Anatomografie - Anatomography
![]() ![]() | |
K dispozici v | Angličtina nebo japonský |
---|---|
Majitel | Databázové centrum pro vědu o živé přírodě |
Vytvořil | Kousaku Okubo |
URL | lifesciencedb.jp/bp3d |
Komerční | Ne |
Spuštěno | 2009-02-09[1] |
Aktuální stav | Aktivní |
Licence na obsah | ![]() CC-BY-SA 2.1-ja[2] |
Anatomografie je interaktivní webová stránka, která podporuje generování anatomických diagramů a animací Lidské tělo. Web Anatomography je provozován neziskovým výzkumným ústavem DBCLS (Database Center for Life Science) se sídlem na Tokijská univerzita. Anatomické diagramy generované anatomií a data 3D polygonů použitá na webu (zvaná BodyParts3D) jsou volně dostupná pod Licence Creative Commons Attribution-ShareAlike.[2]
Popis
Anatomografie byla zahájena 9. února 2009[1] zakladatel a hlavní ředitel Kousaku Okubo (大 久保 公 策 ), profesor DNA Data Bank of Japan na Národní ústav genetiky.
Data polygonu lidského těla použitá na webu se nazývají „BodyParts3D".[3] Data polygonu BodyParts3D jsou extrahována z celého těla MRI snímky. Sada snímků MRI, na které je BodyParts3D založen, se nazývá „TARO“. Taro je v Japonsku běžné křestní jméno pro muže, as John je v angličtině. TARO je 2 mm * 2 mm * 2 mm voxel datová sada lidského muže vytvořená Národní institut informačních a komunikačních technologií.[4] TARO vyšlo volně v listopadu 2004.[5][6]
Proces konstrukce BodyParts3D je následující.[3]
- Fáze 1: V původních datech TARO byly zavedeny další anatomické segmentace.
- Fáze 2: Poté byly chybějící detaily doplněny a rozmazané kontury byly vyjasněny pomocí 3D editačního programu odkazem na učebnice, atlasy,[7] a modelové modely lékařských ilustrátorů.
- Fáze 3: Další segmentace a úpravy dat budou pokračovat ve spolupráci s klinickými výzkumníky, dokud nebude dosaženo dostatečného pokrytí konceptu.
Data polygonu BodyParts3D jsou distribuována v souboru OBJ formát souboru. Velikost celého datového souboru je 127 MB (polygon redukován) a 521 MB (vysoká kvalita) od verze 3.0.[8] Počet částí těla (orgánů) registrovaných v BodyParts3D je od verze 3.0 1 523.[7]
Licence
Na obrázky generované anatomií a polygonová data obsažená v BodyParts3D se vztahuje licence pod licencí Licence Creative Commons,[2] v naději na rozšíření využití a demokratizaci lékařských znalostí.[9]
Financování
Projekt BodyParts3D / Anatomography byl financován z prostředků MEXT (japonsky Ministerstvo školství, kultury, sportu, vědy a technologie ) z FY 2007 až FY2010.[10][11] Od FY2011 byl projekt financován JST (Japonská agentura pro vědu a technologii ).[11]
Recepce
Schémata z anatomie se používají například v kanadské vědecké televizní show Le code Chastenay,[12] Internetová encyklopedie Wikipedia, jako přednáškový materiál na univerzitách a jinde ke sdílení znalostí.[9] O používání anatomie na webových stránkách, jako je Wikipedia a Wikimedia Commons, vývojáři říkají „šíření zvyklostí anonymními uživateli jako Wikipedia a Wikimedia Commons je to, co jsme očekávali.“[9]
Technické vlastnosti
Projekt BodyParts3D / Anatomography využívá Foundational Model of Anatomy (FMA). FMA je anatomický open-source ontologie vyvinutý a udržovaný Skupinou pro strukturální informatiku na University of Washington. V BodyParts3D je každá část těla spravována identifikátorem FMA (FMAID) definovaným FMA. Například páteř je registrován jako FMA13478, temporální lalok je registrován jako FMA61825, a tak dále.
Historie verzí
- Verze 1.0 (9. února 2009) [1]
- Verze 2.0 (28. dubna 2010)[13] Celkový počet částí těla je 1324.[14]
- Verze 3.0 (20. června 2011) Celkový počet částí těla je 1523.[7]
- Verze 4.0 (16. května 2013)[15]
Podobné služby
- Tělo zygoty - Webová služba zdarma poskytovaná Zygote Media Group se sídlem v American Fork, Utah, USA. Zygote Body byl spuštěn jako Tělo Google 15. prosince 2010. Data polygonu použitá na webu jsou komerčním produktem. Od října 2012 je cena dat o polygonu celého těla 13 995 USD.[16]
- BioDigital Human - Bezplatná webová služba a komerční produkt poskytovaný společností BioDigital, Inc. se sídlem v New Yorku, New York, USA. BioDigital Human byl publikován v roce 2011. Web získal v roce 2013 cenu SXSW Interactive.
Ostatní
Několik výukových videí o používání anatomie je k dispozici na Youtube,[17] vidět externí odkazy.
Další obrázky
Kosti a svaly.
Lebka a oční bulvy.
Mozek a čelní lalok.
3D tisk údajů o kostní noze BodyParts3D.
Malířské barvy na krční páteř polygonová data, obsažená v datech BodyParts3D, pomocí MeshLab.
Stažená data polygonů BodyParts3D, upravená pomocí Mixér.
Hlavní ředitel Kousaku Okubo na konferenci University of Tokyo.[18]
Viz také
Reference
- ^ A b C Poznámky k vydání (v japonštině). DBCLS. Citováno 2012-10-12.
- ^ A b C Časté dotazy - kredit. (v japonštině) DBCLS. Citováno 2012-10-12.
- ^ A b Mitsuhashi, N; Fujieda, K; Tamura, T; Kawamoto, S; Takagi, T; Okubo, K (2009). "BodyParts3D: 3D struktura databáze pro anatomické koncepty". Výzkum nukleových kyselin. 37 (Problém s databází): D782–5. doi:10.1093 / nar / gkn613. PMC 2686534. PMID 18835852.
- ^ Nagaoka, T; Watanabe, S; Sakurai, K; Kunieda, E; Watanabe, S; Taki, M; Yamanaka, Y (2004). „Vývoj realistických voxelových modelů celého těla voxelů japonských dospělých mužů a žen průměrné výšky a hmotnosti s vysokým rozlišením a aplikace modelů na vysokofrekvenční dozimetrii elektromagnetického pole“. Fyzika v medicíně a biologii. 49 (1): 1–15. doi:10.1088/0031-9155/49/1/001. PMID 14971769.
- ^ 日本人 の 数 値 人体 モ デ ル DB 「TARO」 と 「HANAKO」 公開 2004/11/10 (v japonštině). ITMedia. Citováno 2012-10-12.
- ^ 報道 発 表: 日本人 平均 成人 男女 の 数 値 人体 モ デ ル デ ー タ ベ ー ス 公開 の お 知 ら せ-2004-11-10 (v japonštině). Národní institut informačních a komunikačních technologií. Citováno 2012-10-12.
- ^ A b C BodyParts3D - poznámka k vydání (verze 3.0, 2011/6/20) DBCLS. Citováno 2012-10-15.
- ^ Stáhnout - BodyParts3D DBCLS. Citováno 2012-10-15.
- ^ A b C 三橋 信 孝 、 藤枝 香 、 今井 紫 緒 、 武 藤 勇 、 田村 卓 郎 、 川 本 祥子 、 高木 利 久 、 大 久保 公 策 「BodyParts3D と Anatomografie: 医学 で の 情報 共有 を「 動機 付 け る 」素材」(v japonštině)[trvalý mrtvý odkaz ] Nob ンンポジジv medicíně „Plakátová prezentace na„ Symposiu: Směrem k budoucnosti vědy o životě - databáze myšlení o 10 let později “, která se konala na Tokijské univerzitě dne 10. 10. 2010. Citováno 2012-10-12.
- ^ Popis databáze BodyParts3D Archiv databází biologických věd. Citováno 2012-10-19.
- ^ A b Časté dotazy - O databázovém centru pro vědu o živé přírodě (DBCLS) Archivováno 2013-01-30 na Wayback Machine DBCLS. Citováno 2012-10-19.
- ^ 「LE CODE CHASTENAY」 Emise 48, 01.01.2010 vysílán
- ^ Aktualizace „BodyParts3D / Anatomography“ Archivováno 5. června 2010, v Wayback Machine Zveřejněno 28. dubna 2010. DBCLS. Citováno 2012-10-16.
- ^ BodyParts3D - poznámka k vydání (vydání 2.0, 2010/4/28) DBCLS. Citováno 2012-10-15.
- ^ „BodyParts3D Release Notes, v4.0“. Citováno 2015-11-18.
- ^ Kolekce mužské anatomie 5.0 3Dscience.com. (Zygote Media Group, Inc.). Citováno 2012-10-19.
- ^ Kawano, S; Ono, H; Takagi, T; Bono, H (2012). „Tutorial videos of bioinformatics resources: Online distribution trial in Japan named TogoTV“. Briefings in Bioinformatics. 13 (2): 258–68. doi:10.1093 / bib / bbr039. PMC 3294242. PMID 21803786.
- ^ Konference „Vyvažování ochrany IP a sdílení údajů ve vědě“, která se konala na Tokijské univerzitě, 10. 10. 2009. Prezentace Okubo v japonštině Archivováno 10. června 2013, v Wayback Machine, těsně před Lawrence Lessig přednáška. Celá videa z každé přednášky jsou k dispozici na webu stránka s plánem webových stránek konference (částečně japonská, částečně anglická) Archivováno 4. února 2013, v Wayback Machine.