BPTF - BPTF

BPTF
Dostupné struktury
PDB	Lidské vyhledávání UniProt: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2F6J, 2F6N, 2 FSA, 2FUI, 2FUU, 2RI7, 3QZS, 3QZT, 3QZV, 3UV2
Identifikátory
Aliasy	BPTF, FAC1, FALZ, NURF301, transkripční faktor prstu bromodomény PHD, NEDDFL
Externí ID	OMIM: 601819 MGI: 2444008 HomoloGene: 114397 Genové karty: BPTF
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 17 (lidský)
Konec	67,984,378 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 11 (myš)
Konec	107,132,127 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• sekvenčně specifická vazba DNA; • Aktivita ATPázy závislá na DNA; • vazba transkripčního faktoru; • vazba kovových iontů; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba methylovaného histonu;
Buněčná složka	• cytoplazma; • buněčné tělo; • nukleoplazma; • dendrit; • Komplex NURF; • perinukleární oblast cytoplazmy; • neuronová projekce; • extracelulární exosom; • buněčné jádro; • nukleární chromatin; • Komplex Set1C / COMPASS;
Biologický proces	• remodelace chromatinu; • buněčná odpověď na stimul nervového růstového faktoru; • vývoj endodermu; • regulace transkripce, DNA-šablony; • vývoj embryonální placenty; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • transkripce, chráněná DNA; • pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • vývoj mozku; • reakce na zranění; • specifikace předního / zadního vzoru; • kovalentní modifikace chromatinu; • organizace chromatinu; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	2186
	207165
	ENSG00000171634
	ENSMUSG00000040481
	Q12830
	n / a
	NM_004459; NM_182641
	NM_001080832; NM_176850; NM_001359590
	NP_004450; NP_872579
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Podjednotka faktoru remodelace nukleosomu BPTF je protein že u lidí je kódován BPTF gen.^[5]^[6]^[7]^[8]

Tento gen byl identifikován podle reaktivity jeho kódovaného proteinu na monoklonální protilátku připravenou proti mozkovým homogenátům od pacientů s Alzheimerovou chorobou. Analýza původního proteinu (fetální Alz-50 reaktivní klon 1 nebo FAC1), identifikovaný jako protein 810 aa obsahující doménu vázající DNA a motiv zinkového prstu, naznačuje, že by mohla hrát roli v regulaci transkripce. Vysoké hladiny FAC1 byly detekovány ve fetálním mozku a u pacientů s neurodegenerativními chorobami. Protein kódovaný tímto genem je ve skutečnosti mnohem větší, než se původně myslelo, a také obsahuje C-koncovou bromodoménu charakteristickou pro proteiny, které regulují transkripci během proliferace. Kódovaný protein je velmi podobný největší podjednotce komplexu Drosophila NURF (faktor remodelace nukleosomu). V Drosophile je komplex NURF, který katalyzuje klouzání nukleosomů na DNA a interaguje se sekvenčně specifickými transkripčními faktory, nezbytný pro remodelaci chromatinu potřebnou pro transkripci. Byly zcela popsány dva alternativní přepisy kódující různé izoformy.^[8]

Interakce

Bylo prokázáno, že BPTF komunikovat s MAZ.^[9]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000171634 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000040481 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Bowser R (březen 1997). "Přiřazení lidského genu FAC1 k chromozomu 17q24 fluorescenční in situ hybridizací". Genomika. 38 (3): 455–7. doi:10.1006 / geno.1996.0657. PMID 8975731.
^ Jones MH, Hamana N, Shimane M (duben 2000). "Identifikace a charakterizace BPTF, nového transkripčního faktoru bromodomény". Genomika. 63 (1): 35–9. doi:10.1006 / geno.1999,6070. PMID 10662542.
^ Wysocka J, Swigut T, Xiao H, Milne TA, Kwon SY, Landry J, Kauer M, Tackett AJ, Chait BT, Badenhorst P, Wu C, Allis CD (červenec 2006). "PHD prst NURF spojuje trimethylaci histon H3 lysinu 4 s remodelací chromatinu". Příroda. 442 (7098): 86–90. Bibcode:2006Natur.442 ... 86W. doi:10.1038 / nature04815. PMID 16728976. S2CID 4389087.
^ ^A ^b „Entrez Gene: BPTF bromodomain PHD finger transkripční faktor“.
^ Jordan-Sciutto, KL; Dragich J M; Caltagarone J; Hala D J; Bowser R (březen 2000). „Protein klonu 1 plodu Alz-50 (FAC1) interaguje s proteinem zinkového prstu spojeným s Myc (ZF87 / MAZ) a mění jeho transkripční aktivitu.“. Biochemie. SPOJENÉ STÁTY. 39 (12): 3206–15. doi:10.1021 / bi992211q. ISSN 0006-2960. PMC 3667205. PMID 10727212.

externí odkazy

Člověk BPTF umístění genomu a BPTF stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.

Další čtení

Bowser R, Giambrone A, Davies P (1995). „FAC1, nový gen identifikovaný s monoklonální protilátkou Alz50, je vývojově regulován v lidském mozku“. Dev. Neurosci. 17 (1): 20–37. doi:10.1159/000111270. PMID 7621746.
Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). "Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů". Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
Zhu P, Bowser R (1997). "Identifikace a analýza kompletní sekvence cDNA pro lidský gen FAC1". Biochim. Biophys. Acta. 1309 (1–2): 5–8. doi:10.1016 / s0167-4781 (96) 00127-3. PMID 8950167.
Mu X, Springer JE, Bowser R (1997). "FAC1 exprese a lokalizace v motorických neuronech vyvíjející se, dospělé a amyotrofické laterální sklerózy míchy". Exp. Neurol. 146 (1): 17–24. doi:10.1006 / ex.1997.6508. PMID 9225734. S2CID 25924273.
Jordan-Sciutto KL, Dragich JM, Bowser R (1999). „DNA vazebná aktivita fetálního proteinu Alz-50 klonu 1 (FAC1) je zvýšena fosforylací“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 260 (3): 785–9. doi:10.1006 / bbrc.1999.0986. PMID 10403843.
Jordan-Sciutto KL, Dragich JM, Rhodes JL, Bowser R (2000). „Fetal Alz-50 klon 1, nový protein se zinkovým prstem, váže specifickou sekvenci DNA a působí jako transkripční regulátor“. J. Biol. Chem. 274 (49): 35262–8. doi:10.1074 / jbc.274.49.35262. PMC 3670955. PMID 10575013.
Jordan-Sciutto KL, Dragich JM, Caltagarone J a kol. (2000). „Protein klonu 1 plodu Alz-50 (FAC1) interaguje s proteinem zinkového prstu spojeným s Myc (ZF87 / MAZ) a mění jeho transkripční aktivitu.“. Biochemie. 39 (12): 3206–15. doi:10.1021 / bi992211q. PMC 3667205. PMID 10727212.
Jordan-Sciutto K, Rhodes J, Bowser R (2002). "Změněná subcelulární distribuce transkripčních regulátorů v reakci na Abeta peptid a během Alzheimerovy choroby". Mech. Aging Dev. 123 (1): 11–20. doi:10.1016 / S0047-6374 (01) 00334-7. PMID 11640947. S2CID 34907508.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Rhodes J, Lutka FA, Jordan-Sciutto KL, Bowser R (2003). "Změněná exprese a distribuce FAC1 během růstu neuritů vyvolaných NGF buněk PC12". NeuroReport. 14 (3): 449–52. doi:10.1097 / 01.wnr.0000059782.23521.35 (neaktivní 2020-10-05). PMID 12634501.CS1 maint: DOI neaktivní od října 2020 (odkaz)
Barak O, Lazzaro MA, Lane WS a kol. (2004). „Izolace lidského NURF: regulátor exprese genu Engrailed“. EMBO J.. 22 (22): 6089–100. doi:10.1093 / emboj / cdg582. PMC 275440. PMID 14609955.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). "Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039. S2CID 21903526.
Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D a kol. (2004). „Rozsáhlá charakterizace jaderných fosfoproteinů z buněk HeLa“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (33): 12130–5. Bibcode:2004PNAS..10112130B. doi:10.1073 / pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
Strachan GD, Morgan KL, Otis LL a kol. (2004). „Klon 1 plodu Alz-50 interaguje s lidským ortologem proteinu spojeného s Kelchovým Ech“. Biochemie. 43 (38): 12113–22. doi:10.1021 / bi0494166. PMC 3670950. PMID 15379550.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Sbírka genů savců (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Strachan GD, Ostrow LA, Jordan-Sciutto KL (2005). „Exprese fetálního proteinu Alz-50 klonu 1 indukuje apoptotickou buněčnou smrt“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 336 (2): 490–5. doi:10.1016 / j.bbrc.2005.08.127. PMID 16137655.
Li H, Ilin S, Wang W a kol. (2006). „Molekulární základ pro specifické odečítání histonu H3K4me3 pomocí prstu BPTF PHD NURF“. Příroda. 442 (7098): 91–5. Bibcode:2006 Natur.442 ... 91L. doi:10.1038 / nature04802. PMC 4690523. PMID 16728978.

Tento článek o gen na lidský chromozom 17 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000171634 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000040481 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid8975731-5] Bowser R (březen 1997). "Přiřazení lidského genu FAC1 k chromozomu 17q24 fluorescenční in situ hybridizací". Genomika. 38 (3): 455–7. doi:10.1006 / geno.1996.0657. PMID 8975731.

[pmid10662542-6] Jones MH, Hamana N, Shimane M (duben 2000). "Identifikace a charakterizace BPTF, nového transkripčního faktoru bromodomény". Genomika. 63 (1): 35–9. doi:10.1006 / geno.1999,6070. PMID 10662542.

[pmid16728976-7] Wysocka J, Swigut T, Xiao H, Milne TA, Kwon SY, Landry J, Kauer M, Tackett AJ, Chait BT, Badenhorst P, Wu C, Allis CD (červenec 2006). "PHD prst NURF spojuje trimethylaci histon H3 lysinu 4 s remodelací chromatinu". Příroda. 442 (7098): 86–90. Bibcode:2006Natur.442 ... 86W. doi:10.1038 / nature04815. PMID 16728976. S2CID 4389087.

[entrez-8] A ^b „Entrez Gene: BPTF bromodomain PHD finger transkripční faktor“.

[pmid10727212-9] Jordan-Sciutto, KL; Dragich J M; Caltagarone J; Hala D J; Bowser R (březen 2000). „Protein klonu 1 plodu Alz-50 (FAC1) interaguje s proteinem zinkového prstu spojeným s Myc (ZF87 / MAZ) a mění jeho transkripční aktivitu.“. Biochemie. SPOJENÉ STÁTY. 39 (12): 3206–15. doi:10.1021 / bi992211q. ISSN 0006-2960. PMC 3667205. PMID 10727212.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]