SEPTIN4 - SEPTIN4

C17orf47
Identifikátory
AliasyC17orf47, otevřený čtecí rámec chromozomu 17 47
Externí IDHomoloGene: 134614 Genové karty: C17orf47
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNA)

NM_001038704

n / a

RefSeq (protein)

NP_001033793

n / a

Místo (UCSC)n / an / a
PubMed Vyhledávání[1]n / a
Wikidata
Zobrazit / upravit člověka

4. září je protein, který je u lidí kódován genem SEPTIN4.[2] Gen má délku 2 698 párů bází, obsahuje jeden intron gt-ag a je orientován na minus řetězec DNA. Pre-posel má 2 exony a předpokládaný protein je dlouhý 570 aminokyselin. V současné době neexistují žádné experimentální struktury pro genový produkt SEPTIN4 se sekvenční identitou> 90%.

Vlastnosti bílkovin

Ačkoli se předpokládá, že SEPTIN4 je intracelulární protein, jeho přesné umístění není známo. Existuje jistá jistota, že subcelulární umístění SEPTIN4 zahrnuje cytosol, jádro a mitochondrie.[3] C17orf47 obsahuje doménu neznámé funkce DUF4655, která má délkovou charakteristiku pro tuto rodinu DUF [4] V SEPTIN4 existují tři předpokládané oblasti s nízkou složitostí. Tyto oblasti s nízkou složitostí mohou obsahovat pojmy související s odezvou na stres, které zahrnují flexibilní vazbu pro konkrétní funkce.[5] V SEPTIN4 jsou známy tři polymorfní SNP. Existuje 6 stránek z posttranslační modifikace podle Phosphosite podporováno několika záznamy.

Tento gen je dlouhý 2 698 párů bází, obsahuje jeden intron gt-ag a je orientován na minus řetězec DNA. Pre-posel má 2 exony a předpokládaný protein je dlouhý 570 aminokyselin. V současné době neexistují žádné experimentální struktury pro genový produkt SEPTIN4 se sekvenční identitou> 90%.

Homologie

Šedesát osm dalších organismů, většinou savců, má ortology se SPETIN4.

Výraz

V normální tkáni varlat je pozitivní diferenciální exprese mRNA a proteinu SEPTIN4.[6] Konkrétně se nukleolární exprese genového produktu vyskytuje v semenných kanálcích varlete.[7] Zatímco SEPTIN4 není v současné době spojen s žádnými chorobami, několik případů karcinoidů vykazovalo silnou expresi SEPTIN4 prostřednictvím barvení protilátkou HPA028424 poskytnutou společností Sigma-Aldrich.[8] Polyphen předpovídá, že varianty C17orf47 budou neškodné.[9]

Během studie o endocytovém systému byla nalezena slabá, ale specifická asociace se SEPTIN4 v regulaci endocytózy. Vyřazení SEPTIN4 způsobilo sníženou endocytózu epidermálního růstového faktoru i sníženou endocytózu transferinu. V dalším experimentu vedlo vyřazení SEPTIN4 ke snížení infekce buněk virem vakcínie.[10]

Předpokládaná struktura

C17orf47 Predikovaná terciární struktura.jpg

Reference

  1. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  2. ^ „C17orf47 chromozom 17, otevřený čtecí rámec 47 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov.
  3. ^ „Pfam: Family: DUF4655 (PF15548)“. pfam.xfam.org. Citováno 2016-02-29.
  4. ^ „KEGG T01001: 284083“. www.genome.jp. Citováno 2016-02-29.
  5. ^ „Přepis: C17orf47-001 (ENST00000321691) - Domény a funkce - Homo sapiens - Prohlížeč genomu souboru 83“. useast.ensembl.org. Citováno 2016-02-29.
  6. ^ „Gen C17orf47 (kódování bílkovin) - otevřený čtecí rámeček chromozomu 17 47“. www.genecards.org. Citováno 2016-02-29.
  7. ^ "Tkáňová exprese C17orf47 - Shrnutí - Atlas lidského proteinu". www.proteinatlas.org. Citováno 2016-02-29.
  8. ^ "Exprese C17orf47 v rakovině - Shrnutí - Atlas lidských proteinů". www.proteinatlas.org. Citováno 2016-02-29.
  9. ^ Dusi S, Valletta L, Haack TB, Tsuchiya Y, Venco P, Pasqualato S, Goffrini P, Tigano M, Demchenko N, Wieland T, Schwarzmayr T, Strom TM, Invernizzi F, Garavaglia B, Gregory A, Sanford L, Hamada J , Bettencourt C, Houlden H, Chiapparini L, Zorzi G, Kurian MA, Nardocci N, Prokisch H, Hayflick S, Gout I, Tiranti V (leden 2014). "Exome sekvence odhaluje mutace v CoA syntáze jako příčinu neurodegenerace s akumulací železa v mozku". American Journal of Human Genetics. 94 (1): 11–22. doi:10.1016 / j.ajhg.2013.11.008. PMC  3882905. PMID  24360804.
  10. ^ „GenomeRNAi - databáze fenotypů a reagencií RNAi“. www.genomernai.org. Citováno 2016-02-29.