Exiguobacterium - Exiguobacterium

Exiguobacterium
Vědecká klasifikace
Království:
Bakterie
Kmen:
Firmicutes
Třída:
Bacilli
Objednat:
Bacillales
Rodina:
Bacillaceae
Rod:
Exiguobacterium

Collins a kol. 1983[1]
Zadejte druh
Exiguobacterium aurantiacum[1]
Druh

E. acetylicum[1]
E. aestuarii[1]
E. alkaliphilum[1]
E. antarcticum[1]
E. aquaticum[1]
E. artemiae[1]
E. aurantiacum[1]
E. chiriqhucha[1]
E. enclense[1]
E. indicum[1]
E. marinum[1]
E. mexicanum[1]
E. oxidotolerany[1]
E. profundum[1]
E. sibiricum[1]
E. soli[1]
E. undae[1]

Exiguobacterium je rod bacily a člen nízká GC phyla z Firmicutes. Collins et al. nejprve popsal rod Exiguobacterium s charakterizací E. aurantiacum kmen DSM6208T ze závodu na zpracování alkalických brambor.[2] Bylo zjištěno v oblastech pokrývajících široký rozsah teplot (-12 ° C - 55 ° C), včetně ledovců v Grónsko a horké prameny Yellowstone, a byl izolován od starověku permafrost na Sibiři.[3] Tato schopnost přežít v různých teplotních extrémech z nich dělá důležitou oblast studia. Některé kmeny jsou kromě dynamické tepelné adaptace také halotolerantní (do média přidaného až 13% NaCl), mohou růst v širokém rozmezí hodnot pH (5–11), tolerovat vysoké úrovně UV záření a stres těžkých kovů (včetně arsenu).[4]

Exiguobacterium jsou globálně rozmanité organismy, které se nacházejí v různých prostředích včetně mikrobiality (Trombolit[5] z Pavilon Lake, BC a Stromatolity[6] z Laguna Socompa, Argentina), oceán,[7] sladkovodní jezera,[8] Himálajský led,[9] Himálajský půda,[10] hydrotermální průduchy,[11] slané krevety [12] a mikrobiálně biofilmy [13]

Sedm genomy z rodu byly vyplněny buď jako úplné (jeden oběžník chromozóm, s plazmidy ) nebo ve formátu konceptu (obsahující více nesestavených kontigy ). Nový druh Exiguobacterium chiriqhucha bylo zjištěno, že má globální distribuci ve studených jezerech z Grónska, jezera Pavilion BC a Laguna Negra v Argentině.[14] „Chiri qhucha“ v kečuánštině znamená „studené jezero“. Studie Gutiérrez-Preciada a kol. byla potvrzena dokončením genomů dvou kmenů Exiguobacterium chiriqhucha RW2 a GIC31.[15]Analýza fosfolipidových mastných kyselin (PLFA) při různých teplotách v% Exiguobacterium chiriqhucha kmen RW2 má za následek zásadní přeskupení funkce buněčné membrány, které může umožnit přizpůsobení její teploty, pH a slanosti.[16]

Biologický rozklad plastů

Podle článku ve Stanford News Service,[17] vedoucí výzkumný inženýr Wei-Min Wu ve svém článku uvedl: „Biologický rozklad a mineralizace polystyrenu plastickými jedovatými červy. 2. Úloha střevních mikroorganismů.“ [18] že mouční červi může přežít na dietě polystyren při podpoře kmenem YT2 Exiguobacterium žijícím v jejich střevech.

Viz také

  • Organismy rozbíjející plasty

Reference

  1. ^ A b C d E F G h i j k l m n Ó p q r s Parte, A.C. „Exiguobacterium“. LPSN.
  2. ^ Collins MD, Lund BM, Farrow JA, Schleifer KH (1983). „Chemotaxonomická studie alkalifilní bakterie, Exiguobacterium aurantiacum gen nov., Sp. Nov“. J. Gen. Microbiol. 129 (7): 2037–2042. doi:10.1099/00221287-129-7-2037.
  3. ^ Vishnivetskaya, Tatiana A .; Kathariou, Sophia; Tiedje, James M. (květen 2009). "Rod Exiguobacterium: biologická rozmanitost a biogeografie". Extremophiles. 13 (3): 541–555. arXiv:1109.6589. doi:10.1007 / s00792-009-0243-5. PMID  19381755.
  4. ^ Ordoñeza OF, Lanzarottid E, Kurtha D, Gorritia MF, Revalec S, Cortez N, MP Vazquez, Farías ME, Turjanskie AG (červenec – srpen 2013). "Návrh genomové sekvence polyextremofilního Exiguobacterium sp. Kmen S17, izolovaný od hyperarsenických jezer v argentinské Puna". Oznámení o genomu. 1 (4): 2037–2042. doi:10.1128 / genomA.00480-13. PMC  3735063. PMID  23887911.
  5. ^ White III RA, Grassa CJ, Suttle CA (červenec – srpen 2013). „Návrh sekvence genomu kmene Exiguobacterium pavilionensis RW-2 se širokou tolerancí termální, slané a pH, izolovaný z moderních sladkovodních mikrobialitů“. Oznámení o genomu. 1 (4): e00597–13. doi:10.1128 / genomA.00597-13. PMC  3738901. PMID  23929485.
  6. ^ Ordoñez OF, Lanzarotti E, Kurth D, Gorriti MF, Revale S, Cortez N, MP Vazquez, Farías ME, Turjanski AG (červenec – srpen 2013). "Návrh genomové sekvence polyextremofilního Exiguobacterium sp. Kmen S17, izolovaný od hyperarsenických jezer v argentinské Puna". Oznámení o genomu. 1 (4): 2037–2042. doi:10.1128 / genomA.00480-13. PMC  3735063. PMID  23887911.
  7. ^ Kim IJ, Lee MH, Jung SY, Song JJ, Oh TK, Yoon JH (2005). „Exiguobacterium aestuarii sp. Nov. A E. marinum sp. Nov., Izolované z přílivové vody žlutého moře v Koreji“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 55 (2): 885–889. doi:10.1099 / ijs.0.63308-0. PMID  15774680.
  8. ^ Raichand R, Pareek S, Singh NK, Mayilraj S (2012). „Exiguobacterium aquaticum sp. Nov., Nový člen rodu Exiguobacterium“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 62 (Pt 9): 2150–2155. doi:10.1099 / ijs.0.035790-0. PMID  22058319.
  9. ^ Chaturvedi P, Shivaji S (2006). „Exiguobacterium indicum sp. Nov., Psychrofilní bakterie z ledovce Hamta v himálajských pohořích v Indii“. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 56 (103): 2765–2770. doi:10.1099 / ijs.0.64508-0. PMID  17158975.
  10. ^ Singh NK, Raichand R, Kaur I, Kaur C, Pareek S, Mayilraj S (2013). „Exiguobacterium himgiriensis sp. Nov., Nový člen rodu Exiguobacterium, izolovaný z indických Himalájí“. Antonie van Leeuwenhoek. 103 (4): 789–796. doi:10.1007 / s10482-012-9861-5. PMID  23229437.
  11. ^ Crapart S, Fardeau ML, Cayol JL, Thomas P, Sery C, Ollivier B, Combet-Blanc Y (2007). „Exiguobacterium profundum sp., Nov., Středně teplomilná bakterie produkující kyselinu mléčnou izolovaná z hlubinného hydrotermálního otvoru“. Int. J. Syst. Bacteriol. 57 (Pt 2): 287–292. doi:10.1099 / ijs.0.64639-0. PMID  17267965.
  12. ^ Lopez-Cortes A, Schumann P, Pukall R, Stackebrandt E (2006). "Exiguobacterium mexicanum sp. Nov. A Exiguobacterium artemiae sp., Nov., Izolované z artemie artemické franciscana". Syst. Appl. Microbiol. 29 (3): 183–190. doi:10.1016 / j.syapm.2005.09.007. PMID  16564954.
  13. ^ Carneiro AR; Ramos RT; Dall’Agnol H; Pinto AC; de Castro Soares S; Santos AR; Guimarães LC; Almeida SS; Baraúna RA; das Graças DA; Franco LC; Ali A; Hassan SS; Nunes CI; Barbosa MS; Fiaux KK; Aburjaile FF; Barbosa EG; Bakhtiar SM; Vilela D; Nóbrega F; dos Santos AL; Carepo MS; Azevedo V; Schneider MP; Pellizari VH; Silva A (2012). "Genome sequence of Exiguobacterium antarcticum B7, isolated from a biofilm in Ginger Lake, King George Island, Antarctica". J. Bacteriol. 23 (23): 6689–6690. doi:10.1128 / JB.01791-12. PMC  3497522. PMID  23144424.
  14. ^ Gutiérrez-Preciado A, Vargas-Chávez C, Reyes-Prieto M, Ordoñez OF, Santos-García D, Rosas-Pérez T, Valdivia-Anistro J, Rebollar EA, Saralegui A, Moya A, Merino E, Farías ME, Latorre A , Souza V. (2017). „Genomová sekvence Exiguobacterium chiriqhucha str. N139 odhaluje druh, kterému se daří ve studených vodách a extrémních podmínkách prostředí.“. PeerJ. 5: e3162. doi:10,7717 / peerj.3162. PMC  5399880. PMID  28439458.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
  15. ^ White III RA, Soles SA, Gavelis G, Gosselin E, Slater GF, Lim DSS, Leander B, Suttle CA. (2019). „Kompletní genom a fyziologická analýza eurytermální firmy Exiguobacterium chiriqhucha kmen RW2 izolovaný ze sladkovodního mikrobialitu, široce přizpůsobitelný širokému rozmezí teplot, pH a slanosti ". Hranice v mikrobiologii. 9: 3189. doi:10.3389 / fmicb.2018.03189. PMC  6331483. PMID  30671032.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
  16. ^ White III RA, Soles SA, Gavelis G, Gosselin E, Slater GF, Lim DSS, Leander B, Suttle CA. (2019). „Kompletní genom a fyziologická analýza eurytermální firmy Exiguobacterium chiriqhucha kmen RW2 izolovaný ze sladkovodního mikrobialitu, široce přizpůsobitelný širokému rozmezí teplot, pH a slanosti ". Hranice v mikrobiologii. 9. doi:10.3389 / fmicb.2018.03189. PMC  6331483. PMID  30671032.CS1 maint: používá parametr autoři (odkaz)
  17. ^ „Červi žeroucí plasty mohou nabídnout řešení pro zvyšování odpadu, objevují vědci ze Stanfordu - Stanford News Release“. news.stanford.edu. 2015-09-29.
  18. ^ Yang Y, Yang J, Wu WM, Zhao J, Song Y, Gao L, Yang R, Jiang L (2015). „Biodegradace a mineralizace polystyrenu plasticky jedlými červy: Část 2. Úloha střevních mikroorganismů“. Environ. Sci. Technol. 49 (20): 12087–93. Bibcode:2015EnST ... 4912087Y. doi:10.1021 / acs.est.5b02663. PMID  26390390.