Otevřený čtecí rámec 62 chromozomu 6 (C6orf62), také známý jako X-trans-aktivovaný protein 12 (XTP12),[4] [5]
Gen a přepis V DNA je C6orf62 dlouhý 12 529 párů bází a nachází se na 6q22.3.[6] chromozom 6 na pozici 22,3 (6q22,3). Dospělý mRNA sekvence je 2498 párů bází dlouhá s 5 exony a 4 intronovými oblastmi, což překládá protein dlouhý 229 aminokyselin a dvě předpokládané izoformy 160 aminokyselin a 200 aminokyselin.[7] [8]
Protein Hlavní přepis je dlouhý 229 aminokyselin a je kódován z 5 exonových oblastí. Existují dvě varianty transkriptu, které mají délku 200 aminokyselin a 160 aminokyselin. Tady je doména neznámé funkce (DUF4566) přítomný ve všech třech variantách a překlenuje pozice 1-226 v hlavním přepisu.[9] izoelektrický bod je při pH 9,24.[10] [5]
Interakce s proteiny Výraz C6orf62 je široce exprimován v lidském těle, jeho množství bílkovin však není vysoké.[13] žlučník a varle , ale nepředpokládá se, že bude vyjádřen v hladký sval , lymfatické uzliny , slezina , vaječníky , tuková tkáň , a měkké tkáně .
Homologie C6orf62 je mezi obratlovci vysoce konzervovaný a má ortology nalezené u bezobratlých.
Ortology ve Vybraných savcích[14] Rod Druh Běžné jméno Datum odchylky (MYA) RefSeq Délka AA % Identita % Podobnosti Pongo abelii Orangutan sumaterský 15.2 NP_001126883.1 232 99 99 Ictidomys tridecemlineatus Sysel 88 XP_005337081.1 231 99 98 Tupaia chinensis Treeshrew 85 XP_006162754.1 267 84 98 Ratus norvegicus Hnědá krysa 88 NP_001017510.1 232 99 98
Ortology ve Vybrané Ray-Finned Fish[14] Rod Druh Běžné jméno Datum odchylky (MYA) RefSeq Délka AA % Identita % Podobnosti Salmo salar Losos 435 XP_014034327.1 233 82 93 Sinocyclocheilus nosorožec Činka se zlatou podšívkou 435 XP_016388718.1 230 87 94 Hippocampus přijde Mořský koník 435 XP_019729847.1 234 80 91
Ortology ve vybraných obojživelnících[14] Rod Druh Běžné jméno Datum odchylky (MYA) RefSeq Délka AA % Identita % Podobnosti Nanorana parkeri Vysoká himálajská žába 353 XP_018411819.1 232 95 97 Xenopus trpocalis Africká drápá žába 353 NP_001120278.1 232 93 98
Ortology ve Vybrat plazy[14] Rod Druh Běžné jméno Datum odchylky (MYA) RefSeq Délka AA % Identita % Podobnosti Chrysemys picta belli Malovaná želva 320 XP_005281462.1 233 97 98 Krajta vbivittatus Barmský python 320 XP_007521998.1 233 96 99 Chelonia mydas Zelená mořská želva 320 XP_007060449.1 231 97 98 Aligátor sinensis Čínský aligátor 320 XP_006034488.1 232 98 99
Ortology ve Vybraných ptácích[14] Rod Druh Běžné jméno Datum odchylky (MYA) RefSeq Délka AA % Identita % Podobnosti Tauraco erythrolophus Tauraco s červeným chocholem 320 XP_009991398.1 232 97 Taeniopygie guttata Zebra Finch 320 XP_002194166.1 232 98 Manacus vitellinus Manakin označený zlatem 320 XP_017925511.1 241 98
Ortology ve Vybrat bezobratlé [14]
Rod Druh Běžné jméno Datum odchylky (MYA) RefSeq Délka AA % Identita % Podobnosti Ciona intestinalis Sea Squirt 677 XP_002119736.1 233 38 62 Crassostrea gigas Pacifická ústřice 758 XP_011438527.1 231 62 80 Hellobdella robusta Glossiphoniidae pijavice 758 XP_009016977.1 264 35 51 Chobotnice bimakuloidy Two-Spot Octopus 758 XP_014780369.1 197 60 79 Saccoglossus kowalevskii Žaludový červ 627 XP_002741666.1 230 66 83
Reference ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000112308 - Ensembl , Květen 2017^ „Human PubMed Reference:“ . Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna .^ „Myš PubMed Reference:“ . Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna .^ Databáze, GeneCards Human Gene. "C6orf62 Gene - GeneCards | CF062 Protein | CF062 Antibody" . www.genecards.org . Citováno 2017-02-21 . ^ A b "Tkáňová exprese C6orf62 - Shrnutí - Atlas lidského proteinu" . www.proteinatlas.org . Citováno 2017-05-08 .^ Kent, WJ; Sugnet, CW; Furey, TS; Roskin, KM; Pringle, TH; Zahler, AM; Haussler, D (2002). „Prohlížeč genomu UCSC“ . UCSC Genome Browser . Citováno 2017-02-20 . ^ "PŘEDPOVĚĎ: necharakterizovaný protein C6orf62 izoforma X1 [Homo sapiens] - bílkovina - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Citováno 2017-05-08 .^ "PŘEDPOVĚĎ: necharakterizovaný protein C6orf62 izoforma X2 [Homo sapiens] - bílkovina - NCBI" . www.ncbi.nlm.nih.gov . Citováno 2017-05-08 .^ „C6orf62 chromozom 6 otevřený čtecí rámec 62 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“ . www.ncbi.nlm.nih.gov . Citováno 2017-05-08 .^ Volker, Brendel (2006). „SAPS - SDSC Bio Workbench“ . SDSC Biology Workbench . Citováno 2017-05-01 . [trvalý mrtvý odkaz ^ A b Laboratoř, Mike Tyers. "C6orf62 (RP1-30M3.4) Souhrn výsledku | BioGRID" . thebiogrid.org . Citováno 2017-05-08 . ^ "Pro hledaný výraz C6orf62 byla nalezena 1 binární interakce" . Databáze molekulárních interakcí IntAct . EMBL-EBI. Citováno 2018-08-25 .^ „Hojnost proteinu C6orf62 v PaxDb“ . pax-db.org . Citováno 2017-05-08 .^ A b C d E F „NCBI - základní vyhledávací nástroj pro místní zarovnání“ . NCBI .
