Zdroj srovnávací kolokace - Colocalization Benchmark Source

Zdroj srovnávací kolokace
Zdroj kolokalizace Benchmark Source.png
Obsah
PopisVolný zdroj srovnávacích obrázků pro ověření kolokalizace v systému Windows fluorescenční mikroskopie studie
Kontakt
AutořiVadim Zinčuk, Yong Wu, Olga Grossenbacher-Zinchuk
Datum vydání2012
Přístup
Datový formátLossless Tagged Image File Format (TIFF)
webová stránkawww.colocalization-benchmark.com
Smíšený
LicenceVolný, uvolnit
Verze1.1.1

The Zdroj srovnávací kolokace (CBS) je bezplatná sbírka obrázků ke stažení, které slouží k testování a ověření stupně kolokalizace značek v libovolném fluorescenční mikroskopie studie. Kolokalizace je vizuální fenomén, když jsou dvě sledované molekuly spojeny se stejnými strukturami v buňkách a potenciálně sdílejí společné funkční vlastnosti.[1][2][3]

CBS poskytuje vědcům referenční nástroje k ověření výsledků kvantitativní kolokalizační měření.[4] Slouží jako specializovaný bioimage informatika databáze z počítačově simulované obrázky s přesně známými (předdefinovanými) hodnotami kolokalizace. Byly vytvořeny pomocí simulace obrazu algoritmus. Tyto měřítko obrázky lze stáhnout v sadách i samostatně. Výpočtem a porovnáním hodnot koeficientů na jejich obrázcích v porovnání s referenčními obrázky mohou vědci ověřit výsledky kvantitativních studií kolokalizace. Použití obrazů CBS bylo popsáno v řadě studií.[5][6][7][8]

Příklady

Výzkumníci mohou odeslat příklady vlastních obrázků, když byly k ověření kolokalizace na nich použity srovnávací obrázky. Odeslané obrázky se poté zveřejní na web CBS spolu s popisem jejich vlastností a hodnotami koeficientů, jako jsou Pearsonův korelační koeficient (Rr), koeficient překrytí (R), a další. Šablonu pro odesílání informací o vlastních obrázcích lze stáhnout z webu CBS.

Viz také

Reference

  1. ^ Bolte S & Cordelieres FP (2006). „Komentovaná prohlídka subcelulární kolokalizační analýzy ve světelné mikroskopii.“ J Microsc 224:213–232.
  2. ^ Comeau JW a kol. (2006). „Průvodce přesnými měřeními kolokalizace pomocí fluorescenční mikroskopie.“ Biophys J. 91:4611– 4622.
  3. ^ Zinchuk V & Grossenbacher-Zinchuk O (2009). „Nedávné pokroky v kvantitativní kolokalizační analýze: zaměření na neurovědu.“ Prog Histochem Cytochem 44:125-172.
  4. ^ Manders E a kol. (1993). "Měření kolokalizace objektů na dvoubarevných konfokálních obrázcích." J Microsc Oxford 169:375–382.
  5. ^ Wu Y a kol. (2010). „Kvantitativní stanovení prostorových korelací protein-protein ve fluorescenční konfokální mikroskopii.“ Biophys J. 98:493-504.
  6. ^ Zinchuk V et al. (2011). „Kvantifikace prostorových korelací fluorescenčních markerů pomocí vylepšené redukce pozadí pomocí indexu blízkosti proteinu a odhadů korelačních koeficientů.“ Nat Protoc 6:1554-1567.
  7. ^ Zinchuk V & Grossenbacher-Zinchuk O (2011). „Kvantitativní kolokalizační analýza obrazů konfokální fluorescenční mikroskopie.“ Curr Protoc Cell Biol Jednotka 4.19. Archivováno 2009-11-28 na Wayback Machine
  8. ^ Zinchuk V et al. (2013). „Překlenutí propasti mezi kvalitativními a kvantitativními výsledky kolokalizace ve studiích fluorescenční mikroskopie.“ Sci Rep 3: 1365 doi: 10,1038 / srep01365.

externí odkazy