Shiladitya DasSarma - Shiladitya DasSarma

Shiladitya DasSarma
narozený1957
Kalkata, Indie
NárodnostAmeričan (naturalizovaný)
Alma materIndiana University (BS )
Massachusetts Institute of Technology (PhD )
Známý jakoŽivot v extrémních prostředích, halofili, Archaea, astrobiologie

Shiladitya DasSarma (narozen 1957) je molekulární biolog známý svými příspěvky do biologie halofilní a extremofilní mikroorganismy.[1][2] Je profesorem na University of Maryland Baltimore. Získal titul PhD v oboru biochemie od Massachusetts Institute of Technology a titul BS v chemii z Indiana University Bloomington. Před nástupem na fakultní pozici provedl výzkum na Massachusetts General Hospital, Harvardská lékařská škola, a Pasteurův institut, Paříž.

DasSarma sloužil na fakultě University of Massachusetts Amherst (1986-2001), Biotechnologický institut University of Maryland (2001-2010) a Lékařská fakulta University of Maryland, Institute of Marine and Environmental Technology (2010 – současnost). Je výzkumným pracovníkem a učitelem molekulární genetiky, genomika, a bioinformatika a mentor vysokoškolských, postgraduálních a postdoktorských studentů a juniorské fakulty. Je všeobecně známo, že se zasloužil o založení oborů halofil[3] a extremofilní výzkum.

Výzkum

Halofili

Na počátku 80. let objevil mobilní genetické prvky v halofilní Archaei,[4][5] zatímco postgraduální student s H. Gobind Khorana (Laureát Nobelovy ceny) a Uttam L. RajBhandary na MIT. Ukázal také, že transkripční promotory v Archeai[6] se lišily od běžných bakterií, což přispělo k přijetí tří doménových pohledů na evoluci, které navrhl Carl Woese.

V 90. letech organizoval a vedl tým, který dešifroval první genomovou sekvenci a genetický kód halofilního mikroba, Halobacterium sp. NRC-1.[7][8][9] Tato práce ukázala, že její proteiny jsou vysoce kyselé, což poskytuje pochopení toho, jak mohou proteiny fungovat za podmínek vysoké slanosti a nízké aktivity vody.[10][11][12] Sekvence genomu pomohla dále stanovit platnost Archeai[13] prostřednictvím zjištění podobností s vyššími eukaryotickými organismy a rozdílů od bakterií.

Později v 2000s, jeho práce také navrhl, že některé geny jsou získávány prostřednictvím horizontálních genových přenosů, jako jsou geny pro aerobní dýchání. Postgenomický výzkum v jeho laboratoři zavedl základní a podpisové proteiny halofilní Archaea,[14] a funkce mnoha genů a genetických prvků, včetně mnohonásobných počátků replikace,[15] obecné transkripční faktory,[16] a Oprava DNA systémy.[17][18]

Astrobiologie

Nedávný výzkum společnosti DasSarma (2010) týkající se antarktického halofilního mikroorganismu, Halorubrum lacusprofundi, vedlo k dalšímu zdokonalení v porozumění funkci proteinu v kombinaci vysoké slanosti a chladu.[19] Takové studie mohou vysvětlit, jak by se život mohl přizpůsobit novým prostředím, včetně mimozemského prostředí.[20]

DasSarma to navrhl sítnice pigmenty původně objevené v halofilní Archaei mohly předcházet chlorofyl pigmenty na počátku Země, pojmenované „Fialová Země „hypotéza.[2][21] Tento návrh poskytuje potenciální novinku biologický podpis pro dálkovou detekci života.

Biotechnologie

Laboratoř společnosti DasSarma pomohla při studiu nanočástic vznášejících se plynových vezikul (GVNP ) v Halobacterium sp. NRC-1 a vyvinul expresní systém pro bioinženýr GVNP pro biotechnologické aplikace.[22] Tyto nanočástice může představovat cennou platformu pro dodávání antigenu, vývoj vakcín a další biomedicínské a environmentální aplikace[23][24]

Reference

  1. ^ „Extrémní halofilové jsou modely pro astrobiologii“ (PDF). Mikrob. 2006.
  2. ^ A b "Extrémní mikroby» americký vědec ". www.americanscientist.org. Citováno 2016-07-11.
  3. ^ DasSarma, Shiladitya; DasSarma, Priya (01.01.2001). Halofili. John Wiley & Sons, Ltd. doi:10.1002 / 9780470015902.a0000394.pub3. ISBN  9780470015902.
  4. ^ Simsek, M .; DasSarma, S .; RajBhandary, U. L .; Khorana, H. G. (1982-12-01). "Transponovatelný prvek z Halobacterium halobium, který inaktivuje gen bakteriorhodopsinu". Sborník Národní akademie věd. 79 (23): 7268–7272. doi:10.1073 / pnas.79.23.7268. ISSN  0027-8424. PMC  347320. PMID  6296826.
  5. ^ DasSarma, S .; RajBhandary, U. L .; Khorana, H. G. (01.04.1983). „Vysokofrekvenční spontánní mutace v genu pro bakterio-opsin v Halobacterium halobium je zprostředkována transponovatelnými prvky“. Sborník Národní akademie věd. 80 (8): 2201–2205. doi:10.1073 / pnas.80.8.2201. ISSN  0027-8424. PMC  393786. PMID  6300900.
  6. ^ DasSarma, Shiladitya; RajBhandary, Uttam L .; Khorana, H. Gobind (01.01.1984). "Bacterio-opsinová mRNA u divokého typu a bakterio-opsin-deficientních kmenů Halobacterium halobium". Sborník Národní akademie věd. 81 (1): 125–129. doi:10.1073 / pnas.81.1.125. ISSN  0027-8424. PMC  344623. PMID  16593404.
  7. ^ Ng, WaiLap V .; Ciufo, Stacy A .; Smith, Todd M .; Bumgarner, Roger E .; Baskin, Dale; Faust, Janet; Hall, Barbara; Loretz, Carol; Seto, Jason (01.11.1998). „Snímek velkého dynamického replikonu v halofilním archaeonu: megaplasmid nebo minichromozom?“. Výzkum genomu. 8 (11): 1131–1141. doi:10.1101 / gr.8.11.1131. ISSN  1088-9051. PMID  9847077.
  8. ^ Ng, Wailap Victor; Kennedy, Sean P .; Mahairas, Gregory G .; Berquist, Brian; Pan, Min; Shukla, Hem Dutt; Lasky, Stephen R .; Baliga, Nitin S .; Thorsson, Vesteinn (2000-10-24). "Sekvence genomu Halobacterium species NRC-1". Sborník Národní akademie věd. 97 (22): 12176–12181. doi:10.1073 / pnas.190337797. ISSN  0027-8424. PMC  17314. PMID  11016950.
  9. ^ „NSF - OLPA - PR 00-69: Mezinárodní výzkumná skupina sekvenuje genom všudypřítomného mikrobu“. www.nsf.gov. Citováno 2016-07-11.
  10. ^ Kennedy, Sean P .; Ng, Wailap Victor; Salzberg, Steven L .; Hood, Leroy; DasSarma, Shiladitya (2001-10-01). „Porozumění adaptaci druhu Halobacterium NRC-1 na extrémní prostředí pomocí výpočetní analýzy sekvence genomu“. Výzkum genomu. 11 (10): 1641–1650. doi:10,1101 / gr. 190201. ISSN  1088-9051. PMC  311145. PMID  11591641.
  11. ^ Karan, Ram; Capes, Melinda D .; DasSarma, Shiladitya (01.01.2012). „Funkce a biotechnologie extremofilních enzymů při nízké aktivitě vody“. Vodní biosystémy. 8 (1): 4. doi:10.1186/2046-9063-8-4. ISSN  2046-9063. PMC  3310334. PMID  22480329.
  12. ^ DasSarma, Shiladitya; DasSarma, Priya (01.06.2015). „Halofily a jejich enzymy: dobré využití negativity“. Současný názor v mikrobiologii. Mikrobiologie životního prostředí • Extremophiles. 25: 120–126. doi:10.1016 / j.mib.2015.05.009. PMC  4729366. PMID  26066288.
  13. ^ DasSarma, S., J.A. Coker a P. DasSarma. 2010. Archaea - přehled. In Encyclopedia of Microbiology, 3. vydání, Academic Press, M. Schaechter (ed.), Str. 118-139.
  14. ^ Capes, Melinda D .; DasSarma, Priya; DasSarma, Shiladitya (01.01.2012). „Jádro a jedinečné proteiny haloarchaea“. BMC Genomics. 13: 39. doi:10.1186/1471-2164-13-39. ISSN  1471-2164. PMC  3287961. PMID  22272718.
  15. ^ Berquist, Brian R .; DasSarma, Shiladitya (2003-10-15). „Archaeal Chromosomal Autonomously Replicating Sequence Element from a Extreme Halophile, Halobacterium sp. Strain NRC-1“. Journal of Bacteriology. 185 (20): 5959–5966. doi:10.1128 / JB.185.20.5959-5966.2003. ISSN  0021-9193. PMC  225043. PMID  14526006.
  16. ^ Coker, James A .; DasSarma, Shiladitya (01.01.2007). „Genetická a transkriptomická analýza genů transkripčních faktorů v modelu halofilního Archaeonu: koordinované působení TbpD a TfbA“. Genetika BMC. 8: 61. doi:10.1186/1471-2156-8-61. ISSN  1471-2156. PMC  2121645. PMID  17892563.
  17. ^ Karan, R; DasSarma, P; Balcer-Kubiczek, E; Weng, RR; Liao, CC; Goodlett, DR; Ng, WV; Dassarma, S (2014). „Bioinženýrská radiorezistence nadprodukcí RPA, jednořetězcového proteinu vázajícího DNA savčího typu, v halofilním archeonu“. Aplikovaná mikrobiologie a biotechnologie. 98 (4): 1737–1747. doi:10.1007 / s00253-013-5368-x. PMC  4096848. PMID  24292079.
  18. ^ Weiss, Rick (2007-09-25). "'Superbugové mohou lidem prospět “. The Washington Post. ISSN  0190-8286. Citováno 2016-07-11.
  19. ^ DasSarma, Shiladitya; Capes, Melinda D .; Karan, Ram; DasSarma, Priya (11.03.2013). „Aminokyselinové substituce za studena adaptovaných proteinů z Halorubrum lacusprofundi, extrémně halofilního mikroba z Antarktidy“. PLOS ONE. 8 (3): e58587. doi:10.1371 / journal.pone.0058587. ISSN  1932-6203. PMC  3594186. PMID  23536799.
  20. ^ „BioTechniques - Antarctic Microbe's Survival Tricks Revealed“. www.biotechniques.com. Citováno 2016-07-11.
  21. ^ „Extremophiles and Mimozemský život“.
  22. ^ DasSarma, Shiladitya; Karan, Ram; DasSarma, Priya; Barnes, Susan; Ekulona, ​​Folasade; Smith, Barbara (01.01.2013). „Vylepšený genetický systém pro bioinženýrství vznášející se nanočástice plynových váčků z Haloarchaea“. BMC biotechnologie. 13: 112. doi:10.1186/1472-6750-13-112. ISSN  1472-6750. PMC  3878110. PMID  24359319.
  23. ^ DasSarma, P .; Negi, V. D .; Balakrishnan, A .; Kim, J.-M .; Karan, R .; Chakravortty, D .; DasSarma, S. (01.01.2015). „Procedia of the 8th Vaccine & ISV Congress, Philadelphia, USA, 2015 Haloarchaeal Gas Vesicle Nanoparticles displaying Salmonella Antigens as a Novel Approach to Vaccine Development“. Procedury ve vakcinologii. 9: 16–23. doi:10.1016 / j.provac.2015.05.003. PMC  4758358. PMID  26900411.
  24. ^ DasSarma, Shiladitya; DasSarma, Priya (07.09.2015). "Nanočástice plynových vezikul pro zobrazení antigenu". Vakcíny. 3 (3): 686–702. doi:10,3390 / vakcíny3030686. PMC  4586473. PMID  26350601.

externí odkazy