Genetický referenční panel Drosophila - Drosophila Genetic Reference Panel

Drosophila Genetický referenční panel (DGRP) je sada Drosophila melanogaster řádky odvozené od populace přeškrtnuté v roce Raleigh, Severní Karolina. Zakladatelé těchto linií byli shromážděni z Raleigh State Farmer's Market[1] 35 ° 45'51 ″ severní šířky 78 ° 39'47 ″ Z / 35,764254 ° N 78,662935 ° Z / 35.764254; -78.662935. Sada se skládá z 205 plně sekvenovaných linií, které byly inbredovány do blízka homozygotnost. Primárním cílem DGRP je poskytnout společnou sadu kmenů pro kvantitativní genetický výzkum v Drosophila. Každý výzkumný pracovník, který používá linky z DGRP, bude mít přístup k údajům ostatních výzkumných pracovníků, které budou uloženy ve veřejně dostupné databázi. To umožňuje provádět analýzy napříč studiemi, aniž byste se museli obávat komplikací vyplývajících z různých laboratoří pomocí genomicky odlišných linií ovocných mušek.[2][3]

Cíle

Tyto řádky jsou užitečné pro provedení QTL mapy, protože každý řádek je plně sekvenován. To umožňuje mapování asociací která má být provedena, která hledá genomové oblasti, které jsou korelovány s fenotypem. Jelikož laboratoře produkují QTL mapy, poskytuje ucelený obraz o Drosophila genom se objeví s nebývalým rozlišením. V současné době desítky kvantitativní znaky jsou zkoumány výzkumnými pracovníky, včetně dlouhověkost, fototaxe, páření, morfologie křídla a preference umístění vajíčka.

Aktuální použití

Pilotní důkaz koncepce a rozvoje DGRP pocházel z Trudy Mackay laboratoř v Raleighu v Severní Karolíně. The sekvenování bylo provedeno Baylor College of Medicine Sekvenční centrum, ve spolupráci s Richard Gibbs a Stephen Richards.

Předběžná data sekvence lze získat z veřejné databáze hostované serverem Baylor College of Medicine v Texas Medical Center.[4] Nezpracovaná data o sekvenování z projektu najdete v archivu čtení sekvencí NCBI.[5]

Specifické studie

Předběžné údaje byly předloženy na adrese Genetická společnost Ameriky v Boston, Massachusetts. Studie zkoumá spánkové chování z Drosophila odhalit odpovědné geny. Data naznačují, že alespoň 998 genů je zodpovědných za některé nalezené měřitelné variace, včetně kandidátských genů CrebB-17A, rutabaga, Třepačka a gen kódující receptor epidermálního růstového faktoru byly všechny zahrnuty v jiných studiích jako součást spánkového chování.[6]

Vědci také odhalili genotyp dietní interakcí, která řídí fenotypové variace. Nedávno publikovaná data naznačují, že interakce mezi muškami genom a jeho prostředí hraje podstatnou roli při určování fenotypu. To naznačuje, že někteří jedinci jsou obézní ve stravě s vysokým obsahem tuku, ale jsou si schopni udržet štíhlejší fenotyp ve stravě s vysokým obsahem cukru.[7]

Reference

  1. ^ http://www.ncagr.gov/markets/facilities/markets/raleigh/index.htm
  2. ^ http://flybase.org/static_pages/news/whitepapers/Drosophila_Genetic_Reference_Panel_Whitepaper.pdf Archivováno 01.01.2011 na Wayback Machine[úplná citace nutná ]
  3. ^ Huang, W .; Massouras, A .; Inoue, Y .; Peiffer, J .; Ramia, M .; Tarone, A. M .; Turlapati, L .; Zichner, T .; Zhu, D .; Lyman, R. F .; Magwire, M. M .; Blankenburg, K .; Carbone, M. A .; Chang, K .; Ellis, L. L .; Fernandez, S .; Han, Y .; Highnam, G .; Hjelmen, C.E .; Jack, J. R .; Javaid, M .; Jayaseelan, J .; Kalra, D .; Lee, S .; Lewis, L .; Munidasa, M .; Ongeri, F .; Patel, S .; Perales, L .; Perez, A .; Pu, L .; Rollmann, S. M .; Ruth, R .; Saada, N .; Warner, C .; Williams, A .; Wu, Y.-Q .; Yamamoto, A .; Zhang, Y .; Zhu, Y .; Anholt, R. R. H .; Korbel, J. O .; Mittelman, D .; Muzny, D. M .; Gibbs, R. A .; Barbadilla, A .; Johnston, J. S .; Stone, E. A .; Richards, S .; Deplancke, B .; Mackay, T. F. C. (8. dubna 2014). „Přirozená variace v architektuře genomu mezi 205 liniemi genetického referenčního panelu Drosophila melanogaster“. Výzkum genomu. 24 (7): 1193–1208. doi:10,1101 / gr. 171546.113. PMC  4079974. PMID  24714809.
  4. ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 19. 12. 2010. Citováno 2011-02-17.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  5. ^ http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?study=SRP000694
  6. ^ Hughes ve Virginii (14. června 2010). „Probuzení pro dřímání Drosophily“. Příroda. doi:10.1038 / novinky.2010.298.
  7. ^ Reed, Laura K .; Williams, Stephanie; Springston, Mastafa; Brown, Julie; Freeman, Kenda; DesRoches, Christie E .; Sokolowski, Marla B .; Gibson, Greg (červenec 2010). „Interakce genotyp-dieta podporují variaci metabolického fenotypu v Drosophila melanogaster". Genetika. 185 (3): 1009–1019. doi:10.1534 / genetika.109.113571. PMC  2907188.