Analýza reprezentativních rozdílů - Representational difference analysis
 | Tento článek má několik problémů. Prosím pomozte vylepši to nebo diskutovat o těchto problémech na internetu diskusní stránka. (Zjistěte, jak a kdy tyto zprávy ze šablony odebrat) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony)
|
Analýza reprezentativních rozdílů (RDA) je technika používaná v biologickém výzkumu k vyhledání sekvenčních rozdílů ve dvou genomický nebo cDNA Vzorky. Genomy nebo sekvence cDNA ze dvou vzorků (tj. rakovina a normální vzorek) jsou PCR zesílené a rozdíly analyzovány pomocí subtraktivní hybridizace DNA. Tato technologie byla dále vylepšena vývojem analýza reprezentace oligonukleotidových mikročipů (ROMA), který používá pole technologie k provádění takových analýz. Tuto metodu lze také přizpůsobit k detekci rozdílů methylace DNA, jak je patrné z metylačně citlivá reprezentační analýza rozdílu (MS-RDA).[1]
Teorie
Tato metoda spoléhá na PCR k diferenciální amplifikaci nehomologních oblastí DNA mezi štěpenými fragmenty dvou téměř identických druhů DNA, které se nazývají „řidič“ a „tester“ DNA. DNA testeru obvykle obsahuje sledovanou sekvenci, která není homologní s DNA řidiče. Když jsou dva druhy smíchány, řidičská sekvence je přidána v přebytku do testeru. Během PCR dvouvláknové fragmenty nejprve denaturovaly při ~ 95 ° C a poté znovu žíhaly, když byly vystaveny žíhací teplotě. Vzhledem k tomu, že sekvence řidiče a testeru jsou téměř identické, nadbytek fragmentů DNA řidiče bude hybridizovat s homologními fragmenty DNA testovaných druhů. To blokuje amplifikaci PCR a nedochází ke zvýšení homologních fragmentů. Fragmenty, které se mezi těmito dvěma druhy liší, však nebudou žíhat na komplementární protějšek a budou amplifikovány pomocí PCR. Jak se provádí více cyklů RDA, množina kopií jedinečných fragmentů sekvence bude růst rychleji než fragmenty nalezené u obou druhů.
Reference
- Lisitsyn N, Lisitsyn N, Wigler M. (1993), Klonování rozdílů mezi dvěma komplexními genomy. Věda, 259, 946-951