Databáze vazebných stránek transkripčního faktoru - Transcription factor binding site databases

Identifikace genomová regulace prvky je nezbytné pro pochopení dynamiky vývojových, fyziologických a patologických procesů. Poslední pokrok v roce imunoprecipitace chromatinu následované sekvenováním (ChIP-sekv ) poskytly účinné způsoby, jak identifikovat profilování genomu v celém genomu Proteiny vázající DNA a histon modifikace.[1][2] Aplikace metod ChIP-seq spolehlivě objevila vazebná místa transkripčního faktoru a místa modifikace histonu.

Databáze vazebných stránek transkripčního faktoru

Komplexní seznam databází vazebných míst transkripčních faktorů (TFBS) na základě dat ChIP-seq takto:

názevPopistypOdkazReference
ChIPBaseChIPBase databáze pro Místa vázající transkripční faktor, motivy (~ 1290 transkripčních faktorů) a dekódování transkripční regulace LncRNA, miRNA a geny kódující proteiny z ~ 10 200 upravených špičkových datových souborů odvozených z metod ChIP-seq u 10 druhůdatabázewebová stránka[3]
ChEAregulace transkripčního faktoru odvozená z integrace experimentů ChIP-X v celém genomu.databázewebová stránka[4]
CIS-BPsoubor modelů vazebných míst transkripčních faktorů odvozených z vazebných domén.databázewebová stránka[5]
CistromeMapznalostní databáze a webový server pro ChIP-Seq a DNase-Seq studie na myších a lidech.databázewebová stránka[6]
CTCFBSDBdatabáze pro CTCF vazebná místa a organizace genomudatabázewebová stránka[7]
Factorbookdatabáze založená na Wiki pro data vázání transkripčních faktorů generovaná ZAKÓDOVAT konsorcium.databázewebová stránka[8]
hmChIPdatabáze a webový server pro prozkoumání veřejně dostupných dat ChIP-seq a ChIP čipů pro člověka a myši.databázewebová stránka[9]
HOCOMOCOkomplexní sbírka modelů vazebných míst transkripčních faktorů člověka a myší.databázewebová stránka[10]
JASPARDatabáze JASPAR CORE obsahuje kurátorskou, neredundantní sadu profilů odvozenou z publikovaných kolekcí experimentálně definovaných vazebných míst transkripčních faktorů pro eukaryota.databázewebová stránka[11][12]
MethMotifIntegrativní buněčně specifická databáze motivů vázajících transkripční faktory spojená s profily methylace DNA.databázewebová stránka[13]
SwissRegulondatabáze anomací regulačních stránek v celém genomu.databázewebová stránka[14]

Reference

  1. ^ Park, Peter J. (1. října 2009). „ChIP – seq: výhody a výzvy technologie dozrávání“. Genetika hodnocení přírody. 10 (10): 669–680. doi:10.1038 / nrg2641. ISSN  1471-0056. PMC  3191340. PMID  19736561.
  2. ^ Farnham, Peggy J. (1. září 2009). „Pohledy z genomového profilování transkripčních faktorů“. Genetika hodnocení přírody. 10 (9): 605–616. doi:10.1038 / nrg2636. ISSN  1471-0056. PMC  2846386. PMID  19668247.
  3. ^ Yang, Jian-Hua; Li, Jun-Hao; Jiang, Shan; Zhou, Hui; Qu, Liang-Hu (1. ledna 2013). „ChIPBase: databáze pro dekódování transkripční regulace dlouhých nekódujících genů RNA a microRNA z dat ChIP-Seq“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D177–187. doi:10.1093 / nar / gks1060. ISSN  1362-4962. PMC  3531181. PMID  23161675.
  4. ^ Lachmann, Alexander; Xu, Huilei; Krishnan, Jayanth; Berger, Seth I .; Mazloom, Amin R .; Ma'ayan, Avi (1. října 2010). „ChEA: regulace transkripčního faktoru odvozena z integrace experimentů ChIP-X v celém genomu“. Bioinformatika. 26 (19): 2438–2444. doi:10.1093 / bioinformatika / btq466. ISSN  1367-4811. PMC  2944209. PMID  20709693.
  5. ^ Weirauch, M. T .; Yang, A .; Albu, M .; Cote, A. G .; Montenegro-Montero, A .; Drewe, P .; Najafabadi, H. S .; Lambert, S. A .; Mann, I .; Cook, K .; Zheng, H .; Goity, A .; Van Bakel, H .; Lozano, J. C .; Galli, M .; Lewsey, M. G .; Huang, E .; Mukherjee, T .; Chen, X .; Reece-Hoyes, J. S .; Govindarajan, S .; Shaulsky, G .; Walhout AJM; Bouget, F. Y .; Ratsch, G .; Larrondo, L. F .; Ecker, J. R .; Hughes, T. R. (2014). "Stanovení a odvození specifičnosti sekvence eukaryotického transkripčního faktoru". Buňka. 158 (6): 1431–1443. doi:10.1016 / j.cell.2014.08.009. PMC  4163041. PMID  25215497.
  6. ^ Qin, Bo; Zhou, Meng; Ge, Ying; Taing, Len; Liu, Tao; Wang, Qian; Wang, Su; Chen, Junsheng; Shen, Lingling; Duan, Xikun; Hu, Sheng'en; Li, Wei; Long, Henry; Zhang, Yong; Liu, X. Shirley (15. května 2012). „CistromeMap: znalostní databáze a webový server pro studie ChIP-Seq a DNase-Seq u myší a lidí“. Bioinformatika. 28 (10): 1411–1412. doi:10.1093 / bioinformatika / bts157. ISSN  1367-4811. PMC  3348563. PMID  22495751.
  7. ^ Ziebarth, Jesse D .; Bhattacharya, Anindya; Cui, Yan (1. ledna 2013). „CTCFBSDB 2.0: databáze pro vazebná místa pro CTCF a organizaci genomu“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D188–194. doi:10.1093 / nar / gks1165. ISSN  1362-4962. PMC  3531215. PMID  23193294.
  8. ^ Wang, Jie; Zhuang, Jiali; Iyer, Sowmya; Lin, Xin-Ying; Greven, Melissa C .; Kim, Bong-Hyun; Moore, Jill; Pierce, Brian G .; Dong, Xianjun; Virgil, Daniel; Birney, Ewan; Hung, Jui-Hung; Weng, Zhiping (1. ledna 2013). „Factorbook.org: databáze založená na Wiki pro data transkripce vázající faktor generovaná konsorciem ENCODE“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D171–176. doi:10.1093 / nar / gks1221. ISSN  1362-4962. PMC  3531197. PMID  23203885.
  9. ^ Chen, Li; Wu, George; Ji, Hongkai (15. května 2011). „hmChIP: databáze a webový server pro zkoumání veřejně dostupných dat ChIP-seq a ChIP-čipů pro člověka a myši“. Bioinformatika. 27 (10): 1447–1448. doi:10.1093 / bioinformatika / btr156. ISSN  1367-4811. PMC  3087956. PMID  21450710.
  10. ^ Kulakovskij, Ivan V .; Vorontsov, Ilya E .; Yevshin, Ivan S .; Soboleva, Anastasiia V .; Kasianov, Artem S .; Ashoor, Haitham; Ba-Alawi, Wail; Bajic, Vladimir B .; Medvedeva, Yulia A .; Kolpakov, Fedor A .; Makeev, Vsevolod J. (4. ledna 2016). „HOCOMOCO: expanze a vylepšení kolekce modelů vazebných míst transkripčních faktorů“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (D1): D116–125. doi:10.1093 / nar / gkv1249. ISSN  1362-4962. PMC  4702883. PMID  26586801.
  11. ^ Sandelin, A; Alkema, W; Engström, P; Wasserman, WW; Lenhard, B (1. ledna 2004). „JASPAR: databáze s otevřeným přístupem pro profily vázání eukaryotických transkripčních faktorů“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (Problém s databází): D91–4. doi:10.1093 / nar / gkh012. PMC  308747. PMID  14681366.
  12. ^ Khan, Aziz; Fornes, Oriol; Stigliani, Arnaud; Gheorghe, Marius; Castro-Mondragon, Jaime A .; van der Lee, Robin; Bessy, Adrien; Chèneby, Jeanne; Kulkarni, Shubhada R .; Tan, Ge; Baranasic, Damir; Arenillas, David J .; Sandelin, Albin; Vandepoele, Klaas; Lenhard, Boris; Ballester, Benoît; Wasserman, Wyeth W .; Parcy, François; Mathelier, Anthony (13. listopadu 2017). „JASPAR 2018: update of the open-access database of transcription factor binding profiles and its web framework“. Výzkum nukleových kyselin. 46 (D1): D260 – D266. doi:10.1093 / nar / gkx1126. PMC  5753243. PMID  29140473.
  13. ^ Lin, Quy Xiao Xuan; Sian, Stephanie; An, Omer; Thieffry, Denis; Jha, Sudhakar; Benoukraf, Touati (31. října 2018). „MethMotif: integrativní buněčně specifická databáze motivů vázajících transkripční faktory spojená s profily methylace DNA“. Výzkum nukleových kyselin. 47 (D1): D145 – D154. doi:10.1093 / nar / gky1005. PMC  6323897. PMID  30380113.
  14. ^ Pachkov, Michail; Balwierz, Piotr J .; Arnold, Phil; Ozonov, Evgeniy; van Nimwegen, Erik (1. ledna 2013). „SwissRegulon, databáze anotací regulačních webů v celém genomu: nedávné aktualizace“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D214–220. doi:10.1093 / nar / gks1145. ISSN  1362-4962. PMC  3531101. PMID  23180783.