Global Ocean Sampling Expedition - Global Ocean Sampling Expedition
The Global Ocean Sampling Expedition (GOS) je průzkum oceánu genomový projekt jehož cílem je posoudit genetická rozmanitost v mořská mikrobiální společenství a pochopit jejich roli v základních procesech přírody. Začalo to jako Sargasové moře pilotní projekt vzorkování v srpnu 2003; Craig Venter oznámila úplnou expedici dne 4. března 2004.[Citace je zapotřebí ] Dvouletá cesta, na které se používala osobní jachta Craiga Ventera, vznikla v roce Halifax, Kanada, obeplul zeměkouli a ukončena v USA v lednu 2006. Expedice odebrala vzorky vody z Halifax, nové Skotsko do východní tropické Tichý oceán. V průběhu roku 2007 pokračoval odběr vzorků podél západního pobřeží Severní Ameriky.
Analýza dat
Datové sady GOS byly odeslány oběma NCBI[1] a Cyberinfrastruktura komunity pro pokročilý výzkum a analýzu mořské mikrobiální ekologie (CAMERA), nový online zdroj pro námořní dopravu metagenomika financovaný Gordon and Betty Moore Foundation, vyvinutý společností JCVI a hostitelem UC San Diego divize Kalifornský institut pro telekomunikace a informační technologie (Calit2). Sada nástrojů CAMERA byla vyvinuta společností JCVI a odráží nástroje použité při počátečním zveřejnění datových sad GOS.
Financování
Snaha Čaroděj II byla financována z:
- the Gordon and Betty Moore Foundation (sekvenování a analýza)[2]
- the Ministerstvo energetiky Spojených států, Office of Science (řazení a analýza)[2]
- The Institut J. Craiga Ventera (provoz lodi)[2]
- Sedmiletá nadace Moore Foundation, 24,5 milionu USD, grant (FOTOAPARÁT )[2]
Plavidlo
| Dějiny | |
|---|---|
| Název: | Čaroděj II |
| Stavitel: | Cookson |
| Spuštěno: | 1998 |
| Motto: | – |
| Obecná charakteristika | |
| Délka: | 28,95 m (95,0 ft) |
| Paprsek: | 7,08 m (23,2 ft) |
| Návrh: | 2,84 m (9 ft 4 v) |
| Pohon: | Jeden Cummins 300 HP |
Čaroděj II, 95 stop šalupa, absolvoval dvouletou vědeckou expedici, která obcházela planetu ve středních zeměpisných šířkách a sbírala vzorky mikrobů v mořské vodě pro genetické sekvenování a katalogizaci. Byla navržena nejen jako světová jachta, ale také jako loď schopná zvládnout extrémy v zeměpisných šířkách, od rovníkového tepla a vlhkosti až po zeměpisné šířky mezi 60 a 70 stupni. Konstrukce SORCERER II je lehká na výkon, ale velmi pevná, s jejími lamináty kevlar a E, lepením epoxidem a pečlivě vybranými materiály jádra.
Plavidlo navrhl Německé Frers a nese 2 400 litrů (630 US gal) vody.
Publikace
Následující seznam obsahuje oficiální publikace projektu a Institut J. Craiga Ventera.
- Venter, JC; Remington, K; Heidelberg, JF; Halpern, AL; Rusch, D; Eisen, JA; Wu, D; Paulsen, já; et al. (2. dubna 2004). „Environmentální genomové brokovnice v Sargasovém moři“. Věda. New York, New York: Americká asociace pro rozvoj vědy. 304 (5667): 66–74. Bibcode:2004Sci ... 304 ... 66V. doi:10.1126 / science.1093857. ISSN 0193-4511. PMID 15001713.
- Yooseph, S; Sutton, G; Rusch, DB; Halpern, AL; Williamson, SJ; Remington, K; Eisen, JA; Heidelberg, KB; et al. (13. března 2007). „Expedice Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Expansion the Universe of Protein Families“. PLoS Biology. USA: Veřejná knihovna vědy. 5 (3): e16. doi:10.1371 / journal.pbio.0050016. ISSN 1544-9173. PMC 1821046. PMID 17355171.
- Kannan, N; Taylor, SS; Zhai, Y; Venter, JC; Manning, G (13. března 2007). „Strukturální a funkční rozmanitost mikrobiálního kinomu“. PLoS Biology. USA: Veřejná knihovna vědy. 5 (3): e17. doi:10.1371 / journal.pbio.0050017. ISSN 1544-9173. PMC 1821047. PMID 17355172.
- Rusch, DB; Halpern, AL; Sutton, G; Heidelberg, KB; Williamson, S; Yooseph, S; Wu, D; Eisen, JA; et al. (13. března 2007). „Expedice Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Northwest Atlantic through Eastern Tropical Pacific“. PLoS Biology. USA: Veřejná knihovna vědy. 5 (3): e77. doi:10.1371 / journal.pbio.0050077. ISSN 1544-9173. PMC 1821060. PMID 17355176.
- Yutin, N; Suzuki, MT; Teeling, H; Weber, M; Venter, JC; Rusch, DB; Béjà, O (1. června 2007). „Hodnocení diverzity a biogeografie aerobních anoxygenních fototrofních bakterií v povrchových vodách Atlantického a Tichého oceánu pomocí metagenomů expedice Global Ocean Sampling“. Mikrobiologie prostředí. Anglie: Blackwell Science. 9 (6): 1464–75. doi:10.1111 / j.1462-2920.2007.01265.x. ISSN 1462-2912. PMID 17504484.
- Sharon, já; Tzahor, S; Williamson, S; Shmoish, M; Man-Aharonovich, D; Rusch, DB; Yooseph, S; Zeidner, G; et al. (1. října 2007). „: Geny virových fotosyntetických reakčních center a přepisy v mořském prostředí“. Časopis ISME. Anglie: Nature Publishing Group. 1 (6): 492–501. doi:10.1038 / ismej.2007.67. ISSN 1751-7362. PMID 18043651.
- Williamson, SJ; Rusch, DB; Yooseph, S; Halpern, AL; Heidelberg, KB; Glass, JI; Andrews-Pfannkoch, C; Fadrosh, D; et al. (23. ledna 2008). Hall, Neil (ed.). „Expedice Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Metagenomic Characterization of Viruses within Aquatic Microbial Samples“. PLOS ONE. USA: Veřejná knihovna vědy. 3 (1): e1456. Bibcode:2008PLoSO ... 3,1456 W.. doi:10.1371 / journal.pone.0001456. ISSN 1932-6203. PMC 2186209. PMID 18213365.
- Shaw, AK; Halpern, AL; Beeson, K; Tran, B; Venter, JC; Martiny, JBH (10. září 2008). „Je to všechno relativní: hodnocení rozmanitosti komunit vodních bakterií“. Mikrobiologie prostředí. Anglie: Blackwell Science. 10 (9): 2200–10. doi:10.1111 / j.1462-2920.2008.01626.x. ISSN 1462-2912. PMID 18637951.
Viz také
Poznámky
- ^ Projekt Global Ocean Sampling Expedition v Institutu J. Craiga Ventera, ID projektu 13694, Národní centrum pro biotechnologické informace, webové stránky přístupné 17. března 2007
- ^ A b C d Více než šest milionů nových genů, tisíce nových rodin bílkovin a neuvěřitelný stupeň mikrobiální rozmanitosti objevené z první fáze celosvětové expedice pro odběr vzorků oceánu Ocean Sorcerer II Tisková zpráva ze dne 13. března 2007, Institut J. Craiga Ventera
