Skóre modelování šablony - Template modeling score

v bioinformatika, skóre modelování šablony nebo TM-skóre je měřítkem podobnosti mezi dvěma proteinové struktury s různými terciární struktury. TM-skóre je zamýšleno jako přesnější měřítko kvality proteinových struktur plné délky než často používané RMSD opatření. Skóre TM označuje rozdíl mezi dvěma strukturami o skóre mezi ${ displaystyle (0,1]}$, kde 1 označuje dokonalou shodu mezi dvěma strukturami (čím vyšší, tím lepší).^[1] Obecně skóre pod 0,20 odpovídá náhodně vybraným nepříbuzným proteinům, zatímco struktury se skóre vyšším než 0,5 předpokládají zhruba stejný násobek.^[2] Kvantitativní studie ^[3]ukazuje, že proteiny TM-skóre = 0,5 mají a zadní pravděpodobnost 37% ve stejné výši KOCOUR rodina topologie a 13% ve stejné SCOP skládací rodina. Pravděpodobnosti se rychle zvyšují, když TM-skóre> 0,5. TM-skóre je navrženo tak, aby bylo nezávislé na délkách proteinů. Algoritmus globálního testu vzdálenosti (GDT) a jeho skóre GDT TS, které představuje „celkové skóre“, je dalším měřítkem podobnosti mezi dvěma proteinové struktury se známými korespondencemi aminokyselin (např. identické aminokyselinové sekvence ) ale jiné terciární struktury.^[4]

Rovnice

${ displaystyle { text {TM-score}} = max left [{ frac {1} {L _ { text {target}}}} sum _ {i} ^ {L _ { text {zarovnáno} }} { frac {1} {1+ left ({ frac {d_ {i}} {d_ {0} (L _ { text {target}})}} right) ^ {2}}} že jo]}$

kde ${ displaystyle L _ { text {target}}}$ a ${ displaystyle L _ { text {zarovnáno}}}$ jsou délky aminokyselinových sekvencí cílového proteinu a zarovnané oblasti. ${ displaystyle d_ {i}}$ je vzdálenost mezi ${ displaystyle i}$th pár zbytků a

${ displaystyle d_ {0} (L _ { text {target}}) = 1,24 { sqrt [{3}] {L _ { text {target}} - 15}} - 1,8}$

je stupnice vzdálenosti, která normalizuje vzdálenosti.

Viz také

• RMSD - jiné měřítko srovnání struktury
• GDT - jiné měřítko srovnání struktury
• Nejdelší souvislý segment (LCS) - Odlišné opatření pro srovnání struktury
• Globální výpočet vzdálenosti (GDC_sc, GDC_all) - Opatření pro srovnání struktury, která k posouzení podobnosti používají informace o celém modelu (nejen α-uhlík)
• Místní globální zarovnání (LGA) - Program pro srovnání struktury proteinů a opatření pro srovnání struktury

Reference

externí odkazy

• TM-score webový server - výzkumnou skupinou Yang Zhang. Vypočítá TM-skóre a dodá zdrojový kód.
• Popis GDT a LGA služby a dokumentace o srovnávání struktur a opatřeních podobnosti.