Test čtyř gamet - Four-gamete test - Wikipedia
 | tento článek možná matoucí nebo nejasné čtenářům. (Červenec 2008) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
v populační genetika, test čtyř gamet je metoda detekce historických rekombinace Události.[1]
Popis
Vzhledem k souboru čtyř nebo více vzorků haploidní chromozomy, test čtyř gamet (FGT) detekuje události rekombinace vyhledáním párů segregující weby které by nemohly vzniknout bez rekombinace nebo opakování mutace. Podle předpokladu nekonečných míst (tj. Opakované mutace mají nulovou pravděpodobnost) je pravděpodobnost opakované mutace nulová, a proto je odvozena událost rekombinace. Například pokud studovaná data sestávají z dvoj alel jedno-nukleotidový polymorfismus data, mohla by být vygenerována následující konfigurace bez rekombinace.
| Chromozóm | Stránka 1 | Stránka 2 |
|---|---|---|
| 1 | 0 | 0 |
| 2 | 1 | 0 |
| 3 | 0 | 1 |
Následující konfiguraci však nelze vygenerovat bez rekombinace.
| Chromozóm | Stránka 1 | Stránka 2 |
|---|---|---|
| 1 | 0 | 0 |
| 2 | 1 | 0 |
| 3 | 0 | 1 |
| 4 | 1 | 1 |
FGT detekuje událost rekombinace, pokud výše uvedená konfigurace nastane v datech. Data ve výše uvedené konfiguraci jsou považována za nekompatibilní s jakoukoli nerekombinovatelnou historií předků.
FGT má nízkou hodnotu statistická síla detekovat rekombinaci. FGT je dále vhodný pouze tehdy, když rychlost mutace je výrazně menší než rychlost rekombinace. Pokud je rychlost mutace vysoká, pak je porušen předpoklad nekonečných míst. Například FGT je obecně vhodný pro lidské datové sady, ale je nevhodný pro bakteriální datové sady.