Alcanivorax pacificus - Alcanivorax pacificus

Alcanivorax pacificus
Vědecká klasifikace
Království:
Bakterie
Kmen:
Proteobakterie
Třída:
Gama proteobakterie
Objednat:
Oceanospirillales
Rodina:
Alcanivoracaceae
Rod:
Alcanivorax
Druh:
A. pacificus
Binomické jméno
Alcanivorax pacificus
Lai a kol. 2011

Alcanivorax pacificus je pyren -degradující námořní gammaprotobacterium.[1] Je to rodu Alcanivorax, skupina mořské bakterie známý pro degradaci uhlovodíky.[2] Když byl původně navržen, rod Alcanivorax zahrnovalo šest rozlišitelných druhů.[1] Nicméně, A. pacificus, sedmý kmen, byl izolován z hlubinných sedimentů na Západě Tichý oceán společností Shanghai Majorbio Bio-pharm Technology Co., Ltd. v roce 2011.[1] A. pacificus schopnost odbourávat uhlovodíky lze využít k čištění oceánů kontaminovaných ropou bioremediace. Genomické rozdíly přítomné v tomto kmenu Alcanivorax které ji odlišují od původního konsorcia, je důležité pochopit, aby bylo možné lépe využívat tuto bakterii pro bioremediaci.[1]

Vlastnosti

A. pacificus je nepohyblivý, Gramnegativní bacil.[1] to je oxidáza - a kataláza -pozitivní. Vytváří světle šedé kolonie, které mají průměr od 1 do 2 milimetrů, když se pěstují na mořských 216L agar médium obsahující mořskou vodu, octan sodný, trypton, výtažek z kvasnic, dusičnan amonný, a citrát sodný.[1] A. pacificus je mezofilní a mírně halofilní, roste nejlépe v prostředí mezi 10–42 stupni Celsia, které obsahuje 0,5–12% NaCl.[1]

Genom

Společnost Shanghai Majorbio Bio-pharm Technology Co., Ltd. sekvenovala celkem 5 855 964 spárovaných konců A. pacificus použitím Solexa technologie sekvenování spárovaných koncovek. Získaný typ kmene A. pacificus je W11-5T (= MCCC 1A00474T = CCTCC AB 208236T = LMG 25514T).[3] The Obsah GC kmene W11-5 T je 62,62%.[4] Kmen W11-5T je vyroben z 42 kontigy (N90 = 19) z 4 137 438 bp.[5]

Výsledky automatické anotace genů, kterou dokončil automatický anotační kanál NCBI Prokaryotic Genomes (PGAAP), odhalily, že genom kmene W11-5T obsahuje 3 762 kandidátských genů kódujících protein.[5] Z těchto genů bylo přiřazeno 2 870 proteinů ortologický skupiny. Dále bylo identifikováno 41 genů tRNA pro 19 aminokyselin a jednu 16S-23S-5S rRNA operon.[5]

Zvláštní pozornost byla věnována genům, které potenciálně kódovaly degradaci alkanů.[5] Byly nalezeny geny kódující čtyři alkanové monooxygenázy s integrální membránou, tři enzymy cytochromu P450 a čtyři geny kódující monooxygenázy vázající se na flavinovou rodinu.[5] Tyto monooxygenázy jsou obzvláště důležité, protože představují dlouhý řetězec n-hydroxylace alkanu.[5]

Rozmanitost

A. Pacificus úzce souvisí s jinými kmeny rodu Alcanivorax. Sdílí to 16S rRNA podobnost genové sekvence 93,9, 93,1, 93,1, 93,0, 93,0 a 92,9% se sousedními kmeny A. dieselolei B-5 T, A. balearicus MACL04 T, A. hongdengensis A-11-3 T, A. venustensis ISO4 T, A. borkumensis SK2 T a A. jadensis T9 T resp.[1] Nicméně, jako genová sekvence A. Pacificus se liší o více než 3% od všech ostatních kmenů, je natolik odlišný, že představuje nový bakteriální kmen.[6] Část tohoto rozdílu vyplývá z 549 nukleootidového fragmentu genu pro alkanhydroxylázu alkB, který byl amplifikován z řetězce W11-5T.[1] Gen alkB je protein, který je produkován A. pacificus a další kmeny rodu Alcanivorax který zvrátí poškození alkylace, proces, kterým alkanu chybí jeden vodík se přenáší z jedné molekuly na druhou. The aminokyselina sekvence odvozené z tohoto fragmentu ukazují, že neexistuje jasné seskupení mezi druhy Alcanivorax, protože některé kmeny v tomto rodu obsahují více sekvencí alkB, které je umisťují na různé větve kmene fylogenetický strom.[1]

Reference

  1. ^ A b C d E F G h i j Lai Q, Wang L, Liu Y, Fu Y, Zhong H, Wang B, Chen L, Wang J, Sun F, Shao Z (červen 2011). „Alcanivorax pacificus sp. Nov., Izolovaný z hlubinného konsorcia degradujícího pyren“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 61 (Pt 6): 1370–4. doi:10.1099 / ijs.0.022368-0. PMID  20584816.
  2. ^ Yakimov MM, Golyshin PN, Lang S, Moore ER, Abraham WR, Lünsdorf H, Timmis KN (duben 1998). „Alcanivorax borkumensis gen. Nov., Sp. Nov., Nová mořská bakterie degradující uhlovodíky a povrchově aktivní látka“. International Journal of Systematic Bacteriology. 48 Pt 2: 339–48. doi:10.1099/00207713-48-2-339. PMID  9731272.
  3. ^ Lai Q, Wang L, Liu Y, Fu Y, Zhong H, Wang B, Chen L, Wang J, Sun F, Shao Z (červen 2011). „Alcanivorax pacificus sp. Nov., Izolovaný z hlubinného konsorcia degradujícího pyren“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 61 (Pt 6): 1370–4. doi:10.1099 / ijs.0.022368-0. PMID  20584816.
  4. ^ Lai Q, Shao Z (prosinec 2012). "Sekvence genomu bakterie degradující alkany, kmen Al11ivivax pacificus typu W11-5, izolovaný z hlubinného sedimentu". Journal of Bacteriology. 194 (24): 6936. doi:10.1128 / JB.01845-12. PMC  3510602. PMID  23209202.
  5. ^ A b C d E F Lai, Qiliang; Shao, Zongze (2012-12-15). „Genome Sequence of the Alkane-Degrading Bacterium, Alcanivorax pacificus Type Strain W11-5, Isolated from Deep Sea Sediment“. Journal of Bacteriology. 194 (24): 6936–6936. doi:10.1128 / JB.01845-12. ISSN  0021-9193. PMC  3510602. PMID  23209202.
  6. ^ Stackenbrandt E, Goebel BM (1994). „Taxonomická poznámka: Místo pro reasociaci DNA-DNA a analýzu sekvence 16S rRNA v současné definici druhů v bakteriologii“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 44 (4): 846–849. doi:10.1099/00207713-44-4-846.

Další čtení

externí odkazy