CLIP4 - CLIP4
| CLIP4 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||||||||||||||||||||
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | CLIP4, RSNL2, CAP-Gly doména obsahující člena rodiny linkerového proteinu 4 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | MGI: 1919100 HomoloGene: 11662 Genové karty: CLIP4 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 2: 29,1 - 29,19 Mb | Chr 17: 71,77 - 71,86 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [4] | [5] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Doména CAP-Gly obsahující člena rodiny linkerových proteinů 4 je protein, který je u lidí kódován genem CLIP4.[6] Pokud jde o konzervované domény, gen CLIP4 obsahuje především ankyrinové repetice a stejnojmenné domény CAP-Gly.[6] Struktura proteinu CLIP4 je z velké části tvořena cívkou, přičemž zbytku proteinu dominují alfa helixy.[7] Exprese mRNA CLIP4 se vyskytuje převážně v kůře nadledvin a atrioventrikulárním uzlu.[8] Literatura zahrnující konzervované domény a paralogy CLIP4 ukazuje na regulaci mikrotubulů jako možnou funkci CLIP4.
Gen
Lidský gen CLIP4, také známý jako restin-like protein 2 (RSNL2),[9] je umístěn na kladném řetězci krátkého (p) ramene chromozomu 2 v oblasti 2, pásmo 3[9] ze základního páru 29 096 676 do základního páru 29 189 643. CLIP4 má délku 92 968 párů bází a skládá se z 23 exonů.[9]
Přepis
Varianty přepisu
| Přepis | velikost mRNA (nukleotidy) |
| Varianta přepisu CLIP4 1[10] | 4299 |
| Varianta přepisu CLIP4 2[11] | 4295 |
| Varianta přepisu CLIP4 3[12] | 2353 |
Protein
Lidský protein CLIP4 má délku 705 aminokyselin a skládá se ze dvou hlavních typů konzervovaných domén: dvou domén CAP-Gly a četných ankyrinových opakování.[9] Sekundární struktura CLIP4 se skládá převážně z náhodné cívky, s alfa helixy jako druhou nejhojnější strukturou a beta listy jako třetí nejhojnější strukturou.[7]
Izoelektronický bod nezpracovaného proteinu CLIP4 je mírně bazický (8,62 pl), což znamená, že ve srovnání s kyselými aminokyselinami existuje mírný přebytek bazických aminokyselin.[13] Molekulová hmotnost je přibližně 65 kD.[13] Nejhojnější aminokyselinou v CLIP4 je serin, který tvoří 10,7% bílkoviny.[14] Zarovnané odpovídající bloky oddělených, tandemových a periodických opakování se nacházejí mezi pozicemi 340-345 a 542-547, stejně jako 447-547 a 564-568.[14] Neobvyklý 9místný periodický prvek singulárního lysinu následovaný osmi dalšími aminokyselinami se v proteinu vyskytuje pětkrát ve srovnání s datovou sadou swp23s.q.[14] Dalším neobvyklým jevem je sedmimístný periodický prvek negativně nabité aminokyseliny následovaný šesti dalšími hydrofobními aminokyselinami, který se v proteinu vyskytuje šestkrát ve srovnání s datovým souborem swp23s.q.[14] Existují dva případy rozteče serinu a dva případy rozteče fenylalaninu, které ve srovnání s datovou sadou swp23s.q obsahují neobvykle velké vzdálenosti.[14]
Proteinové izoformy
| Isoform | Velikost bílkovin (aminokyseliny) |
| Isoforma CLIP4 1[15] | 705 |
| CLIP4 izoforma 2[16] | 599 |
Výraz
Exprese CLIP4 RNA se trvale měří ve vysoké míře ve štítné žláze.[6] Vysoké stupně transkripce se navíc vyskytují v kůře nadledvin a atrioventrikulárním uzlu.[8] Atlas lidského proteinu ukazuje na vysoké hodnoty exprese RNA ve svalových tkáních, stejně jako v kůži, endokrinních tkáních a proximálním zažívacím traktu.[17] Nejvyšší hodnoty exprese proteinu se objevily také ve svalových tkáních, kromě některých v plicích, gastrointestinálním traktu, játrech a žlučníku a kostní dřeni a lymfoidních tkáních.[17]
Exprese proteinu CLIP4 se zdá být vysoce exprimována během nedostatku Ada3.[18] Při absenci U28 také existuje vyšší trend směrem k vyšší expresi CLIP4.[18]
Nařízení
Gen
Běžná vazebná místa pro transkripční faktor
Tyto transkripční faktory byly vybrány a uspořádány na základě blízkosti promotoru a podobnosti matrice.[19]
| Transkripční faktor | Podrobné informace o matici | Kotevní základna | Maticová podobnost | Sekvence |
| NOLF | Časný faktor B-buněk 1 | 17 | 0.98 | taagagTCCCcagggcagaaaca |
| PAX2 | Spárovaný doménový protein Zebrafish PAX2 | 18 | 0.8 | aagagtcccgggcagAAACaa |
| AP2F | Transkripční faktor AP-2, alfa | 16 | 0.98 | ctgcCCTGgggactc |
| AP2F | Transkripční faktor AP-2, beta | 16 | 0.899 | gagTCCCcagggcag |
| SORY | SRY (oblast Y určující pohlaví) rámeček 9, dimerní vazebná místa | 35 | 0.768 | aAACAaaatccagtgagggagag |
| HNF6 | CUT-transkripční faktor homeodomény Onecut-2 | 32 | 0.827 | aaacaaAATCcagtgag |
| PAX5 | Specifický aktivátorový protein pro B-buňky | 40 | 0.815 | acaaaaTCCAgtgagggagagatgcaggg |
| ZF16 | PR / SET doména 15 | 36 | 0.852 | aaatccagtgaGGGA |
| SORY | HMGI (Y) protein s vysokou mobilitou skupiny I (Y), architektonický transkripční faktor organizující rámec transkripčního komplexu nukleární protein-DNA | 78 | 0.945 | tggaAATTttctaccttaggagc |
| NFAT | Jaderný faktor aktivovaných T-buněk 5 | 83 | 0.955 | ttttGGAAattttctacct |
| NFAT | Jaderný faktor aktivovaných T-buněk 5 | 83 | 0.871 | aggtAGAAaatttccaaaa |
| CEBP | CCAAT / protein vázající zesilovač (C / EBP), epsilon | 89 | 0.975 | agccttttGGAAatt |
| CAAT | Buněčný a virový box CCAAT | 110 | 0.91 | gcagCCATttaatct |
| CAAT | Skříň ptačího typu LTR CCAAT | 165 | 0.875 | cccaCCAAgcagtgg |
| CEBP | CCAAT / protein vázající zesilovač (C / EBP), gama | 650 | 0.866 | ctaaTTGCtcaacgt |
| CEBP | CCAAT / zesilovač vázající protein alfa | 651 | 0.971 | cacgttgaGCAAtta |
| VTBP | Savčí box LTR typu TATA typu C | 680 | 0.903 | tgctgTAAAaggcctaa |
| TF2B | Rozpoznávací prvek transkripčního faktoru II B (TFIIB) | 983 | 1 | ccgCGCC |
| TF2B | Rozpoznávací prvek transkripčního faktoru II B (TFIIB) | 1157 | 1 | ccgCGCC |
| TF2B | Rozpoznávací prvek transkripčního faktoru II B (TFIIB) | 1228 | 1 | ccgCGCC |
Transkripční
Lidská sekvence mRNA CLIP4 má 12 struktur kmenové smyčky ve své 5 'UTR a 13 struktur kmenové smyčky ve své 3' UTR. Z těchto sekundárních struktur existuje 12 konzervovaných sekundárních struktur kmenové smyčky v 5'UTR a 1 konzervovaná sekundární struktura kmenové smyčky ve 3 'UTR.[20]
Protein
Lidský protein CLIP4 je lokalizován v buněčné jaderné membráně.[21] CLIP4 nemá signální peptid kvůli své intracelulární lokalizaci.[22] Ze stejného důvodu také nemá N-vázaná glykosylační místa.[23] CLIP4 není štěpený.[24] Je však přítomno mnoho O-vázaných glykosylačních míst.[25] Vysoká hustota fosforylačních míst je přítomna v pozicích aminokyselin 400-599 na proteinu CLIP4, ačkoli mnoho z nich je přítomno také ve zbytku proteinu.[26]
Funkce
CAP-Gly domény jsou často spojeny s regulací mikrotubulů.[27] Kromě toho je známo, že ankyrinové repetice zprostředkovávají interakce protein-protein.[28] Dále je známo, že CLIP1, paralog CLIP4 u lidí, se váže na mikrotubuly a reguluje mikrotubulární cytoskelet.[29] Předpokládá se také interakce proteinu CLIP4 s různými proteiny asociovanými s mikrotubuly.[30] Ve výsledku je pravděpodobné, že protein CLIP4, i když není charakterizovaný, je spojen s regulací mikrotubulů.
Interagující proteiny
Předpokládá se, že protein CLIP4 interaguje s mnoha proteiny spojenými s mikrotubuly; jmenovitě MAPRE1, MAPRE2 a MAPRE3. Předpokládá se také interakce s CKAP5 a DCTN1, proteinem spojeným s cytoskeletem a proteinem spojeným s dynaktinem.[30]
Klinický význam
Důležitost u různých druhů rakoviny
Aktivita CLIP4 koreluje s rozšířením renálních buněčných karcinomů (RCC) v hostiteli a může proto být potenciálním biomarkerem pro metastázy RCC u pacientů s rakovinou.[31] Měření úrovní metylace promotoru CLIP4 pomocí globálního indexu DNA methylace navíc odhaluje, že vyšší methylace CLIP4 je spojena se zvýšením závažnosti gastritidy na možnou rakovinu žaludku.[32] To naznačuje, že CLIP4 by mohl být použit pro včasnou detekci rakoviny žaludku.[33] Podobný nález byl dokumentován také u rakoviny prostaty, u které bylo zjištěno, že CLIP4 je hypermethylovaný u pacientů s rakovinou prostaty.[34]
Důležitost u jiných nemocí
Bylo zjištěno, že přítomnost CLIP4 je vysoce zvýšena ve vzorcích s předpokládanou těžkou fibrózou v důsledku viru chronické hepatitidy C (HCV).[35] Přítomnost CLIP4 jako nového vlastního antigenu v Systmic Lupus Arythematosus navíc ukazuje na to, že má potenciální roli v mechanismu onemocnění.[36]
Homologie
CLIP4 ortology
Tyto ortology byly vybrány a uspořádány na základě odhadovaného data odchylky od lidského proteinu a podle globální sekvenční identity.[37]
| Binomická nomenklatura | Běžné jméno | Taxonomická skupina | Odhadovaná DoD z člověka (MYA) | Přístupové číslo | Sekvenční délka (AA) | Identita globální sekvence s lidským proteinem (%) | Globální podobnost sekvence s lidským proteinem (%) |
| Homo sapiens (Hsa) | Člověk | Primát | 0 | AAP97312 | 601 | 100 | 100 |
| Aotus nancymaae (Ana) | Ma je noční opice | Primát | 43.2 | XP_012330895 | 704 | 83.5 | 83.7 |
| Sorex araneus (Sar) | Společná rejska | Eulipotyphla | 96 | XP_004620056 | 707 | 74 | 78.5 |
| Antrostomus carolinensis (Aca) | Chuckova vůle | Aves | 312 | XP_028942997 | 702 | 66.5 | 75.4 |
| Gekko japonicus (Gja) | Schlegelův japonský gekon | Reptilia | 312 | XP_015270366 | 702 | 63.8 | 73.1 |
| Rhinatrema bivittatum (Rbi) | Dvouřadý caecilian | Obojživelníci | 351.8 | XP_029448862 | 707 | 59.5 | 70.5 |
| Callorhinchus milii (Cmi) | Sloní žralok | Chondrichthyes | 473 | XP_007895016 | 715 | 52.5 | 65.6 |
| Branchiostoma floridae (Bfl) | Florida kopí | Leptocardii | 684 | XP_002606824 | 481 | 40.4 | 52.8 |
| Saccoglossus kowalevskii (Sko) | Žaludový červ | Enteropneusta | 684 | XP_006822686 | 648 | 35.7 | 47.5 |
| Ixodes scapularis (Isc) | Black-legged tick | Pavoukovec | 797 | XP_029831090 | 527 | 38.9 | 53 |
| Limulus polyphemus (Lpo) | Krabí podkovy | Pavoukovec | 797 | XP_013786376 | 462 | 38 | 51.6 |
| Lottia gigantea (Lgi) | Sova kulhání | Plži | 797 | XP_009046843 | 669 | 36.3 | 49.3 |
| Mizuhopecten yessoensis (Mye) | Yesso hřebenatka | Bivalvia | 797 | XP_021359747 | 633 | 35.4 | 47.2 |
| Parasteatoda tepidariorum (Pte) | Společný pavouk | Pavoukovec | 797 | XP_015914966 | 616 | 34.7 | 47.6 |
| Aplysia californica (Aca) | Kalifornský mořský zajíc | Plži | 797 | XP_012945346 | 653 | 33.7 | 45.7 |
| Crassostrea virginica (Cvi) | Východní ústřice | Bivalvia | 797 | XP_022315879 | 646 | 32.7 | 45.1 |
| Tetranychus urticae (Tur) | Dva skvrnitý roztoč | Pavoukovec | 797 | XP_015790536 | 652 | 31.9 | 43.5 |
| Centruroides sculuratus (Csc) | Kůra štíra | Pavoukovec | 797 | XP_023229484 | 605 | 30.6 | 43.4 |
| Penaeus vannamei (Pva) | Tichomořské bílé krevety | Malacostracany | 797 | XP_027206746 | 681 | 22.9 | 34 |
| Monosiga brevicollis (Mbr) | Choanoflagellate | Choanoflagellatea | 1023 | XP_001748580 | 576 | 25.3 | 40.8 |
Reference
- ^ „PhyreRisk“. phyrerisk.bc.ic.ac.uk. Citováno 2020-05-03.
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000115295 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024059 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C „CLIP4 CAP-Gly doména obsahující člena rodiny linkerových proteinů 4 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“. ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-05-01.
- ^ A b „CFSSP: Chou & Fasman Server pro předpovědi sekundární struktury“. biogem.org. Citováno 2020-05-03.
- ^ A b „BioGPS - váš systém genového portálu“. biogps.org. Citováno 2020-05-01.
- ^ A b C d "CLIP4 Gene - GeneCards | CLIP4 Protein | CLIP4 Antibody". genecards.org. Citováno 2020-05-01.
- ^ „Doména Homo sapiens CAP-Gly obsahující člena rodiny linkerových proteinů 4 (CLIP4), varianta transkriptu 1, mRNA“. 2020-04-25. Citovat deník vyžaduje
| deník =(Pomoc) - ^ „Doména Homo sapiens CAP-Gly obsahující člena rodiny linkerových proteinů 4 (CLIP4), transkriptová varianta 2, mRNA“. 2020-04-25. Citovat deník vyžaduje
| deník =(Pomoc) - ^ „Doména Homo sapiens CAP-Gly obsahující člena rodiny linkerového proteinu 4 (CLIP4), varianta transkriptu 3, mRNA“. 2020-04-25. Citovat deník vyžaduje
| deník =(Pomoc) - ^ A b "ExPASy - nástroj pro výpočet pI / MW". web.expasy.org. Citováno 2020-05-03.
- ^ A b C d E "SAPS
. ebi.ac.uk. Citováno 2020-05-03. - ^ "Linkerový protein 4 obsahující doménu CAP-Gly 4 izoforma 1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-05-03.
- ^ „Linkerový protein 4 obsahující doménu CAP-Gly izoforma 2 [Homo sapiens] - protein - NCBI“. ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-05-03.
- ^ A b "Shrnutí exprese proteinu CLIP4 - Atlas lidského proteinu". proteinatlas.org. Citováno 2020-05-01.
- ^ A b „CLIP4 - GEO profily - NCBI“. ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-05-01.
- ^ „Sekvenční nástroje“. bioline.com. Citováno 2020-05-01.
- ^ "Predikce sekundární struktury RNA". genebee.msu.su. Citováno 2020-05-01.
- ^ „Predikce PSORT II“. psort.hgc.jp. Citováno 2020-05-03.
- ^ „SignalP-5.0“. cbs.dtu.dk. Citováno 2020-05-03.
- ^ „Server NetNGlyc 1.0“. cbs.dtu.dk. Citováno 2020-05-03.
- ^ „Server ProP 1.0“. cbs.dtu.dk. Citováno 2020-05-03.
- ^ „Server NetOGlyc 4.0“. cbs.dtu.dk. Citováno 2020-05-03.
- ^ „Server NetPhos 3.1“. cbs.dtu.dk. Citováno 2020-05-03.
- ^ Weisbrich A, Honnappa S, Jaussi R, Okhrimenko O, Frey D, Jelesarov I a kol. (Říjen 2007). „Vztah struktura-funkce domén CAP-Gly“. Přírodní strukturní a molekulární biologie. 14 (10): 959–67. doi:10.1038 / nsmb1291. PMID 17828277. S2CID 37088265.
- ^ Li J, Mahajan A, Tsai MD (prosinec 2006). „Ankyrinová repetice: jedinečný motiv zprostředkující interakce protein-protein“. Biochemie. 45 (51): 15168–78. doi:10.1021 / bi062188q. PMID 17176038.
- ^ „UniProtKB - P30622 (CLIP1_HUMAN)“. UniProt. Citováno 3. května 2020.
- ^ A b „Protein CLIP4 (člověk) - interakční síť STRING“. string-db.org. Citováno 2020-05-03.
- ^ „CLIP4 - linkerový protein obsahující doménu CAP-Gly 4 - Homo sapiens (člověk) - gen a protein CLIP4“. uniprot.org. Citováno 2020-05-01.
- ^ Pirini F, Noazin S, Jahuira-Arias MH, Rodriguez-Torres S, Friess L, Michailidi C a kol. (Červen 2017). „Včasná detekce rakoviny žaludku pomocí globální, genomové a IRF4, ELMO1, CLIP4 a MSC methylace DNA v endoskopických biopsiích“. Cílový cíl. 8 (24): 38501–38516. doi:10.18632 / oncotarget.16258. PMC 5503549. PMID 28418867.
- ^ Pirini F, Noazin S, Jahuira-Arias MH, Rodriguez-Torres S, Friess L, Michailidi C a kol. (Červen 2017). „Včasná detekce rakoviny žaludku pomocí globální, genomové a IRF4, ELMO1, CLIP4 a MSC methylace DNA v endoskopických biopsiích“. Cílový cíl. 8 (24): 38501–38516. doi:10.18632 / oncotarget.16258. PMC 5503549. PMID 28418867.
- ^ Kron K, Pethe V, Briollais L, Sadikovic B, Ozcelik H, Sunderji A a kol. (2009-03-13). „Objev nových hypermethylovaných genů u rakoviny prostaty pomocí genomových mikropolí CpG“. PLOS ONE. 4 (3): e4830. Bibcode:2009PLoSO ... 4,4830 tis. doi:10,1371 / journal.pone.0004830. PMC 2653233. PMID 19283074.
- ^ Gehrau R, Mas V, Archer K, Maluf D (06.06.2012). „Biomarkery diferenciace onemocnění: recidiva HCV versus akutní buněčná rejekce“. Opravy fibrogeneze a tkáně. 5 (Suppl 1): S11. doi:10.1186 / 1755-1536-5-S1-S11. PMC 3368799. PMID 23259646.
- ^ „Barbara Dema“. Discovery Medicine.
- ^ "Nucleotide BLAST: Hledání nukleotidových databází pomocí nukleotidového dotazu". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2020-05-03.