UCbase - UCbase

UCbase 2.0
Database.png
Obsah
Popisultrakonzervované sekvence databáze.
OrganismyHomo sapiens
Mus musculus
Rattus norvegicus
Kontakt
Výzkumné centrumOhio State University
LaboratořProfesor Carlo M. Croce, MD
AutořiProfesor Cristian Taccioli, Ph.D.
Primární citaceTaccioli, C. a kol. (2014)[1]
Datum vydání2014
Přístup
webová stránkahttp://ucbase.unimore.it
Smíšený
Uvolnění dat
frekvence		6 měsíců

UCbase je databáze ultrakonzervované sekvence (UCR nebo UCE), které poprvé popsal Bejerano, G. a kol.[2] v roce 2004. Jedná se o vysoce konzervované oblasti genomu, které sdílejí 100% identitu mezi člověkem, myší a potkanem. UCR jsou 481 sekvence delší než 200 bází. Často se nacházejí v genomových oblastech podílejících se na rakovině, odlišně exprimovaných v lidských leukémiích a karcinomech a v některých případech regulovaných mikroRNA.[3] První vydání UCbase publikovali Taccioli, C. a kol. v roce 2009.[4] Nedávné aktualizace zahrnují novou anotaci založenou na lidském genomu hg19, informace o poruchách souvisejících se souřadnicemi chromozomu pomocí SNOMED CT klasifikace, dotazovací nástroj pro vyhledávání SNP a nové textové pole pro přímý dotaz na databázi pomocí rozhraní MySQL. Nástroj pro srovnání sekvencí navíc umožňuje vědcům porovnat vybrané sekvence s ultrakonzervovanými prvky umístěnými v genomových oblastech zapojených do specifických poruch. Pro usnadnění interaktivní vizuální interpretace chromozomálních souřadnic UCR implementovali autoři funkci vizualizace grafu UCbase, která vytváří odkaz na prohlížeč genomu UCSC. UCbase 2.0 již neposkytuje informace o mikroRNA (miRNA) se zaměřením pouze na UCR. Oficiální vydání UCbase 2.0 bylo zveřejněno v roce 2014[1] a je přístupný na http://ucbase.unimore.it

Viz také

Reference

  1. ^ A b Lomonaco, Vincenzo; Martoglia R; Mandreoli F; Anderlucci L; Emmett W; Bicciato S; Taccioli C. (leden 2009). „UCbase 2.0: ultrakonzervovaná databáze sekvencí (aktualizace 2014)“. Databáze. 2014: bau062. doi:10.1093 / databáze / bau062. PMC  4064129. PMID  24951797.
  2. ^ Bejerano, Gill; Bažant M; Makunin I; Stephen S; Kent WJ; Mattick JS; Haussler D. (květen 2004). "Ultrakonzervované prvky v lidském genomu". Věda. 304 (5675): 1321–5. Bibcode:2004Sci ... 304.1321B. CiteSeerX  10.1.1.380.9305. doi:10.1126 / science.1098119. PMID  15131266.
  3. ^ Calin GA, Liu CG, Ferracin M, Hyslop T, Spizzo R, Sevignani C, Fabbri M, Cimmino A, Lee EJ, Wojcik SE, Shimizu M, Tili E, Rossi S, Taccioli C, Pichiorri F, Liu X, Zupo S , Herlea V, Gramantieri L, Lanza G, Alder H, Rassenti L, Volinia S, Schmittgen TD, Kipps TJ, Negrini M, Croce CM (září 2007). „Ultrakonzervované oblasti kódující ncRNA jsou u lidských leukémií a karcinomů pozměněny“. Rakovinová buňka. 12 (3): 215–29. doi:10.1016 / j.ccr.2007.07.027. PMID  17785203.
  4. ^ Taccioli C, Fabbri E, Visone R, Volinia S, Calin GA, Fong LY, Gambari R, Bottoni A, Acunzo M, Hagan J, Iorio MV, Piovan C, Romano G, Croce CM (leden 2009). „UCbase & miRfunc: databáze ultrakonzervovaných sekvencí a funkce microRNA“. Nucleic Acids Res. 37 (Problém s databází): D41–8. doi:10.1093 / nar / gkn702. PMC  2686429. PMID  18945703.

externí odkazy