Zobecněné zarovnání stromu - Generalized tree alignment - Wikipedia

Ve výpočetní oblasti fylogenetika, zobecněné zarovnání stromu je problém výroby vícenásobné zarovnání sekvence a a fylogenetický strom na sadě sekvencí současně, na rozdíl od samostatně.^[1]

Formálně, Zobecněné zarovnání stromu je následující optimalizační problém.

Vstup: Sada ${ displaystyle S}$ a funkce úpravy vzdálenosti ${ displaystyle d}$ mezi sekvencemi,

Výstup: Strom ${ displaystyle T}$ označeno listem ${ displaystyle S}$ a označeny sekvencemi na vnitřních uzlech, takovými ${ displaystyle Sigma _ {e in T} d (e)}$ je minimalizován, kde ${ displaystyle d (e)}$ je vzdálenost pro úpravy mezi koncovými body ${ displaystyle e}$ .^[2]

Toto je v kontrastu s zarovnání stromu, kde je strom poskytnut jako vstup.

Reference

^ Schwikowski, Benno; Vingron, Martin (1997). „Heuristika odložené cesty pro problém s obecným zarovnáním stromu“. Journal of Computational Biology. 4 (3): 415–431. doi:10.1089 / cmb.1997.4.415. ISSN 1066-5277. PMID 9278068.
^ Srinivas Aluru (21. prosince 2005). Příručka výpočetní molekulární biologie. CRC Press. 19–26. ISBN 978-1-4200-3627-5.

Tento článek týkající se bioinformatiky je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[SchwikowskiVingron1997-1] Schwikowski, Benno; Vingron, Martin (1997). „Heuristika odložené cesty pro problém s obecným zarovnáním stromu“. Journal of Computational Biology. 4 (3): 415–431. doi:10.1089 / cmb.1997.4.415. ISSN 1066-5277. PMID 9278068.

[Aluru2005-2] Srinivas Aluru (21. prosince 2005). Příručka výpočetní molekulární biologie. CRC Press. 19–26. ISBN 978-1-4200-3627-5.

[1]

[2]