Reverzní ekologie - Reverse ecology

Reverzní ekologie odkazuje na použití genomika studovat ekologie bez č a priori předpoklady o uvažovaném organismu (organizmech). Termín navrhl v roce 2007 Matthew Rockman během konference o ekologické genomice v roce 2007 Christchurch, Nový Zéland.[1] Rockman kreslil analogii k tomuto výrazu reverzní genetika ve kterém je studována genová funkce porovnáním fenotypových účinků různých genetických sekvencí tohoto genu. Většina výzkumných pracovníků využívajících reverzní ekologii využívá něco takového populační genomika metodologie. To vyžaduje provedení skenování genomu u více jedinců z alespoň dvou populací, aby bylo možné identifikovat genomové oblasti nebo místa, která vykazují známky selekce. Tyto genomové skeny se obvykle využívají polymorfismus jednoho nukleotidu (SNP) markery, i když použití mikrosatelity může fungovat také (se sníženým rozlišením).

Metodologie

Reverzní ekologie byla vědci použita k pochopení prostředí a dalších ekologických vlastností organismů na Zemi pomocí genomických přístupů. Zkoumáním genů bakterie, vědci jsou schopni rekonstruovat to, co organismy „Prostředí je jako dnes nebo dokonce před miliony let. Data by nám mohla pomoci pochopit klíčové události v historie života na Zemi. V roce 2010 vědci představili techniku ​​k provedení reverzní ekologie k odvození a bakterie Podmínky životního teplotního rozsahu založené na Obsah GC určitých genomových oblastí.[2]

V roce 2011 vědci z University of California, Berkeley byli schopni prokázat, že lze určit adaptivní vlastnosti organismu tím, že se nejprve podívali na jeho genom a zkontrolovali variace v populaci.[3]

Viz také

Reference

  1. ^ Li, YF; et al. (2008). ""Reverzní ekologie „a síla populační genomiky“. Vývoj. 62 (12): 2984–2994. doi:10.1111 / j.1558-5646.2008.00486.x. PMC  2626434. PMID  18752601.
  2. ^ Zheng H, Wu H (prosinec 2010). „Genocentrická asociační analýza pro korelaci mezi hladinami obsahu guaninu a cytosinu a podmínkami teplotního rozsahu prokaryotických druhů“. BMC bioinformatika. 11 (Suppl 11): S7. doi:10.1186 / 1471-2105-11-S11-S7. PMC  3024870. PMID  21172057.
  3. ^ Ellison C a kol. (2011). „Populační genomika a místní adaptace na divokých izolátech modelového mikrobiálního eukaryota“. Sborník Národní akademie věd. 108 (7): 2831–2836. Bibcode:2011PNAS..108.2831E. doi:10.1073 / pnas.1014971108. PMC  3041088. PMID  21282627.