Sphingomonadaceae - Sphingomonadaceae - Wikipedia

Sphingomonadaceae
Kultura
A kultura z Sphingomonas phyllosphaerae
Vědecká klasifikace E
Doména:Bakterie
Kmen:Proteobakterie
Třída:Alphaproteobacteria
Objednat:Sphingomonadales
Rodina:Sphingomonadaceae
Kosako et al. 2000
Rody[1]

Sphingomonadaceae plocha gramnegativní bakterie Jsem rodina Alphaproteobacteria. Důležitou vlastností je přítomnost sfingolipidy (hlavně 2'hydroxymyristol dihydrosphingosin 1-glukuronová kyselina, "SGL-1") ve vnější membráně buněčné stěny.[2][3] Buňky jsou vejčité nebo tyčkovité. Ostatní jsou také pleomorfní, tj. buňky v průběhu času mění tvar. Některé druhy z čeledi Sphingomonadaceae jsou dominantními složkami biofilmů.[4][5][6]

Pododdělení

Existuje osmnáct rodů Sphingomonadaceae: Aestuariisphingobium, Allosphingosinicella, Aquisediminimonas, Blastomonas, Chakrabartia, Hefaestie, Novosphingopyxis, Parablastomonas, Parasphingopyxis, Rhizorhabdus, Rhizorhapis, Sfingobium, Sphingomicrobium, Sfingomonas, Sfingopyxis, Sphingorhabdus, Sphingosinithalassobacter a Stakelama.[7]

Zdroj energie

Zatímco většina druhů v rodině Sphingomonadaceae je heterotrofní,[8] někteří jsou fototrofní.

Funkce

Je známo, že některé druhy Sphingomonadaceae některé degradují aromatické sloučeniny. Díky tomu jsou bakterie, které nás zajímají sanace životního prostředí.[9]

Rozmanitá metabolická kapacita rodů v rámci Sphingomonadaceae rodina, jako např Sfingobium, Novosphingobium, a Sfingopyxis umožnit těmto rodům přizpůsobit se a být v přítomnosti hojné Bisfenol A. Mikrobiální komunita s hojným výskytem Sphingomonadaceae členové mohou degradovat Bisfenol A s konstantní rychlostí.[10]

Sphingomonas rod Sphingomonadaceae jsou schopni produkovat sfingany, jakési exopolysacharidy s jistotou viskozita. Tato vlastnost sfinganů je užitečná v mnoha průmyslových odvětvích, včetně potravinářského a farmaceutického.[11][8]

The Zymomonas rody z čeledi Sphingomonadaceae jsou fakultativně anaerobní, ethanologenické a fermentativní.[12] Zymomonas mobilis Bylo zjištěno, že jsou účinnější při trávení glukózy a produkci ethanolu ve srovnání s Saccharomyces cerevisiae,[13] druh kvasinek, který se používá ve fermentačním a potravinářském průmyslu.[14] Zatímco jeho vlastnosti, jako je vysoká rychlost kvašení ethanolu, vysoká tolerance ethanolu a široká tolerance pH, činí ze Zymomonas v některých průmyslových odvětvích fermentační činidlo[15][12] může také způsobit znehodnocení piva a jablečného moštu.[15] Výroba Sirovodík a Acetaldehyd ze Zymomonas zvyšují zákal a mohou v pivu produkovat nechutný zápach.[15][16]

Rozdělení

Bakterie v rodině Sphingomonadaceae jsou distribuovány v různých prostředích, jako je voda,[5] půda,[17][18] usazenina.[8][19]

Interakce s člověkem a rostlinami

Někteří členové rodiny Sphingomonadaceae běžně existují v prostředích ovlivněných člověkem, včetně systémů pitné vody,[20][5] nemocniční a domácí voda z vodovodu,[21] a zdravotnické prostředky.[22][23][24]

O většině druhů z čeledi Sphingomonadaceae není známo, že by byly škodlivé pro člověka nebo rostliny.[8] Některé druhy mohou chránit rostliny před choroboplodnými patogeny, jako jsou Thielaviopsis basicola, a Rhizoctonia solani AG2-2IIIB.[8][18][17][25]

The Sfingomonas a Sfingobium rody bývají vyšší odolnost proti antibiotikům ve srovnání se třemi dalšími rody z čeledi Sphingomonadaceae: Novosphingobium, Sfingopyxis, a Blastomonas.[5] 

Reference

  1. ^ "Sphingomonadaceae". Taxonomie NCBI. Bethesda, MD: Národní centrum pro biotechnologické informace. Citováno 13. května 2019.
  2. ^ Garrity GM, Brenner DJ, Krieg NR, Staley JR, eds. (2005). Bergeyho příručka systematické bakteriologie. Dvě Proteobakterie, Část C: Alfa-, Beta-, Delta- a Epsilonproteobakterie. New York, New York: Springer. ISBN  978-0-387-24145-6.
  3. ^ Ikushiro H, Islam MM, Tojo H, Hayashi H (srpen 2007). „Molekulární charakterizace rozpustných serinových palmitoyltransferáz spojených s membránou ze Sphingobacterium multivorum a Bdellovibrio stolpii“. Journal of Bacteriology. 189 (15): 5749–61. doi:10.1128 / JB.00194-07. PMC  1951810. PMID  17557831.
  4. ^ de Vries HJ, Beyer F, Jarzembowska M, Lipińska J, van den Brink P, Zwijnenburg A, et al. (2019-01-25). „Sphingomonadaceae z faulovaných membrán“. NPJ biofilmy a mikrobiomy. 5 (1): 6. doi:10.1038 / s41522-018-0074-1. PMC  6347639. PMID  30701078.
  5. ^ A b C d Vaz-Moreira I, Nunes OC, Manaia CM (srpen 2011). „Rozmanitost a odolnost vůči antibiotikům u izolátů Sphingomonadaceae z pitné vody“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 77 (16): 5697–706. doi:10.1128 / AEM.00579-11. PMC  3165245. PMID  21705522.
  6. ^ Li L, Jeon Y, Lee SH, Ryu H, Santo Domingo JW, Seo Y (červenec 2019). „Dynamika fyziochemických a společenských struktur biofilmů pod vlivem organických látek řas a huminových látek“. Vodní výzkum. 158: 136–145. doi:10.1016 / j.watres.2019.04.014. PMC  6563348. PMID  31026675.
  7. ^ "LPSN - Seznam prokaryotických jmen se stálým názvoslovím".
  8. ^ A b C d E Glaeser SP, Kämpfer P (2014). „Čeleď Sphingomonadaceae“. In Rosenberg E, DeLong EF, Lory S, Stackebrandt E (eds.). Prokaryotes. Prokaryoty: Alphaproteobacteria a betaproteobacteria. Berlín, Heidelberg: Springer. 641–707. doi:10.1007/978-3-642-30197-1_302. ISBN  978-3-642-30197-1.
  9. ^ Balkwill DL, Fredrickson JK, Romine MR (12. října 2006). "Sphingomonas a příbuzné rody". Prokaryotes, Příručka biologie bakterií. Svazek 7: Proteobakterie: podtřídy Delta a Epsilon. Hluboce zakořeněné bakterie. ISBN  978-0-387-33493-6.
  10. ^ Oh S, Choi D (duben 2019). „Mikrobiální komunita zvyšuje biologický rozklad bisfenolu A výběrem sfingomonadaceae“. Mikrobiální ekologie. 77 (3): 631–639. doi:10.1007 / s00248-018-1263-4. PMID  30251120. S2CID  52811122.
  11. ^ Li H, Jiao X, Sun Y, Sun S, Feng Z, Zhou W, Zhu H (listopad 2016). „Příprava a charakterizace nového sfinganu WL z mořských Sphingomonas sp. WG“. Vědecké zprávy. 6 (1): 37899. Bibcode:2016NatSR ... 637899L. doi:10.1038 / srep37899. PMC  5121650. PMID  27883073.
  12. ^ A b Yang S, Fei Q, Zhang Y, Contreras LM, Utturkar SM, Brown SD a kol. (Listopad 2016). „Zymomonas mobilis jako modelový systém pro výrobu biopaliv a biochemikálií“. Mikrobiální biotechnologie. 9 (6): 699–717. doi:10.1111/1751-7915.12408. PMC  5072187. PMID  27629544.
  13. ^ Conway T (září 1992). „Cesta Entner-Doudoroff: historie, fyziologie a molekulární biologie“. Recenze mikrobiologie FEMS. 9 (1): 1–27. doi:10.1111 / j.1574-6968.1992.tb05822.x. PMID  1389313.
  14. ^ Pérez-Torrado R, Querol A (2016). „Oportunistické kmeny Saccharomyces cerevisiae: Potenciální riziko prodávané v potravinářských výrobcích“. Hranice v mikrobiologii. 6: 1522. doi:10.3389 / fmicb.2015.01522. PMC  4705302. PMID  26779173.
  15. ^ A b C Yanase H (01.01.2014). „Zymomonas“. V Batt CA, Tortorello ML (eds.). Encyclopedia of Food Microbiology. Encyclopedia of Food Microbiology (druhé vydání). Oxford: Academic Press. str. 856–863. doi:10.1016 / b978-0-12-384730-0.00365-7. ISBN  978-0-12-384733-1.
  16. ^ Harrison MA (01.01.2009). „Pivo / Pivovarnictví“. V Schaechter M (ed.). Encyklopedie mikrobiologie (Třetí vydání.). Oxford: Academic Press. 23–33. doi:10.1016 / b978-012373944-5.00117-6. ISBN  978-0-12-373944-5. Chybějící nebo prázdný | název = (Pomoc)
  17. ^ A b Kyselková M, Almario J, Kopecký J, Ságová-Marečková M, Haurat J, Muller D a kol. (Srpen 2014). „Hodnocení rhizobakteriálních indikátorů potlačování hniloby tabákových černých kořenů v polích zemědělců“. Zprávy o mikrobiologii životního prostředí. 6 (4): 346–53. doi:10.1111/1758-2229.12131. PMID  24992533.
  18. ^ A b Gómez Expósito R, de Bruijn I, Postma J, Raaijmakers JM (18. 12. 2017). „Aktuální poznatky o roli bakterií rhizosféry v půdách potlačujících nemoci“. Hranice v mikrobiologii. 8: 2529. doi:10.3389 / fmicb.2017.02529. PMC  5741648. PMID  29326674.
  19. ^ Jin L, Ko SR, Jin CZ, Jin FJ, Li T, Ahn CY, Oh HM, Lee HG (2019-08-01). „Popis nových členů čeledi Sphingomonadaceae: Aquisediminimonas profunda gen. Nov., Sp. Nov. A Aquisediminimonas sediminicola sp. Nov., Izolované ze sladkovodního sedimentu“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 69 (8): 2179–2186. doi:10.1099 / ijsem.0.003347. PMID  31204973.
  20. ^ Li D, Li Z, Yu J, Cao N, Liu R, Yang M (listopad 2010). „Charakterizace struktury bakteriálních komunit v systému distribuce pitné vody při výskytu červené vody“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 76 (21): 7171–80. doi:10.1128 / AEM.00832-10. PMC  2976220. PMID  20851995.
  21. ^ Narciso-da-Rocha C, Vaz-Moreira I, Manaia CM (leden 2014). „Genotypová rozmanitost a odolnost vůči antibiotikům u Sphingomonadaceae izolovaných z nemocniční vody z vodovodu“. Věda o celkovém prostředí. 466-467: 127–35. Bibcode:2014ScTEn.466..127N. doi:10.1016 / j.scitotenv.2013.06.109. PMID  23892027.
  22. ^ Soto-Giron MJ, Rodriguez-R LM, Luo C, Elk M, Ryu H, Hoelle J a kol. (Květen 2016). Besser TE (ed.). „Biofilmy na nemocničních sprchových hadicích: charakteristika a důsledky pro nozokomiální infekce“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 82 (9): 2872–2883. doi:10.1128 / AEM.03529-15. PMC  4836434. PMID  26969701.
  23. ^ Poza M, Gayoso C, Gómez MJ, Rumbo-Feal S, Tomás M, Aranda J a kol. (2012-08-29). „Zkoumání bakteriální rozmanitosti v nemocničním prostředí pomocí GS-FLX titanového pyrosekvenování“. PLOS ONE. 7 (8): e44105. Bibcode:2012PLoSO ... 744105P. doi:10.1371 / journal.pone.0044105. PMC  3430676. PMID  22952889.
  24. ^ Meric M, Willke A, Kolayli F, Yavuz S, Vahaboglu H (březen 2009). „Vodou přenosná epidemie Sphingomonas paucimobilis na jednotce intenzivní péče“. The Journal of Infection. 58 (3): 253–5. doi:10.1016 / j.jinf.2009.01.007. PMID  19232740.
  25. ^ Chapelle E, Mendes R, Bakker PA, Raaijmakers JM (leden 2016). „Plísňová invaze mikrobiomu rhizosféry“. Časopis ISME. 10 (1): 265–8. doi:10.1038 / ismej.2015.82. PMC  4681858. PMID  26023875.