Program postupného zarovnávání struktury - Sequential structure alignment program - Wikipedia

The program sekvenčního vyrovnání struktury (SSAP) metoda používá double dynamické programování k vytvoření strukturálního vyrovnání založeného na atomu k atomu vektory v prostoru struktury.[1][2] Místo alfa atomů uhlíku, které se obvykle používají ve strukturálním uspořádání, konstruuje SSAP své vektory z beta uhlíky pro všechny zbytky kromě glycinu, metoda, která tedy bere v úvahu rotamerní stav každého zbytku a také jeho umístění podél páteře. SSAP funguje tak, že se nejprve zkonstruuje řada vektorů vzdálenosti mezi zbytky mezi každým zbytkem a jeho nejbližšími nesousedícími sousedy na každém proteinu. Poté se zkonstruuje řada matic obsahujících rozdíly vektorů mezi sousedy pro každou dvojici zbytků, pro které byly vektory konstruovány. Dynamické programování aplikované na každou výslednou matici určuje řadu optimálních lokálních zarovnání, které se poté sečtou do „souhrnné“ matice, na kterou se znovu použije dynamické programování k určení celkového strukturálního zarovnání.

SSAP původně produkoval pouze párové zarovnání, ale od té doby byl rozšířen také na více zarovnání.[3] Bylo použito způsobem all-to-all k vytvoření hierarchického schématu klasifikace skládání známého jako KOCOUR (Třída, architektura, topologie, homologie) ,.[4] který byl použit ke konstrukci Klasifikace proteinové struktury CATH databáze.

Obecně jsou skóre SSAP nad 80 spojena s velmi podobnými strukturami. Skóre mezi 70 a 80 znamená podobný fold s malými obměnami. Struktury poskytující skóre mezi 60 a 70 obecně neobsahují stejný záhyb, ale obvykle patří do stejné třídy proteinů se společnými strukturálními motivy.[5]

Viz také

Reference

  1. ^ Taylor, W. R .; Orengo, C. A. (1989). Msgstr "Zarovnání struktury proteinů". Journal of Molecular Biology. 208 (1): 1–22. doi:10.1016/0022-2836(89)90084-3. PMID  2769748.
  2. ^ Orengo, C. A .; Taylor, W. R. (1996). SSAP: Program sekvenčního vyrovnání struktury pro srovnání struktury proteinů. Metody v enzymologii. 266. str. 617–635. doi:10.1016 / s0076-6879 (96) 66038-8. ISBN  9780121821678. PMID  8743709.
  3. ^ Taylor, W. R .; Flores, T. P .; Orengo, C. A. (1994). „Více struktur proteinových struktur“. Věda o bílkovinách. 3 (10): 1858–1870. doi:10.1002 / pro.5560031025. PMC  2142613. PMID  7849601.
  4. ^ Orengo CA; Michie AD; Jones S; Jones DT; Swindells MB; Thornton JM (1997). "CATH - hierarchická klasifikace struktur proteinových domén". Struktura. 5 (8): 1093–1108. doi:10.1016 / S0969-2126 (97) 00260-8. PMID  9309224.
  5. ^ Porwal, G .; Jain, S .; Babu, S. D .; Singh, D .; Nanavati, H .; Noronha, S. (2007). "Predikce struktury proteinů podporovaná geometrickými a pravděpodobnostními omezeními". Journal of Computational Chemistry. 28 (12): 1943–1952. doi:10.1002 / jcc.20736. PMID  17450548.

externí odkazy