Sekvenování hybridizací - Sequencing by hybridization - Wikipedia

Sekvenování hybridizací je třída metod pro určení pořadí, ve kterém se nukleotidy vyskytují na řetězci DNA. Obvykle se používá k hledání malých změn oproti známým Sekvence DNA.[1]Vazba jednoho řetězce DNA na jeho komplementární řetězec v dvojité šroubovici DNA (známé jako hybridizace ) je citlivý na dokonce i neshodné párování jedné báze, když je hybridní oblast krátká nebo pokud jsou přítomny speciální proteiny pro detekci neshody. Toto je využíváno různými způsoby, zejména prostřednictvím DNA čipů nebo mikročipy s tisíci až miliardami syntetických látek oligonukleotidy nalezené v genomu zájmu plus mnoho známých variací nebo dokonce všechny možné varianty jedné báze.[2][3]

Typ sekvenování hybridizací popsaný výše byl do značné míry nahrazen jinými metodami, včetně sekvenování syntézou, a sekvenování ligací (stejně jako metody založené na pórech). V některých sekvenčních schématech se však stále používá hybridizace oligonukleotidů, včetně sekvenování na bázi pórů s hybridizací a reverzibilní hybridizace.[4]

Příklady komerčních systémů

  • Affymetrix (skutečné sekvenování hybridizací)
  • NABsys (hybridizace asistované sekvenování pórů)
  • Complete Genomics Inc. (reverzibilní hybridizace sond, které při každé hybridizaci vyvolávají jednu základnu)

Viz také

Reference

  1. ^ Drmanac, Radoje; Drmanac, Snezana; Chui, Gloria; Diaz, Robert; Hou, Aarone; Jin, Hui; Jin, Paul; Kwon, Sunhee; Lacy, Scott; Moeur, Bill; Shafto, Jay; Swanson, Don; Ukrainczyk, Tatjana; Xu, Chongjun; Malý, Deane (2002). „Sekvenování hybridizací (SBH): výhody, úspěchy a příležitosti“. 77: 75–101. doi:10.1007/3-540-45713-5_5. ISSN  0724-6145. Citovat deník vyžaduje | deník = (Pomoc) PDF
  2. ^ Preparata, FP; Upfal, E (2000). „Sekvenování hybridizací na hranici teorie informace: optimální algoritmus“. J. Comput. Biol. 7 (3): 621–30. CiteSeerX  10.1.1.61.3325. doi:10.1089/106652700750050970. PMID  11108482.
  3. ^ Hanna, GJ; et al. (Červenec 2000). „Srovnání sekvenování hybridizací a cyklickým sekvenováním pro genotypizaci reverzní transkriptázy viru lidské imunodeficience typu 1“. J Clin Microbiol. 38 (7): 2715–2721. PMC  87006. PMID  10878069.
  4. ^ Church, George M. (leden 2006). "Genomy pro všechny". Scientific American. 294 (1): 46–54. doi:10.1038 / scientificamerican0106-46. PMID  16468433.