BacMap - BacMap

BacMap
Obsah
PopisDatabáze anotovaných bakteriálních genomů a jejich mapy chromozomů / genomů
Typy dat
zajat		Údaje o genové sekvenci, data o proteinové sekvenci, obecná anotace genů a proteinů, polohy genů, obecná statistika genomu / proteomu, taxonomické a fenotypové informace, mapy bakteriálních chromozomů (obrázky)
Kontakt
Výzkumné centrumUniversity of Alberta
LaboratořDr. David Wishart
Primární citace[1][2]
Přístup
webová stránkahttp://wishart.biology.ualberta.ca/BacMap/ (verze 1.0); http://bacmap.wishartlab.com/ (verze 2.0)
Smíšený
Uvolnění dat
frekvence		Aktualizováno každé 2-3 měsíce
Kurátorská politikaRučně upraveno

BacMap je volně dostupná webová databáze obsahující plně anotované, plně zoomovatelné a plně prohledávatelné chromozóm mapy z více než 2 500 prokaryotický (archebakteriální a eubakteriální) druhy.[1] BacMap byl původně vyvinut v roce 2005 s cílem řešit výzvy prohlížení a procházení rostoucím počtem bakteriální genomy které byly generovány prostřednictvím rozsáhlých sekvenčních snah. Od prvního zavedení byl počet bakteriální genomy v BacMapu vzrostl o více než 15x. V podstatě funguje BacMap jako online vizuální atlas mikrobů genomy. Všechny genom poznámky v BacMap byly generovány prostřednictvím BASys genom anotační systém.[3] BASys je široce používaná mikrobiální anotační infrastruktura, která provádí komplexní bionformatické analýzy na surových (nebo označených) bakteriální genom data sekvence. Všechny mapy genomu (chromozomu) v BacMap byly vytvořeny pomocí programu známého jako CGView.[4] CGView je populární vizualizační program pro generování interaktivních, kompatibilních s webem kruhový chromozom mapy (obr. 1). Každý chromozomová mapa v BacMap je značně hypertextový odkaz a každý obraz chromozomu lze interaktivně procházet, rozšiřovat a otáčet pomocí navigačních tlačítek nebo hypertextových odkazů. Všechny identifikované geny v BacMap chromozomová mapa jsou zbarveny podle směrů kódování a při dostatečném přiblížení jsou viditelné genové značky. Každá genová značka na genomové mapě BacMap je také hypertextově propojena s „genovou kartou“ (obr. 2). Genové karty poskytují podrobné informace o odpovídajících sekvencích DNA a proteinů. Na každé mapě genomu v BacMap lze prohledávat VÝBUCH a hledání jména genu / synonyma.



Kvůli rostoucímu zájmu o metagenomiku a ve velkém měřítku bakteriální genom analýza, BacMap byl rozsáhle aktualizován v roce 2012.[2] S nejnovější aktualizací jsou všechny BacMap bakteriální genom mapy nyní mají samostatné prorok mapy genomu i samostatné mapy tRNA a rRNA. Každá bakterie chromozóm záznam v BacMapu nyní obsahuje grafy a tabulky různých statistik genů a proteinů. Všechny bakteriální druhy uvedené v BacMapu mají nyní karty „biografie“ bakterií s odpovídajícími informacemi o taxonomii mikrobů, fenotypové vlastnosti, další popisy a elektronová mikroskopie nebo jiné obrázky mikrob sám. BacMap má také řadu aktualizovaných nástrojů pro procházení dat a vyhledávání textu, které umožňují filtrování, třídění a snadnější zobrazení chromozóm mapy a jejich obsah.

Rozsah a přístup

Všechna data v BacMap jsou nechráněná nebo jsou odvozena z nechráněného zdroje. Je volně přístupný a dostupný komukoli. Kromě toho je téměř každá datová položka plně vysledovatelná a výslovně odkazuje na původní zdroj. Data BacMap jsou k dispozici prostřednictvím veřejného webového rozhraní a ke stažení.

Viz také

Reference

  1. ^ A b Stothard P, Van Domselaar G, Shrivastava S, Guo A, O'Neill B, Cruz J, Ellison M, Wishart DS (2005). „BacMap: interaktivní obrazový atlas anotovaných bakteriálních genomů“. Nucleic Acids Res. 33 (Problém s databází): D317–20. doi:10.1093 / nar / gki075. PMC  540029. PMID  15608206.
  2. ^ A b Cruz J, Liu Y, Liang Y, Zhou Y, Wilson M, Dennis JJ, Stothard P, Van Domselaar G, Wishart DS (2012). „BacMap: aktuální elektronický atlas anotovaných bakteriálních genomů“. Nucleic Acids Res. 40 (Problém s databází): D599–604. doi:10.1093 / nar / gkr1105. PMC  3245156. PMID  22135301.
  3. ^ Van Domselaar, GH; Stothard P; Shrivastava S; Cruz JA; Guo A; Dong X; Lu P; Szafron D; Greiner R; Wishart DS. (2005). „BASys: webový server pro automatickou anotaci bakteriálního genomu“. Nucleic Acids Res. 33 (Problém s webovým serverem): W455–9. doi:10.1093 / nar / gki593. PMC  1160269. PMID  15980511.
  4. ^ Stothard, P; Wishart DS. (2005). „Vizualizace a průzkum kruhového genomu pomocí CGView“. Bioinformatika. 21 (4): 537–9. doi:10.1093 / bioinformatika / bti054. PMID  15479716.