Rhea (potrubí) - Rhea (pipeline)

Rhea
Logo Rhea.png
VývojářiIlias Lagkouvardos, Sandra Fischer, Neeraj Kumar, Thomas Clavel
První vydání16. listopadu 2016 (2016-11-16)
Stabilní uvolnění
1.1.0
NapsánoR
Operační systémOkna, Operační Systém Mac, Ubuntu, Fedora, Red Hat Linux, openSUSE
LicenceLicence MIT
webová stránkahttps://lagkouvardos.github.io/Rhea/

Rhea[1] je bioinformatický potrubí napsáno v Jazyk R. pro analýzu mikrobiálních profilů. To bylo vydáno na konci roku 2016 a je veřejně dostupné prostřednictvím GitHub úložiště.[2]

Počínaje Provozní taxonomická jednotka (OTU) tabulka, kanál obsahuje skripty, které provádějí následující běžné analytické kroky:

  1. Normalizace tabulky OTU
  2. Výpočet alfa rozmanitost pro každý vzorek
  3. Výpočet beta rozmanitost a vizualizace výsledků pomocí PCoA
  4. Taxonomické binování
  5. Statistické testování
  6. Korelační analýza

Jméno Rhea dostalo potrubí především jako fonetické a vizuální spojení s R jazyk používaný během vývoje. Jak je uvedeno v původní publikaci,[1] jméno bylo vybráno tak, aby odráželo plynoucí a vyvíjející se povahu skriptů, protože „tok“ je jednou z navrhovaných etymologií jména mytologické bohyně Rhea.

Reference

  1. ^ A b Lagkouvardos, Ilias; Fischer, Sandra; Kumar, Neeraj; Clavel, Thomas (11. ledna 2017). „Rhea: transparentní a modulární potrubí R pro mikrobiální profilování na základě 16s rRNA genových amplikonů“. PeerJ. 5: e2836. doi:10,7717 / peerj.2836. PMC  5234437.
  2. ^ „Rhea od Lagkouvardos“. lagkouvardos.github.io.