ARMCX5 - ARMCX5
ARMCX5 je pásovec opakovat –Obsahující protein který je kódován X-vázaný Gen ARMCX5. Je zachována pouze v Eutheria,[1] specifická skupina placentálních savců, ale v evoluční době už ne. ARMCX5 obsahuje 3 opakování podobné ARM, DUF364 a fold typu ARM.[2]
Funkce
| Přístupové číslo | NC_0002.10 |
|---|---|
| Aliasy | FLJ12969, FLJ13382 a RP4-769N13.3 |
| Chromozomální umístění | Xq22.1-q22.3 |
| Velikost genu | 4991 párů bází |
| velikost mRNA | 2924 párů bází |
| Velikost bílkovin | 588 aminokyselin |
Varianty spojení
ARMCX5 má 6 variant spoje.
| Varianta izoformy / přepisu spoje | délka sekvence mRNA | Přístupové číslo |
|---|---|---|
| 1 | 2924 | NM_001168479.1 |
| 2 | 2695 | NM_022838.3 |
| 3 | 2808 | NM_001168478.1 |
| 4 | 2918 | NM_001168480.1 |
| 5 | 2805 | NM_001168485.1 |
| 6 | 2707 | NM_001168482.1 |
ORTOLOGY
ARMCX5 má deset ortologů.
| Název rodu orthologu | Běžné jméno | Přístupové číslo | Sekvenční délka | Sekvenční identita | Sekvenční podobnost |
|---|---|---|---|---|---|
| Pongo abelli | Orangatuan | XP_002831961.1 | 547 | 97.1% | 99% |
| Macaca mulata | Rhesus opice | EHH30927.1 | 558 | 95.3% | 97% |
| Macaca fascicularis | Krabí jíst makak | EHH61076.1 | 558 | 95% | 97% |
| Callithrix Jacchus | Společný kosman | XP_002763850.1 | 568 | 89.4% | 93% |
| Equus caballus | Kůň | NC009175.2 | 609 | 80% | 85% |
| Canis lupus familiaris | Pes | XP_538116.2 | 608 | 79% | 85% |
| Sus scrofa | Společné prase | XP_003135327.2 | 732 | 78% | 85% |
| Oryctolagus cuniculus | Obyčejný králík | XP_00272091.1 | 547 | 76.8% | 85% |
| Ratus norvegicus | Krysa obecná | XP_001499348.2 | 567 | 61.1% | 76% |
| Mus musculus | Myš | NP_001009575.2 | 606 | 57% | 71% |
Paralogy
ARMCX5 má 8 paralogy seřazeno podle genetických karet: GPRASP2, ARMCX1, BHLHB9, ARMCX2, GPRASP1, ARMCX6, ARMCX10, a ARMCX3.[2]
Funkce
Proteiny obsahující tuto doménu ARMCX5 interagují s řadou dalších proteinů. Prostřednictvím těchto interakcí se účastní celé řady procesů včetně karcinogeneze, kontroly buněčného stárnutí a přežití, regulace cirkadiánního rytmu a lysozomálního třídění receptorů spojených s G-proteinem.[2]
Vzhledem k tomu, že DUF364 obsahuje záhyb podobný TRP závislý na PLP, genomický kontext naznačuje, že může hrát roli v biosyntéze anaerobního vitaminu B12.[5]
Výraz
ARMCX5 je vysoce všudypřítomně exprimovaný gen, který prokázal expresi v mnoha tkáních.
| Body Site | Přepisy na milion | Gene EST / Total EST in pool |
|---|---|---|
| Mozek | 25 | 28/1092524 |
| Kostní dřeň | 82 | 4/48711 |
| Ústa | 60 | 4/66139 |
| Cévní | 58 | 3/51637 |
| Slezina | 56 | 3/53365 |
| Prsní žláza | 52 | 8/151228 |
| Jícen | 49 | 1/20152 |
| Hrtan | 42 | 1/23489 |
| Průdušnice | 38 | 2/51769 |
| Sval | 37 | 4/106323 |
| Testy | 33 | 11/327305 |
Reference
- ^ „BLAT“. UCSC genomová bioinformatika.
- ^ A b C „ARMCX5“. Genové karty.
- ^ A b "NCBI - nukleotid".
- ^ "NCBI BLAST".
- ^ "NCBI-protein".
- ^ "Profily NCBI-EST".