Databáze metabolomu E. Coli - E. Coli Metabolome Database - Wikipedia
| Obsah | |
|---|---|
| Popis | Struktury metabolitů E. coli, popis metabolitů, reakce metabolitů, metabolitové enzymy a transportéry, sekvence enzymů a transportérů E. coli, chemické vlastnosti, názvosloví, synonyma, chemická taxonomie, spektra metabolitů NMR, spektra metabolitů GC-MS, spektra metabolitů LC-MS |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | University of Alberta |
| Laboratoř | Dr. David Wishart |
| Primární citace | [1] |
| Přístup | |
| webová stránka | http://www.ecmdb.ca |
| Stáhnout URL | http://www.ecmdb.ca/downloads |
| Smíšený | |
| Uvolnění dat frekvence | Každé 2-3 roky s pravidelnými opravami a aktualizacemi |
| Kurátorská politika | Ručně upraveno |
Databáze metabolomu E. coli (ECMDB)[1] je komplexní, vysoce kvalitní, volně přístupná online databáze metabolitů s malými molekulami nalezených nebo produkovaných Escherichia coli (kmen E. coli K12, MG1655). Escherichia coli je možná nejlépe studovaná bakterie na Zemi a sloužil jako "modelový mikrob" v mikrobiologie výzkum více než 60 let. ECMDB je v podstatě encyklopedie „omics“ encyklopedie E. coli obsahující podrobné údaje o E. coli genom, proteom a jeho metabolome. ECMDB je součástí sady metabolomických databází specifických pro daný organismus, která zahrnuje DrugBank, HMDB, YMDB a SMPDB. Jako zdroj metabolomiky je ECMDB navržen tak, aby usnadňoval výzkum v oblasti metabolomiky střevní / mikrobiomy a environmentální metabolomika. ECMDB obsahuje dva druhy údajů: 1) chemické údaje a 2) molekulární biologie a / nebo biochemické údaje. Chemická data zahrnují více než 2700 metabolitových struktur s podrobným popisem metabolitů spolu s téměř 5000 NMR, GC-MS a LC-MS spektra odpovídající těmto metabolitům. Biochemické údaje zahrnují téměř 1 600 proteinových (a DNA) sekvencí a více než 3 100 biochemických reakcí, které jsou spojeny s těmito vstupy metabolitů.[1] Každá položka metabolitu v ECMDB obsahuje více než 80 datových polí, přičemž přibližně 65% informací je věnováno chemickým údajům a dalších 35% informací věnovaných enzymatickým nebo biochemickým údajům. Mnoho datových polí je hypertextově propojeno s jinými databázemi (KEGG, PubChem, MetaCyc, ChEBI, PDB, UniProt, a GenBank ). ECMDB má také různé applety pro prohlížení struktur a cest. Databáze ECMDB nabízí řadu textových, sekvenčních, spektrálních, chemických struktur a rešeršních dotazů. Ty jsou podrobněji popsány níže.
Přístup do databáze
Obsah ECMDB lze prozkoumat nebo prohledat pomocí různých databázově specifických nástrojů. Pole pro textové vyhledávání (umístěné v horní části každé stránky ECMDB) umožňuje uživatelům provádět obecné textové vyhledávání textových dat databáze, včetně jmen, synonym, čísel a identifikátorů. ECMDB využívá softwarový nástroj s názvem „Elastické vyhledávání“, který umožňuje překlepy a fuzzy shodu textu. Pomocí textového vyhledávání mohou uživatelé v rozevíracím seznamu na pravé straně textového vyhledávacího pole v poli „hledat“ vybrat buď metabolity, nebo bílkoviny. Tímto způsobem je možné omezit hledání pouze na vrácení výsledků u položek spojených s metabolity E. coli nebo s proteiny E. coli. ECMB má 7 volitelných karet umístěných v horní části každé stránky, včetně: 1) Domů; 2) Procházet; 3) Hledat; 4) O; 5) Nápověda; 6) Stahování a 7) Kontaktujte nás. Prohlížeč ECMDB (přístupný prostřednictvím karty Procházet) lze použít k procházení databáze a k přeřazení jejího obsahu. K dispozici je šest různých možností procházení: 1) Procházení metabolitů (obr. 1); 2) Procházet bílkoviny; 3) Reakce Procházet (obr. 2); 4) Procházení cest (obr. 3); 5) Procházet třídy; a 6) Koncentrace Procházet. Výběrem konkrétní možnosti Procházet lze obsah ECMDB zobrazit v přehledném tabulkovém formátu s identifikátory ECMDB, jmény a dalšími daty zobrazenými v tabulkách s možností opětovného zařazení. Kliknutím na tlačítko ECMDB MetaboCard nebo ProteinCard získáte celý obsah dat pro odpovídající metabolit (obr. 4) nebo odpovídající protein. ECMDB také nabízí řadu možností vyhledávání uvedených pod odkazem Hledat. Mezi ně patří: 1) Chem Query; 2) Textový dotaz; 3) Sekvenční vyhledávání; 4) Data Extractor; a 4 další MS nebo NMR spektrální vyhledávací nástroje. Možnost Chem Query umožňuje uživatelům načrtnout nebo napsat (pomocí řetězce SMILES) chemickou sloučeninu a vyhledat v ECMDB metabolity podobné nebo identické s dotazovanou sloučeninou. Pro provedení lze použít Sequence Search VÝBUCH (proteinová) sekvence hledá proti všem proteinovým sekvencím obsaženým v ECMDB. Jednoduchá a vícenásobná sekvence (tj. Celý proteom) VÝBUCH dotazy jsou podporovány prostřednictvím tohoto vyhledávacího nástroje. Je také možné provádět podrobné spektrální prohledávání spektrálních dat NMR a MS referenční sloučeniny ECMDB prostřednictvím MS ECMDB, MS / MS, GC / MS a NMR Odkazy Spectra Search. Tyto nástroje jsou určeny na podporu identifikace a charakterizace bakteriálních (hlavně E. coli) metabolitů pomocí NMR spektroskopie, GC-MS spektrometrie a LC-MS spektrometrie. ECMDB také obsahuje velké množství statistických tabulek s podrobnými informacemi nejen o jejím obsahu, ale také o E. coli obecně. Zejména na kartě „O aplikaci“ obsahuje část s názvem „Čísla a statistiky E. coli“ stovky zajímavých faktoidů o fyziologii E. coli a E. coli. Mnoho komponent ECMDB je plně stahovatelných, včetně většiny textových dat, chemických struktur a sekvenčních dat. Ty lze načíst kliknutím na tlačítko Stáhnout, procházením různých souborů a výběrem příslušných hypertextových odkazů.
Rozsah a přístup
Veškerá data v ECMDB jsou nechráněná nebo jsou odvozena z nechráněného zdroje. Je volně přístupný a dostupný komukoli. Kromě toho je téměř každá datová položka plně vysledovatelná a výslovně odkazuje na původní zdroj. Data ECMDB jsou k dispozici prostřednictvím veřejného webového rozhraní a ke stažení.
Viz také
Reference
- ^ A b C Guo, AC; Jewison T; Wilson M; Liu Y; Knox C; Djoumbou Y; Lo P; Mandal R; Krishnamurthy R; Wishart DS (leden 2013). „ECMDB: databáze metabolomu E. coli“. Nucleic Acids Res. 41 (Problém s databází): D625–30. doi:10.1093 / nar / gks992. PMC 3531117. PMID 23109553.