Robert F. Murphy (výpočetní biolog) - Robert F. Murphy (computational biologist)

Bob Murphy
Bob Murphy.png
Alma mater
Vědecká kariéra
Pole
Instituce
Doktorský poradceJames F. Bonner
webová stránkawww.andrew.cmu.edu/uživatel/ Murphy/

Robert F. Murphy je profesorem Ray a Stephanie Lane Výpočetní biologie a vedoucí Oddělení výpočetní biologie na Univerzita Carnegie Mellon,[1] stejně jako profesor biologických věd, biomedicínského inženýrství a strojového učení. Zakládající ředitel (s Jelena Kovačevič[2]) z Centra pro bioimage informatiku v Carnegie Mellon. Také založil (s Ivet Bahar ) Joint CMU-Pitt Ph.D. Program ve výpočetní biologii.

Životopis

Před příjezdem do Carnegie Mellon byl Murphy a Damon Runyon Cancer Research Foundation postdoktorand s Dr. Charles R. Cantor na Columbia University v letech 1979 až 1983. Murphy získal v roce 1974 titul A. B. v oboru biochemie na Columbia College a titul Ph.D. v biochemii od Kalifornský technologický institut v roce 1980. Získal a Cena prezidenta Young Investigator Award[3] z Národní vědecká nadace krátce po svém vstupu na fakultu v Carnegie Mellon v roce 1983. V roce 2005 si jej NIH vybrala jako prvního předsedu na plný úvazek v nové studijní sekci Správa a analýza biologických dat.[4] V roce 2006 byl jmenován Fellow of the Americký institut pro lékařské a biologické inženýrství.[5] V roce 2019 byl zvolen jako Člen IEEE za jeho příspěvky k algoritmům strojového učení pro biologické obrazy.[6] Murphy získal výzkumné granty od Národní institut zdraví, Národní vědecká nadace, Americká rakovinová společnost, Americká kardiologická asociace, Nadace pro artritidu a Rockefeller Brothers Fund. Spolupracoval na dvou knihách a dvou zvláštních číslech časopisu „Cell and Molecular Imaging“ a publikoval více než 200 výzkumných prací.[7] Působil jako nově zvolený prezident Mezinárodní společnosti pro rozvoj cytometrie,[8] byl jmenován prvním externím vyšším spolupracovníkem Fakulty biologie v Freiburg (Německo) Institute for Advanced Studies, a byl jmenován čestným profesorem na Univerzita ve Freiburgu. Byl členem National Advisory General Medical Sciences Council a Národní institut zdraví Rada rad.[9]

Murphyho kariéra se soustředila na kombinování fluorescenčních metod měření buněk s kvantitativními a výpočetními metodami. On a jeho spolupracovníci provedli rozsáhlou práci na aplikaci průtoková cytometrie analyzovat přenos endocytické membrány počínaje počátkem 80. let[10][11][12] a propagoval aplikaci strojové učení metody do vysokého rozlišení fluorescenční mikroskop obrázky zobrazující subcelulární umístění vzory v polovině 90. let.[13][14] Tato práce vedla k vývoji prvních systémů pro automatické rozpoznávání všech hlavních vzorů organel ve 2D a 3D obrazech.[15][16][17] Založil a shromažďuje projekt CellOrganizer pro učení generativních modelů organizace buněk přímo z obrazů mikroskopů. Vede také úsilí v oblasti analýzy obrazu a modelování pro Národní centrum pro víceúrovňové modelování biologických systémů.

Murphyho vedoucí zkušenosti zahrnují vývoj prvního formálního vysokoškolského programu výpočetní biologie v roce 1987 a založení Merck Program Výpočetní biologie a chemie v Carnegie Mellon v roce 1999. Tyto programy byly důležitými předchůdci založení Ph.D. v roce 2005. program ve výpočetní biologii ve spolupráci s University of Pittsburgh. Pod jeho vedením byl tento program vybrán jako jeden z pouhých deseti oceněných novou iniciativou rozhraní HHMI-NIBIB Interfaces.[18]

Reference

  1. ^ Sostek, Anya (21. září 2007). „CMU získává 5 milionů dolarů za biologické centrum“. Pittsburgh Post-Gazette. Citováno 27. dubna 2011.
  2. ^ http://jelena.ece.cmu.edu/
  3. ^ „Hledání cen NSF: Cena # 8351364 - Cena prezidenta Young Investigator Award“. www.nsf.gov. Citováno 2016-03-29.
  4. ^ „Tisková zpráva Carnegie Mellon: 3. března 2005“. www.cmu.edu. Citováno 2016-03-04.
  5. ^ „Fellow Directory - AIMBE“. aimbe.org. Citováno 2016-03-04.
  6. ^ „O programu IEEE Fellow Program“. www.ieee.org. Citováno 2019-12-09.
  7. ^ „Robert F. Murphy - Citace Google Scholar“. scholar.google.com. Citováno 2016-03-04.
  8. ^ International Society for the Advanment of Cytometry Past Presidents
  9. ^ Noví jmenovaní členové nové rady NIH, 10. prosince 2011
  10. ^ Murphy, R. F .; Jorgensen, E. D .; Cantor, C. R. (1982-02-25). "Kinetika histonové endocytózy v buňkách vaječníků čínského křečka. Průtoková cytofluorometrická analýza". Journal of Biological Chemistry. 257 (4): 1695–1701. ISSN  0021-9258. PMID  7056738.
  11. ^ Murphy, R. F .; Powers, S .; Cantor, C. R. (01.05.1984). „PH endosomu měřené v jednotlivých buňkách pomocí duální fluorescenční průtokové cytometrie: rychlé okyselení inzulínu na pH 6“. The Journal of Cell Biology. 98 (5): 1757–1762. doi:10.1083 / jcb.98.5.1757. ISSN  0021-9525. PMC  2113196. PMID  6144684.
  12. ^ Cain, C. C .; Sipe, D. M .; Murphy, R. F. (01.01.1989). "Regulace endocytového pH pomocí Na +, K + -ATPázy v živých buňkách". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 86 (2): 544–548. doi:10.1073 / pnas.86.2.544. ISSN  0027-8424. PMC  286508. PMID  2536168.
  13. ^ Boland, M. V .; Markey, M. K .; Murphy, R. F. (01.10.1997). Klasifikace vzorů lokalizace proteinů získaných fluorescenčním světelným mikroskopem. Sborník z 19. výroční mezinárodní konference IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, 1997. 2. str. 594–597 obj. 2. doi:10.1109 / IEMBS.1997.757680. ISBN  978-0-7803-4262-0.
  14. ^ Baker, Monya (01.07.2012). "Autorský soubor: Robert F. Murphy". Přírodní metody. 9 (7): 629. doi:10.1038 / nmeth.2088. ISSN  1548-7091.
  15. ^ Boland, M. V .; Murphy, R. F. (2001-12-01). „Klasifikátor neurální sítě schopný rozpoznávat vzorce všech hlavních subcelulárních struktur na obrázcích fluorescenčních mikroskopů buněk HeLa“. Bioinformatika. 17 (12): 1213–1223. doi:10.1093 / bioinformatika / 17.12.1213. ISSN  1367-4803. PMID  11751230.
  16. ^ Sláva, Estelle; Murphy, Robert F. (01.01.2007). "Automatizované stanovení subcelulárního umístění a vysoce výkonná mikroskopie". Vývojová buňka. 12 (1): 7–16. doi:10.1016 / j.devcel.2006.12.007. ISSN  1534-5807. PMID  17199037.
  17. ^ Velliste, M .; Murphy, R. F. (01.01.2002). Automatické stanovení subcelulárních poloh proteinů z 3D snímků fluorescenčního mikroskopu. 2002 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, 2002. Proceedings. str. 867–870. doi:10.1109 / ISBI.2002.1029397. ISBN  978-0-7803-7584-0.
  18. ^ Iniciativa rozhraní HHMI-NIBIB