CGView - CGView
| Obsah | |
|---|---|
| Popis | Pro vizualizaci kruhových genomů |
| Typy dat zajat | Zadávání dat: Genomické sekvence s anotacemi ve formátu XML, ve formátu s oddělováním tabulátory nebo ve formátu NCBI ptt. Výstup dat: Statické nebo interaktivní obrázky genomových map. |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | University of Alberta |
| Laboratoř | Dr. Paul Stothard a Dr. David Wishart |
| Primární citace | [1] |
| Datum vydání | 2004 |
| Přístup | |
| webová stránka | přání |
| Smíšený | |
| Uvolnění dat frekvence | Poslední aktualizace 2012 |
CGView (Circular Genome Viewer) je volně dostupný stahovatelný softwarový program Java, applet a API (aplikační programovací rozhraní ) pro generování barevných, zvětšitelných, hypertextových odkazů a obrázků s bohatými komentáři kruhové genomy jako bakteriální chromozomy, mitochondriální DNA a plazmidy.[1][2][3] Běžně se používá v potrubí anotace bakteriální sekvence ke generování vizuálního výstupu vhodného pro web. Rovněž se používá na řadě populárních webových serverů (webový server CGView, PlasMapper, BASys ) a databáze (BacMap ).
Přehled
Více než 4000 bakteriální genomy a tisíce plazmidových genomů byly sekvenovány díky pokroku v technologii sekvenování DNA. CGView byl vyvinut za účelem řešení specializovaných potřeb pro vizualizaci a anotaci kruhových genomů, jako jsou bakteriální, plazmidové, chloroplastové, mitochondriální sekvence DNA. Po instalaci program CGView akceptuje řadu různých formátů souborů, kde mohou být data funkcí a informace o vykreslení XML soubor, soubor oddělený tabulátorem nebo NCBI soubor ptt. CGView poté převede vstup na grafickou mapu v různých (PNG, JPG nebo SVG ) formáty obrázků, které mohou zahrnovat štítky, tituly, legendy a poznámky pod čarou. Obrázky mohou být statické, interaktivní nebo obrazy velikosti plakátu pro tisk nebo pro vložení na webové stránky.
Technologie a přístupnost
CGView je napsán v Programovací jazyk Java. Je k dispozici jako balíček Java aplikací ke stažení, stejně jako applet a API. Balíček appletu lze použít k vložení interaktivních map na webové stránky. The API lze použít k začlenění CGView do jiných aplikací Java. Nedávno byl vyvinut server CGView.
Viz také
Reference
- ^ A b Stothard, P; Wishart DS (2005). „Vizualizace a průzkum kruhového genomu pomocí CGView“. Bioinformatika. 21 (4): 537–9. doi:10.1093 / bioinformatika / bti054. PMID 15479716.
- ^ Grant, JR; Stothard P (2008). „Server CGView: srovnávací nástroj pro genomiku pro kruhové genomy“. Nucleic Acids Res. 36 (Problém s webovým serverem): W181–4. doi:10.1093 / nar / gkn179. PMC 2447734. PMID 18411202.
- ^ Grant, JR; Arantes AS; Stothard P. (2012). „Porovnání tisíců kruhových genomů pomocí nástroje pro srovnání CGView“. BMC Genomics. 13: 202. doi:10.1186/1471-2164-13-202. PMC 3469350. PMID 22621371.