Oligosacharid jádra - Core oligosaccharide

Lipopolysacharid. Jádro zahrnuje vnitřní i vnější jádro.

Oligosacharid jádra (nebo Core-OS) je krátký řetězec zbytků cukru uvnitř Gramnegativní lipopolysacharid (LPS). Core-OS jsou velmi různorodé mezi bakteriálními druhy a dokonce i v rámci kmenů druhů [1]

Struktura

Struktura Core-OS a metabolické cesty: oligosacharid z Escherichia coli R1.[1] Vnitřní jádro je znázorněno zeleně a vnější jádro je znázorněno modře.

Základní doména vždy obsahuje oligosacharidovou složku, která se připojuje přímo k lipid A a běžně obsahuje cukry jako heptosa a 3-deoxy-D-kyselina mannooklulosonová (také známý jako KDO nebo keto-deoxyoctulosonát).[2] LPS jádra mnoha bakterií také obsahují nesacharidové složky, jako jsou fosfát, aminokyseliny, a ethanolamin substituenty.

V literatuře bylo popsáno mnoho základních struktur, tento popis je založen na tradiční obecná struktura (jak je uvedeno v enterické bakterie a Pseudomonas ). Na obrázku výše najdete přehled struktury nalezené v E-coli R1.

Vnitřní jádro

„Základem“ vnitřního jádra jsou 1–3 zbytky KDO. Poslední KDO se často upravuje pomocí a fosfát nebo ethanolamin skupina. Z KDO jsou připojeny 2–3 heptosy (tj. L-glycero-D-mannoheptulosa), které jsou obvykle fosforylované. Tyto KDO a heptosy tvoří „vnitřní jádro“ ketosidová vazba mezi KDO a lipidem A (α2 → 6) je zvláště citlivý na kyselé štěpení. Výzkumníci LPS používají k oddělení lipidové a polysacharidové části LPS ošetření slabou kyselinou.

Molekula LPS, která obsahuje pouze lipid A a vnitřní jádro (nebo méně. Viz příklad ) se označuje jako „hluboce drsný LPS“.

Vnější jádro

Vnější jádro je vyrobeno z hexóza zbytky, které jsou připojeny k poslednímu zbytku heptosy ve vnitřním jádru. Hexózy často nalezené ve vnějším jádru zahrnují: D-glukóza, D-manóza, D-galaktóza, atd.. Obvykle existují alespoň tři hexózy vázané na β1 → 3 s O antigen ligován na třetí hexosu. Další hexóza se často nalézá připojená k vnějšímu jádru rozvětvená od hlavního oligomeru.

LPS, které zahrnují lipid A a kompletní jádrový oligosacharid (vnitřní a vnější), se označují jako „hrubý LPS“.

Biosyntéza

Enzymy podílející se na syntéze jádrových oligosacharidů jsou zachovány Escherichia coli a Salmonella. Pseudomonas aeruginosa má několik jedinečných enzymů.[3]:273

Funkce

Mechanismus, kterým základní oligosacharid lipopolysacharidu ovlivňují chování membrány, není dobře znám.

Viz také

Reference

  1. ^ A b Heinrichs DE, Yethon JA, Whitfield C (říjen 1998). "Molekulární základ pro strukturální diverzitu v jádrových oblastech lipopolysacharidů Escherichia coli a Salmonella enterica". Molekulární mikrobiologie. 30 (2): 221–32. doi:10.1046 / j.1365-2958.1998.01063.x. PMID  9791168.
  2. ^ Hershberger C, Binkley SB (duben 1968). "Chemie a metabolismus kyseliny 3-deoxy-D-mannookltosonové. I. Stereochemické stanovení". The Journal of Biological Chemistry. 243 (7): 1578–84. PMID  4296687.
  3. ^ King JD, Kocíncová D, Westman EL, Lam JS (říjen 2009). „Recenze: Biosyntéza lipopolysacharidů v Pseudomonas aeruginosa“. Imunita. 15 (5): 261–312. doi:10.1177/1753425909106436. PMID  19710102.