Srinivas Aluru - Srinivas Aluru
Srinivas Aluru | |
---|---|
![]() | |
Státní občanství | americký |
Alma mater | Iowská státní univerzita |
Ocenění | John V. Atanasoff Discovery Award (2017) Člen IEEE (2010) AAAS Fellow (2010) Společenstvo Swarnajayanti (2007-2012) Zlaté jádro počítačové společnosti IEEE Záslužná služba IEEE Computer Society NSF Career (1997) |
Vědecká kariéra | |
Pole | Vysoce výkonná výpočetní technika, datová věda, bioinformatika, vědecké výpočty, řetězcové algoritmy |
Instituce | Iowská státní univerzita Gruzínský technologický institut |
Teze | Na distribuci nezávislé hierarchické metody N-těla |
Doktorský poradce | John Gustafson, G.M. Prabhu |
Srinivas Aluru je profesorem na Škola výpočetní vědy a techniky na Gruzínský technologický institut a výkonný ředitel Gruzie Tech Interdisciplinární výzkumný ústav v oblasti datového inženýrství a vědy.[1][2] Jeho hlavními oblastmi výzkumu jsou vysoce výkonné výpočty, věda o datech, bioinformatika a systémová biologie, kombinatorické metody ve vědeckých výpočtech a řetězcové algoritmy. Aluru je členem Americká asociace pro rozvoj vědy (AAAS) a Institute for Electrical and Electronic Engineers (IEEE). On je nejlépe známý pro jeho výzkumné příspěvky v paralelní algoritmy a aplikace, interdisciplinární výzkum v bioinformatika a výpočetní biologie, a zejména průsečík těchto dvou polí.[3][4]
Vzdělávání
Aluru dokončil B.S. v informatice na Indický technologický institut v Madrasu v roce 1989. Poté obdržel M.S. a Ph.D. v oboru počítačových věd v letech 1991 a 1994, oba z Iowská státní univerzita. Jeho disertační práce byla „Distribučně nezávislé hierarchické metody N-těla“.[1]
Kariéra a výzkum
Aluru zahájil svou kariéru v roce 1991 jako výzkumný asistent v Amesova laboratoř. Po získání titulu Ph.D. krátce pracoval v Syrakuská univerzita jako hostující odborný asistent před nástupem jako odborný asistent na Ústavu výpočetní techniky na Státní univerzita v Novém Mexiku. V roce 1999 se vrátil ke své alma mater, aby sloužil jako člen fakulty na katedře elektrotechniky a výpočetní techniky. Ve státě Iowa zastával Stanley Chair v interdisciplinárním inženýrství (2006–2009) a profesorem Mehl (2009–2013). Předsedal mezirezortnímu bioinformatickému programu (2005–2007) a působil jako spolupracovník pro výzkum a postgraduální vzdělávání na katedře ECE (2003–2006). Získal několik univerzitních ocenění za výzkum, včetně rané kariéry, střední kariéry a ocenění za vynikající výsledky v oblasti výzkumu, a vedl výzkum v oblasti vysoce výkonných počítačů a bioinformatiky. V roce 2013 přešel na School of Výpočetní věda a inženýrství na Georgia Institute of Technology.[1]
Výzkum Aluru se soustředil na příspěvky pro paralelní algoritmy a zejména bioinformatika genomika. Byl průkopníkem ve vývoji paralelních metod ve výpočetní biologii a ve vývoji algoritmů a softwaru pro vysoce výkonnou sekvenční analýzu DNA a jejích aplikací. V této souvislosti některé práce jeho skupiny vedly k vývoji základních řetězcových algoritmů, zejména pro konstrukci pole přípon a algoritmů pro přibližnou shodu sekvence. Rovněž vyřešil otevřený problém výpočtu vzdálenosti řetězce nebo zarovnání biologické sekvence v optimálním čase a prostoru. Spolupracoval s vědci na několika významných projektech, včetně sekvenování genomu kukuřice, hledání nových genů v kukuřici a odhalení genetických mechanismů, které jsou základem růstu a reakce sucha na rostliny.[5]
Aluru, průkopník v oblasti velkých dat, vedl jeden z osmi inauguračních středně velkých projektů NSF-NIH Big Data oceněných v prvním kole federálních investic do velkých dat v roce 2012. Podílel se na workshopech White House vedených NITRD a OSTP a NSF a DOE vedly úsilí k vytvoření a podpoře výzkumu velkých dat. Vedl úsilí o vytvoření NSF South Big Data Regional Innovation Hub,[6] která podporuje partnerství v oblasti velkých dat mezi organizacemi v 16 jižních státech USA a USA Washington DC..
Ocenění
- Fellow, American Association for the Advancement of Science[7]
- Fellow, Institute for Electrical and Electronics Engineers (IEEE) and IEEE Computer Society[1]
Vybrané publikace
- Schnable, Patrick S .; Ware, Doreen; Fulton, Robert S .; Stein, Joshua C .; Wei, Fusheng; Pasternak, Shiran; Liang, Chengzhi; Zhang, Jianwei; Fulton, Lucinda (2009-11-20). „Genom kukuřice B73: složitost, rozmanitost a dynamika“. Věda. 326 (5956): 1112–1115. Bibcode:2009Sci ... 326.1112S. doi:10.1126 / science.1178534. ISSN 0036-8075. PMID 19965430. S2CID 21433160.
- Ko, Pang; Aluru, Srinivas (2003-06-25). Prostorově efektivní lineární časová konstrukce příponových polí. Kombinatorické porovnávání vzorů. Přednášky z informatiky. Springer, Berlín, Heidelberg. 200–210. doi:10.1007/3-540-44888-8_15. ISBN 978-3540448884.
- Huang, Xiaoqiu; Wang, Jianmin; Aluru, Srinivas; Yang, Shiaw-Pyng; Hillier, LaDeana (01.09.2003). „PCAP: Program shromáždění celého genomu“. Výzkum genomu. 13 (9): 2164–2170. doi:10,1101 / gr. 1390403. ISSN 1088-9051. PMC 403719. PMID 12952883.
- Kim, Dong Kyue; Sim, Jeong Seop; Park, Heejin; Park, Kunsoo (2003-06-25). Konstrukce lineárních časů příponových polí. Kombinatorické porovnávání vzorů. Přednášky z informatiky. Springer, Berlín, Heidelberg. 186–199. CiteSeerX 10.1.1.458.3655. doi:10.1007/3-540-44888-8_14. ISBN 978-3540448884.
- Yu, Xiaofei; Li, Lei; Zola, Jaroslaw; Aluru, Maneesha; Ye, Huaxun; Foudree, Andrew; Guo, Hongqing; Anderson, Sarah; Aluru, Srinivas (2011-02-01). „Brassinosteroidní transkripční síť odhalená genomovou identifikací cílových genů BESI v Arabidopsis thaliana“. The Plant Journal. 65 (4): 634–646. doi:10.1111 / j.1365-313X.2010.04449.x. ISSN 1365-313X. PMID 21214652.
- Aluru, Srinivas (2005-12-21). Příručka výpočetní molekulární biologie. CRC Press. ISBN 9781420036275.
- Yang, X .; Chockalingam, S. P .; Aluru, S. (01.01.2013). „Průzkum metod opravy chyb pro sekvenování nové generace“. Briefings in Bioinformatics. 14 (1): 56–66. doi:10.1093 / bib / bbs015. ISSN 1467-5463. PMID 22492192.
- Aluru, Srinivas (2005). "Prostorově efektivní lineární časová konstrukce příponových polí". Journal of Discrete Algorithms. 3 (2–4): 143–156. doi:10.1016 / j.jda.2004.08.002.
- Yang, X .; Dorman, K. S .; Aluru, S. (2010-10-15). "Reptile: Reprezentativní obklad pro opravu chyb při krátkém čtení". Bioinformatika. 26 (20): 2526–2533. doi:10.1093 / bioinformatika / btq468. ISSN 1367-4803. PMID 20834037.
- Ott, Michael; Zola, Jaroslaw; Stamatakis, Alexandros; Aluru, Srinivas (2007). „Rozsáhlá fylogenetická analýza založená na maximální věrohodnosti u produktu IBM Blue Gen/ L ". Sborník konference ACM / IEEE 2007 o superpočítači - SC '07. p. 1. doi:10.1145/1362622.1362628. ISBN 9781595937643. S2CID 16113442.
- Kalyanaraman, A. (06.06.2003). „Efektivní shlukování velkých datových souborů EST na paralelních počítačích“. Výzkum nukleových kyselin. 31 (11): 2963–2974. doi:10.1093 / nar / gkg379. ISSN 0305-1048. PMC 156714. PMID 12771222.
- Rajko, S .; Aluru, S. (prosinec 2004). "Prostorové a časové optimální zarovnání paralelních sekvencí". Transakce IEEE na paralelních a distribuovaných systémech. 15 (12): 1070–1081. doi:10.1109 / TPDS.2004.86. ISSN 1045-9219. S2CID 1183248.
Reference
![]() | Scholia má autor profil pro Srinivas Aluru. |
- ^ A b C d „Srinivas Aluru's Home“. www.cc.gatech.edu. Citováno 2017-12-03.
- ^ „Georgia Tech splňuje výzvy v oblasti velkých dat spojením nového institutu“. www.news.gatech.edu. Citováno 2017-12-03.
- ^ „NSF ohlašuje meziresortní pokrok v iniciativě Big Data Administration | NSF - National Science Foundation“. www.nsf.gov. Citováno 2017-12-03.
- ^ "Zprávy - Video - Srinivas Aluru ze státní univerzity v Iowě pracuje na křižovatce biologických věd a velkých dat. | NSF - National Science Foundation". www.nsf.gov. Citováno 2017-12-03.
- ^ „Vědci podrobně popisují genetické mechanismy, které řídí růst a sucho v rostlinách. Citováno 2017-12-03.
- ^ „Georgia Tech a UNC RENCI povedou hlavní úsilí, které aplikuje řešení velkých dat na regionální výzvy | College of Computing“. www.cc.gatech.edu. Citováno 2017-12-03.
- ^ „Aluru, Srinivas“. AAAS - světově největší obecná vědecká společnost. 2016-08-29. Citováno 2017-12-03.