Databáze eukaryotických patogenů - Eukaryotic Pathogen Database

Logo EuPathDB.jpg

The Eukaryotická databáze Pathgennebo EuPathDB, je databáze bioinformatických a experimentálních údajů vztahujících se k řadě eukaryotických patogenů. Byla založena v roce 2006 na základě a Národní institut zdraví program k vytvoření Centra zdrojů pro bioinformatiku usnadnit výzkum patogenů, které mohou představovat biologickou obranu.[Citace je zapotřebí ] EuPathDB ukládá data související s jeho zájmovými organismy a poskytuje nástroje pro jejich prohledávání a analýzu. V současné době se skládá ze 14 databází komponent, z nichž každá je věnována určitému výzkumnému tématu. EUPathDB zahrnuje:

  • Zdroje genomiky pokrývající parazity eukaryotických prvoků
  • Odpovědi hostitele na infekci parazity (HostDB)
  • Ortology (OrthoMCL)
  • Údaje z klinické studie (ClinEpiDB)
  • Data mikrobiomu (MicrobiomeDB)

Dějiny

EuPathDB byla založena v rámci NIH Centra zdrojů pro bioinformatiku programují jako ApiDB, zdroj určený k pokrytí Apicomplexan paraziti.[1] ApiDB původně sestával z komponentních stránek CryptoDB (pro Cryptosporidium ), PlasmoDB (pro Plasmodium ) a ToxoDB (pro Toxoplasma gondii ).[2] Jak se ApiDB začal soustředit na eukaryotické patogeny nad rámec Apicomplexans, byl název změněn na EuPathDB, aby podpořil jeho rozšířený rozsah.[3] EuPathDB byl výsledkem spolupráce mnoha různých parazitologů, včetně Davida Roose, Jessica Kissinger a Dyann Wirth.[4][5]

Funkce

Jedná se o integrovanou databázi pokrývající eukaryotické patogeny v několika rodech. Umožňuje přístup k podrobným genom informace spojené s těmito patogeny. EuPathDB byl dříve známý jako ApiDB a byl integrovaným prostředkem pro apicomplexans pokrývající databáze přidružených patogenů, ToxoDB, PiroplasmDB a CryptoDB.[2]

V současné době EuPathDB pokrývá 11 databází, nejnovější přírůstek je databáze Piroplasma který podporuje Babesie a Theileria. Tento BRC je jedním z pěti center, jejichž financování je poskytováno na podporu výzkumných institucí. EuPath podporuje vyšetřování eukaryotických patogenů a další čtyři centra podporují vyšetřování dalších chorobných patogenů.[6] Vyvinula propracovaný vyhledávací systém poskytující neocenitelnou pomoc vědcům.[3]

Komponentní databáze

EuPathDB se skládá ze 14 komponentních databází, každá se zvláštním zaměřením:[7]

Reference

  1. ^ Greene JM, Collins F, Lefkowitz EJ, Roos D, Scheuermann RH, Sobral B, Stevens R, White O, Francsco VD. „Národní ústav zdrojů pro bioinformatiku pro alergie a infekční nemoci: Nová aktiva pro patogenní informatiku“. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc)
  2. ^ A b Aurrecoechea C, Heiges M, Wang H, Wang Z, Fischer S, Rhodes P, Miller J, Kraemer E, Stoeckert CJ Jr, Roos DS, Kissinger JC (2007). „ApiDB: integrované zdroje pro centrum zdrojů bioinformatiky apicomplexan“. Nucleic Acids Res. 35: D427-30. doi:10.1093 / nar / gkl880. PMC  1669770. PMID  17098930.
  3. ^ A b Aurrecoechea C, Brestelli J, Brunk BP, Fischer S, Gajria B, Gao X, Gingle A, Grant G, Harb OS, Heiges M, Innamorato F, Iodice J, Kissinger JC, Kraemer ET, Li W, Miller JA, Nayak V , Pennington C, Pinney DF, Roos DS, Ross C, Srinivasamoorthy G, Stoeckert CJ Jr, Thibodeau R, Treatman C, Wang H (2010). „EuPathDB: portál do databází eukaryotických patogenů“. Nucleic Acids Res. 38: D415-9. doi:10.1093 / nar / gkp941. PMC  2808945. PMID  19914931.
  4. ^ „Parazitolog, přeprogramovaný: profil Davida Roose“. Scientist Magazine®. Citováno 2019-08-02.
  5. ^ „EuPathDB: About All“. eupathdb.org. Citováno 2019-08-02.
  6. ^ Aurrecoechea C, Barreto A, et al. (2013). "EuPathDB: databáze eukaryotických patogenů". Výzkum nukleových kyselin. 41: D684-91. doi:10.1093 / nar / gks1113. PMC  3531183. PMID  23175615.
  7. ^ „Zdroj genomu eukaryotického patogenu“. EuPathDB. Citováno 2013-11-11.