Vědecké publikování. Noční můra vědce: softwarový problém vede k pěti stažením“. Věda. 314 (5807): 1856–7. doi:10.1126 / science.314.5807.1856. PMID  17185570.
  5. ^ A b Aller, S .; et al. (2009). „Struktura P-glykoproteinu odhaluje molekulární základ pro polyšpecifickou vazbu léčiva“. Věda. 323 (5922): 1718–1722. doi:10.1126 / science.1168750. PMC  2720052. PMID  19325113.
  6. ^ A b On a kol., „Struktura kationu vázaného multidroga a transportéru vytlačování toxických sloučenin,“ http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/abs/nature09408.html
  7. ^ Výzkumný ústav Scripps Geoffrey Chang získal cenu EUREKA http://www.scripps.edu/newsandviews/e_20100920/etc.html
  8. ^ Higgins, CF; Linton, KJ (2001). „Strukturní biologie. Xyz transportérů ABC“. Věda. 293 (5536): 1782–4. doi:10.1126 / science.1065588. PMID  11546861.
  9. ^ Dawson, RJ; Locher, KP (2006). "Struktura bakteriálního multidrogového ABC transportéru". Příroda. 443 (7108): 180–5. doi:10.1038 / nature05155. PMID  16943773.
  10. ^ A b Chang, G; Roth, CB; Reyes, CL; Pornillos, O; Chen, YJ; Chen, AP (2006). "Odvolání". Věda. 314 (5807): 1875. doi:10.1126 / science.314.5807.1875b. PMID  17185584.
  11. ^ Wiederstein, M; Sippl, MJ (2007). „ProSA-web: interaktivní webová služba pro rozpoznávání chyb v trojrozměrných strukturách proteinů“. Nucleic Acids Res. 35 (Problém s webovým serverem): W407–10. doi:10,1093 / nar / gkm290. PMC  1933241. PMID  17517781.
  12. ^ Gawrylewski A. (2006). Retrakce znepokojují strukturální bio: Nedávná zjištění potvrzují závěry z pěti vysoce citovaných článků Vědec 4. ledna 2007 Plný text zdarma Datum přístupu 17. ledna 2007.
  13. ^ Perkel, Jeffrey M. (29. června 2011). "Kódování cesty z problému". Přírodní metody. 8 (7): 541–543. doi:10.1038 / nmeth.1631. PMID  21716280.
  14. ^ Tenner, Edward (7. prosince 2012). „Buggy Software: Achilles Heel of Big-Data-Powered Science?“. Atlantik. Citováno 10. února 2015.
  15. ^ Vědci najdou strukturu proteinu, díky kterému jsou rakovinné buňky odolné vůči chemoterapii http://www.scripps.edu/newsandviews/e_20090330/chang.html
  16. ^ Výzkumný ústav Scripps http://www.scripps.edu/news/press/20100922 Archivováno 2010-09-28 na Wayback Machine

externí odkazy