Mapa hustoty rozdílů - Difference density map - Wikipedia

tento článek ne uvést žádný Zdroje. Prosím pomozte vylepšit tento článek podle přidávání citací ke spolehlivým zdrojům. Zdroj bez zdroje může být napaden a odstraněn. Najít zdroje: "Mapa rozdílové hustoty"  – zprávy  · noviny  · knihy  · učenec  · JSTOR (Prosince 2009) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony)

v Rentgenová krystalografie, a mapa rozdílové hustoty ukazuje prostorové rozdělení rozdílu mezi naměřenými elektronová hustota krystalu a hustoty elektronů vysvětleno současným modelem.

Tyto koeficienty jsou odvozeny od gradientu funkce pravděpodobnosti pozorovaných strukturních faktorů na základě aktuálního modelu.

Zobrazit

Obvykle se zobrazují jako isosurfaces s kladnou hustotou - hustota elektronů, kde v modelu není nic, což obvykle odpovídá nějaké složce krystalu, která nebyla modelována, například ligand nebo a krystalizace adjutant - zeleně a záporná hustota - části modelu, které nejsou zálohovány hustotou elektronů, což naznačuje, že atom byl narušen radiační poškození nebo že je modelován na špatném místě - červeně.

Výpočet

Mapy rozdílové hustoty se obvykle počítají pomocí Fourierových koeficientů, což jsou rozdíly mezi pozorovanými amplitudami strukturních faktorů z rentgenového difrakčního experimentu a vypočítanými amplitudami strukturních faktorů ze současného modelu, přičemž pro oba termíny se použije fáze z modelu (protože žádné fáze jsou k dispozici pro pozorovaná data). Dvě sady strukturních faktorů musí být ve stejném měřítku. Nyní je normální zahrnout také váhové výrazy, které zohledňují odhadované chyby v aktuálním modelu:

${ displaystyle C_ {diffmap} = (m | F_ {obs} | -D | F_ {calc} |) exp (2 pi i phi _ {calc})}$

kde m je hodnota zásluh což je odhad kosinu chyby ve fázi a D je měřítkový faktor.

Reference