DHX38 - DHX38

DHX38
Identifikátory
Aliasy	DHX38, DDX38, PRP16, PRPF16, DEAH-box helicase 38, RP84
Externí ID	OMIM: 605584 MGI: 1927617 HomoloGene: 8512 Genové karty: DHX38
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 16 (lidský)
Konec	72,112,912 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	109,565,861 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba nukleotidů; • GO: Aktivita helikázy 0008026; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba nukleové kyseliny; • aktivita hydrolázy; • ATP vazba; • Vazba RNA; • GO: 0034459 aktivita 3'-5 'RNA helikázy;
Buněčná složka	• katalytický krok 2 spliceosom; • membrána; • nukleoplazma; • spliceosomální komplex; • buněčné jádro; • cytoplazma;
Biologický proces	• Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • ukončení transkripce RNA polymerázy II; • Zpracování mRNA; • export mRNA z jádra; • Zpracování mRNA 3'-end; • Sestřih RNA; • Export RNA z jádra;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	9785
	64340
	ENSG00000140829
	ENSMUSG00000037993
	Q92620
	Q80X98
	NM_014003
	NM_178380
	NP_054722
	NP_848467
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Faktor pre-mRNA sestřih ATP-dependentní RNA helikáza PRP16 je enzym že u lidí je kódován DHX38 gen.^[5]^[6]^[7]

DEAD box bílkoviny, charakterizované konzervovaným motivem Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), jsou domnělé RNA helikázy. Jsou zapojeny do řady buněčných procesů zahrnujících změnu sekundární struktury RNA, jako je iniciace translace, nukleární a mitochondriální sestřih a ribozom a sestava spliceosomu. Na základě jejich distribučních vzorců se někteří členové této rodiny považují za členy embryogeneze, spermatogeneze a buněčný růst a dělení. Protein kódovaný tímto genem je členem rodiny sestřihových faktorů DEAD / H box. Tento protein se více podobá kvasinkovému Prp16 než ostatním členům rodiny DEAD / H. Je to ATPáza a nezbytná pro katalytické krok II v procesu sestřihu pre-mRNA.^[7]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000140829 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000037993 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Zhou Z, Reed R (červen 1998). „Lidské homology kvasinek prp16 a prp17 odhalují zachování mechanismu pro katalytický krok II sestřihu pre-mRNA“. EMBO J.. 17 (7): 2095–106. doi:10.1093 / emboj / 17.7.2095. PMC 1170554. PMID 9524131.
^ Nagase T, Seki N, Ishikawa K, Ohira M, Kawarabayasi Y, Ohara O, Tanaka A, Kotani H, Miyajima N, Nomura N (květen 1997). "Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. VI. Kódující sekvence 80 nových genů (KIAA0201-KIAA0280) odvozené analýzou klonů cDNA z buněčné linie KG-1 a mozku". DNA Res. 3 (5): 321–9, 341–54. doi:10.1093 / dnares / 3.5.321. PMID 9039502.
^ ^A ^b „Entrez Gene: DHX38 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptid 38".

Další čtení

Schwer B, Guthrie C (1991). „PRP16 je RNA-dependentní ATPáza, která přechodně interaguje se spliceosomem“. Příroda. 349 (6309): 494–9. doi:10.1038 / 349494a0. PMID 1825134. S2CID 4281489.
Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
Hillier LD, Lennon G, Becker M a kol. (1997). „Generování a analýza 280 000 lidských sekvenčních značek“. Genome Res. 6 (9): 807–28. doi:10,1101 / gr. 6.807. PMID 8889549.
Gee S, Krauss SW, Miller E a kol. (1997). „Klonování mDEAH9, domnělé RNA helikázy a savčího homologu faktoru sestřihu Saccharomyces cerevisiae Prp43“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 94 (22): 11803–7. doi:10.1073 / pnas.94.22.11803. PMC 23596. PMID 9342318.
Wang Y, Guthrie C (1998). „PRP16, DEAH-box RNA helikáza, je přijímána do spliceosomu primárně prostřednictvím jeho nekonzervované N-terminální domény“. RNA. 4 (10): 1216–29. doi:10.1017 / S1355838298980992. PMC 1369694. PMID 9769096.
Orphanides G, Wu WH, Lane WS a kol. (1999). „Faktor chromatinu specifického transkripčního elongačního faktoru FACT zahrnuje lidské proteiny SPT16 a SSRP1“. Příroda. 400 (6741): 284–8. doi:10.1038/22350. PMID 10421373. S2CID 4300397.
Loftus BJ, Kim UJ, Sneddon VP a kol. (1999). "Duplikace genomu a další vlastnosti ve 12 Mb sekvence DNA z lidského chromozomu 16p a 16q". Genomika. 60 (3): 295–308. doi:10.1006 / geno.1999.5927. PMID 10493829.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR a kol. (2002). „Čištění a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu“. RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
Chagnon P, Michaud J, Mitchell G a kol. (2003). „Missense mutace (R565W) v cirhinu (FLJ14728) v dětské cirhóze u indiánů v Severní Americe“. Dopoledne. J. Hum. Genet. 71 (6): 1443–9. doi:10.1086/344580. PMC 378590. PMID 12417987.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Obuse C, Yang H, Nozaki N a kol. (2004). „Proteomická analýza komplexu centromér z HeLa mezifázových buněk: UV-poškozený DNA vazebný protein 1 (DDB-1) je součástí komplexu CEN, zatímco BMI-1 je přechodně ko-lokalizován s centromerickou oblastí v mezifázi.“ Geny buňky. 9 (2): 105–20. doi:10.1111 / j.1365-2443.2004.00705.x. PMID 15009096. S2CID 21813024.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Ewing RM, Chu P, Elisma F a kol. (2007). „Mapování interakcí lidských proteinů a proteinů ve velkém měřítku hmotnostní spektrometrií“. Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.

Tento článek o gen na lidský chromozom 16 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000140829 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000037993 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid9524131-5] Zhou Z, Reed R (červen 1998). „Lidské homology kvasinek prp16 a prp17 odhalují zachování mechanismu pro katalytický krok II sestřihu pre-mRNA“. EMBO J.. 17 (7): 2095–106. doi:10.1093 / emboj / 17.7.2095. PMC 1170554. PMID 9524131.

[pmid9039502-6] Nagase T, Seki N, Ishikawa K, Ohira M, Kawarabayasi Y, Ohara O, Tanaka A, Kotani H, Miyajima N, Nomura N (květen 1997). "Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. VI. Kódující sekvence 80 nových genů (KIAA0201-KIAA0280) odvozené analýzou klonů cDNA z buněčné linie KG-1 a mozku". DNA Res. 3 (5): 321–9, 341–54. doi:10.1093 / dnares / 3.5.321. PMID 9039502.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: DHX38 DEAH (Asp-Glu-Ala-His) box polypeptid 38".

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]