CLC bio - CLC bio - Wikipedia

CLC bio
TypSoukromá společnost
PrůmyslBioinformatika
Založený2005
Hlavní sídlo
Aarhus
,
Dánsko
Oblast sloužila
Dánsko
Cambridge, Massachusetts
Tokio
Taipei
Dillí
produktySoftware a poradenství
webová stránkahttp://www.clcbio.com

CLC bio byl bioinformatika softwarová společnost se sídlem v Aarhus, Dánsko as kancelářemi v Cambridge, Massachusetts, Tokio, Taipei a Dillí. CLC bio software má více než 250 000 uživatelů [1] ve více než 100 zemích po celém světě. Společnost CLC bio získala společnost QIAGEN v roce 2013 a nadále existuje jako součást QIAGEN Digital Insights, divize bioinformatického výzkumu a vývoje QIAGEN.

Software

CLC bio se vyvíjí široce citovaný[2] plocha počítače,[3] podnikový a cloudový software pro analýzu biologické údaje. Zatímco některé nabízí open source algoritmy se svými nástroji mají CLC bio vlastní implementace několika populárních aplikací, které byly zrychleny pomocí SIMD technologie. V roce 2010 byla CLC bio první komerční platformou pro bioinformatickou analýzu, která využívala grafické uživatelské rozhraní pro vytváření, správu a nasazování analytických pracovních toků.[4]

Mezi dalšími funkcemi software podporuje čtení mapování Sanger a vysoce výkonné sekvenování data, de novo shromáždění Sanger a vysoce výkonné sekvenování data, Detekce SNP na celých genomech jakékoli velikosti, detekce strukturních variací na celých genomech jakékoli velikosti, ChIP-sekv analýza, RNA-sekv analýza, malá RNA analýza a VÝBUCH. CLC bio také poskytuje další pluginy (jak bezplatné, tak komerční), které rozšiřují platformu pro použití v konkrétních oborech včetně genomové úpravy, mikrobiální genomiky a strukturní biologie.

Software CLC bio umožňuje uživateli analyzovat, vizualizovat a porovnávat genomický, transkriptomické a epigenomické údaje ze všech hlavních vysoce výkonné sekvenování platformy jako Illumina, Life Technologies, Roche 454, Pacific Biosciences, Oxford Nanopore, a Kompletní genomika. Software společnosti CLC bio je nezávislý na platformě a lze je použít pro Mac OS X, Okna, a Linux. Platforma zahrnuje jak grafické uživatelské rozhraní pro stolní počítače, nástroje příkazového řádku, a MÝDLO a ZBYTEK API a schopnost spouštět kontejnerové nástroje.

Analytická platforma CLC bio byla nainstalována v několika světových výzkumných institucích a ve více než 2000 různých organizacích[5] po celém světě, včetně top 10 farmaceutických společností ve světě.

Cloud Computing

V roce 2017 uvedlo CLC bio svůj CLC Genomics Cloud Engine[6] jako platforma řízená příkazovým řádkem pro cloudové provádění bioinformatického pracovního toku ve službě Amazon Web Services. V roce 2019 byla tato platforma přizpůsobena a schválena pro použití v AWS GovCloud. V roce 2020 vydala společnost CLC bio bezplatný modul plug-in, který umožňuje provádění pracovního toku na AWS přímo z desktopového softwaru CLC Genomics Workbench.

Hardware

Hned na začátku společnost představila vlastní vysoce výkonnou výpočetní techniku řešení, se zaměřením na zrychlení algoritmů open source, jako je HMMER, Smith-Waterman a ClustalW, použitím FPGA technologie. CLC bio již nevyvíjí své vlastní produkty založené na hardwaru.

O

Společnost CLC bio zahájila komerční aktivity 1. ledna 2005 se sídlem v Dánsku. Jedná se o ziskovou soukromou společnost se 100 zaměstnanci a získala ji společnost Qiagen na konci roku 2013. 30% zaměstnanců má titul PhD a dalších 50% má titul MSc.[7]

CLC bio udržuje vědecké zaměření inicializací a účastí na různých výzkumných projektech po celém světě, včetně několika projektů financovaných z grantů.[8][9]

Reference

  1. ^ počet uživatelů
  2. ^ Citace Google Scholar
  3. ^ „QIAGEN CLC Genomics Workbench | QIAGEN Digital Insights“. Software a služby pro bioinformatiku QIAGEN Digital Insights. Citováno 2020-05-07.
  4. ^ „Nejnovější vylepšení“. Software a služby pro bioinformatiku QIAGEN Digital Insights. Citováno 2020-05-07.
  5. ^ Seznam zákazníků
  6. ^ „Nejnovější vylepšení“. Software a služby pro bioinformatiku QIAGEN Digital Insights. Citováno 2020-05-07.
  7. ^ „Profil společnosti (PDF)“ (PDF). Archivovány od originál (PDF) dne 2012-05-04. Citováno 2012-05-29.
  8. ^ GenomeWeb
  9. ^ GenomeWeb