EM datová banka - EM Data Bank
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | Jednotný zdroj dat pro CryoEM. |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | Evropský bioinformatický institut (stránky ve Velké Británii) A Rutgers University (stránky v USA) |
| Laboratoř | PDBe a RCSB PDB |
| Primární citace | Lawson a spol. (2011)[1] |
| Datum vydání | 2002 |
| Přístup | |
| webová stránka | emdatabank |
The EM datová banka nebo Databáze elektronové mikroskopie (EMDB) sbírá 3D EM mapy a související experimentální data určená pomocí elektronové mikroskopie biologických vzorků. Byla založena v roce 2002 na MSD / PDBe skupina Evropský bioinformatický institut (EBI), kde se nachází evropská stránka konsorcia EMDataBank.org. Od roku 2015[Aktualizace], zdroj obsahoval více než 2 600 záznamů s průměrným rozlišením 15Å.[2]
Ukládání údajů bylo původně prováděno přes rozhraní ukládání EMdep, ale od roku 2016 bylo ukládání údajů začleněno do wwPDB Rozhraní OneDep[3]
Pod Jednotný zdroj dat NIH pro CryoEM, Výzkumná spolupráce pro strukturní biologii (RCSB) funguje také jako depoziční, zpracovatelské a distribuční centrum pro data EMDB, zatímco Národní centrum pro makromolekulární zobrazování (NCMI) je spolupracujícím partnerem při poskytování služeb a nástrojů týkajících se EMDB.
EM Data Bank také poskytuje EMsearch vyhledávací nástroj a data lze také dotazovat na RCSB, EMBL-EBI a PDBj[1].
EMDB je archiv pro trojrozměrné mapy hustoty všech typů biologických sestav, včetně ribozomů, chaperonů, polymeráz, multifunkčních enzymů a virů. Viper EMDB na Skripty je samostatná databáze pro trojrozměrné EM mapy virů.
Aby bylo možné porovnat a posoudit metody pro novou generaci struktur s vyšším rozlišením (lepším než 5Å), uspořádala EMDB první CryoEM Map Challenge a CryoEM Model Challenge, uvedené ve zvláštním čísle Journal of Structural Biology. [2]
Viz také
Reference
- ^ Lawson, Catherine L; Baker, Matthew L; Nejlepší, Christoph; et al. (Leden 2011). „EMDataBank.org: unified data resource for CryoEM“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (doplněk 1): D456-464. doi:10.1093 / nar / gkq880. PMC 3013769. PMID 20935055.
- ^ Esquivel-Rodríguez, J; Xiong, Y; Han, X; et al. (30. května 2015). „Navigace ve 3D mapách elektronové mikroskopie pomocí EM-SURFER“. BMC Bioinform. 16 (181). doi:10.1186 / s12859-015-0580-6. PMC 4448178. PMID 26025554.
- ^ Young, JY; Westbrook, JD; Feng, Z; Sala, R; Peisach, E; Oldfield, TJ; Sen, S; Gutmanas, A; Armstrong, DR; Berrisford, JM; Chen, L; Chen, M; Di Costanzo, L; Dimitropoulos, D; Gao, G; Ghosh, S; Gore, S; Guranovic, V; Hendrickx, PM; Hudson, BP; Igarashi, R; Ikegawa, Y; Kobayashi, N; Lawson, CL; Liang, Y; Mading, S; Mak, L; Mir, MS; Mukhopadhyay, A; Patwardhan, A; Persikova, I; Rinaldi, L; Sanz-Garcia, E; Sekharan, MR; Shao, C; Swaminathan, GJ; Tan, L; Ulrich, EL; van Ginkel, G; Yamashita, R; Yang, H; Zhuravleva, MA; Quesada, M; Kleywegt, GJ; Berman, HM; Markley, JL; Nakamura, H; Velankar, S; Burley, SK. „OneDep: Jednotný systém wwPDB pro depozici, biocuraci a validaci makromolekulárních struktur v archivu PDB“. Struktura. 25: 536–545. doi:10.1016 / j.str.2017.01.004. PMC 5360273. PMID 28190782.
- Tagari, Mohamed; Newman, Richard; Chagoyen, Monica; Carazo, Jose-Maria; Henrick, Kim (2002). "Nová databáze elektronového mikroskopu a depoziční systém". Trendy v biochemických vědách. 27 (11): 589. doi:10.1016 / s0968-0004 (02) 02176-x. PMID 12417136.
- Fuller, Stephen D. (2003). "Vkládání map elektronové mikroskopie". Struktura. 11 (1): 11–12. doi:10.1016 / s0969-2126 (02) 00942-5. PMID 12517335.
- Henrick, K; Newman, R; Tagari, M; Chagoyenb, M (2003). „EMDep: webový systém pro depozici a validaci makromolekulárních strukturních informací elektronovou mikroskopií s vysokým rozlišením“. Journal of Structural Biology. 144 (1–2): 228–237. doi:10.1016 / j.jsb.2003.09.009. PMID 14643225.
- Heymann, J. Bernard; Chagoyen, Mónica; Belnap, David M. (2005). "Společné konvence pro výměnu a archivaci informací o trojrozměrné elektronové mikroskopii ve strukturní biologii". Journal of Structural Biology. 151 (2): 196–207. doi:10.1016 / j.jsb.2005.06.001. PMID 16043364.
- Tagari, M .; Tate, J .; Swaminathan, G. J .; et al. (2006). „E-MSD: zlepšení ukládání dat a kvality struktury“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (Problém s databází): 287–290. doi:10.1093 / nar / gkj163. PMC 1347525. PMID 16381867.