Renaissance Computing Institute - Renaissance Computing Institute

Renaissance Computing Institute (RENCI)
RENCI Europa.jpg
Hlavní kampus RENCI v Europa Drive, Chapel Hill, NC
Založeno2004
Oblast výzkumu
věda o datech a cyberinfrastruktura; vědy o životním prostředí; biomedicínské a zdravotní vědy
ŘeditelStanley C. Ahalt, PhD
UmístěníChapel Hill, NC
PřidruženíUniversity of North Carolina at Chapel Hill
webová stránkarenci.org

Renaissance Computing Institute (RENCI) byla zahájena v roce 2004 jako spolupráce zahrnující Stát Severní Karolína, University of North Carolina at Chapel Hill (UNC-CH), Duke University, a Státní univerzita v Severní Karolíně. RENCI je organizačně strukturována jako výzkumný ústav v rámci UNC-CH a její hlavní kampus se nachází v Chapel Hill, NC, pár kilometrů od kampusu UNC-CH. RENCI má kontaktní centra na UNC-CH, Duke University (Durham) a North Carolina State University (Raleigh).

Zakládajícím ředitelem RENCI byl Daniel A. Reed; Stanley C. Ahalt je současným ředitelem. RENCI zaměstnává přes 80 zaměstnanců.

Poslání

Současným posláním RENCI je: „vyvíjet a zavádět pokročilé technologie umožňující objevy výzkumu a praktické inovace.“[1] RENCI dosahuje svého poslání partnerství s akademickými vědci, vládními tvůrci politik a vedoucími představiteli průmyslu, aby se zapojili do výzkumu a vývoje zaměřeného na řešení kritických výzev v několika oblastech zaměření: datová věda a cyberinfrastruktura; vědy o životním prostředí; a biomedicínské a zdravotní vědy.

Dějiny

RENCI byla založena v lednu 2004 Danielem A. Reedem, PhD., S financováním ze států Severní Karolína, UNC-CH, Severní Karolína a University Duke.[2][3] Dr. Reed dříve působil jako ředitel Národní centrum pro superpočítačové aplikace (NCSA), hlavní architekt pro Národní vědecká nadace (NSF) TeraGrid iniciativy a člen předsedy Poradního výboru pro informační technologie. V květnu 2004 se Alan Blatecky připojil k RENCI jako zástupce ředitele. Pan Blatecký dříve vykonával funkci výkonného ředitele San Diego Superpočítačové centrum a vedoucí iniciativy NSF Middleware.

Počáteční prohlášení RENCI o misi bylo:

sloužit jako multidisciplinární institut překlenující akademii, obchod a společnost za účelem obohacení a posílení lidského potenciálu, vytváření multiinstitucionálních partnerství a rozvoje a nasazení přední světové výpočetní infrastruktury.

V prosinci 2005 obdržela společnost RENCI od státu Severní Karolína finanční prostředky ve výši 5,9 mil. USD na období FY2005-2006 a 11,8 mil. USD na opakující se prostředky na „podporu zaměstnanců, provoz počítačů a vybavení“. Toto financování bylo pro RENCI zásadní, protože vyvinulo celostátní infrastrukturu k vytvoření virtuální organizace a využití této infrastruktury a odborných znalostí zaměstnanců RENCI k zapojení do federálně financovaných projektů v zájmu státu. Počáteční zaměření RENCI bylo na aplikaci kybernetických technologií a pokročilé analytiky při plánování, zmírňování a reakci na pobřežní katastrofy. RENCI se od té doby zapojila do různých partnerství v Severní Karolíně a v celé zemi. Tato partnerství přinesla řadu federálních grantových ocenění, což organizaci poskytlo další zdroj příjmů.

RENCI prošla změnou ve vedení v roce 2007 odchodem Dr. Reeda a jmenováním pana Blateckého dočasným ředitelem. RENCI během této doby implementovala svůj vůbec první strategický plánovací proces. Proces vedl k revidovanému prohlášení o poslání:

Renaissance Computing Institute, multiinštitucionální organizace, sdružuje multidisciplinární odborníky a pokročilé technologické schopnosti k řešení naléhavých výzkumných problémů a hledání řešení složitých problémů, které ovlivňují kvalitu života v Severní Karolíně, v našem národě a ve světě.

V roce 2009 byl do pozice ředitele jmenován Stanley C. Ahalt, PhD. Dr. Ahalt dříve působil jako výkonný ředitel Ohio superpočítačové centrum (OSC) a byl profesorem na katedře elektrotechniky a výpočetní techniky na Ohio State University (OSU). Po příjezdu na RENCI dostal Dr. Ahalt společné jmenování profesorem na katedře informatiky UNC-CH.

Ashok Krishnamurthy, PhD, byl jmenován zástupcem ředitele v únoru 2013. Dr. Krishnamurthy byl dříve ředitelem výzkumu a vědeckého vývoje v OSC a docentem na katedře počítačů a elektrotechniky na OSU.

Pod vedením Dr. Ahalt a Krishnamurthy, RENCI rozšířila počet zaměstnanců, externích partnerů a šíři aktivit. Bylo zahájeno několik klíčových partnerství a iniciativ. Prvním z nich je partnerství s Lékařskou fakultou UNC-CH na a Národní institut zdraví (NIH) Cena Centra pro translační a klinické vědy, která vedla k založení institutu pro translační a klinické vědy v Severní Karolíně v roce 2008 (NC TraCS). Dr. Ahalt a Krishnamurthy slouží jako ředitel a spolurežisér biomedicínské informatiky v rámci NC TraCS. Druhou klíčovou aktivitou bylo založení Water Science Software Institute (WSSI), který v září 2012 spoluzaložila RENCI a Národní socio-environmentální syntetické centrum (SESYNC). Třetí klíčovou aktivitou bylo vytvoření Národního konsorcia. pro datovou vědu (NCDS) v únoru 2013. NCDS má ústředí v RENCI a zahrnuje členy pocházející z akademiků, průmyslu a vlády. Čtvrtou klíčovou aktivitou bylo založení konsorcia iRODS v prosinci 2014. Konsorcium iRODS také sídlí v RENCI a zahrnuje rozmanité mezinárodní členství.

Současné vedení

  • Stanley C. Ahalt, ředitel
  • Ashok Krishnamurthy, zástupce ředitele
  • Jay Aikat, provozní ředitel
  • Ilya Baldin, ředitel síťového výzkumu a infrastruktury
  • Brian Blanton, ředitel Earth Data Sciences
  • Jason Coposky, výkonný ředitel konsorcia iRODS
  • Rob Fowler, ředitel vysoce výkonných počítačů
  • Ray Idaszak, ředitel DevOps
  • Rick Luettich, hlavní vědecký pracovník v pobřežních modelech
  • Lea Shanley, výkonná ředitelka South Big Data Hub
  • Marcin Sliwowski, manažer Cyberinfrastructure IT
  • Kirk C. Wilhelmsen, hlavní vědecký pracovník v oblasti genomiky a ředitel iniciativ biomedicínského výzkumu

Klíčové oblasti a technologie zaměřené na výzkum a vývoj

Datová věda a cyberinfrastruktura

RENCI má řadu aktivních výzkumných programů, které jsou zaměřeny na vývoj a nasazení pokročilých výpočetních a síťových schopností. Mnoho z výsledných technologií je open source. Například otevřený zdroj ExoGENI (Exo-Global Environment for Network Innovation) je vyvíjen jako součást iniciativy GENI financované NSF.[4][5] ExoGENI funguje jako federovaná cloudová platforma Networked Infrastructure-as-a-Service (NIaaS) pro dynamické zajišťování síťových, úložných a výpočetních prostředků. ADAMANT (Adaptive Data-Aware Multi-domain Application Network Topologies), rovněž financovaný NSF, staví na ExoGENI. ADAMANT integruje Pegasus (správa pracovního toku) a HT Condor systém vědeckých pracovních postupů s platformou ExoGENI NIaaS, která organizuje provádění rozsáhlých vědeckých pracovních toků přes distribuovaný cloud nebo tradiční vysoce výkonné výpočetní prostředky. iRODS (integrated Rule-Oriented Data System) byl vyvinut středisky Data Intensive Cyber ​​Environments (DICE) v UNC-CH a University of California, San Diego a je v současné době udržován společností RENCI. iRODS je open source middlewarová technologie navržená tak, aby poskytovala na základě zásad kontrolu nad přístupem k datům, jejich pohybem, používáním a archivací napříč geografickými lokalitami, různorodé technologie úložiště a více skupin uživatelů, z nichž každá má různé zásady týkající se přístupu k datům a jejich používání.[6][7][8][9] RADII (Resource Aware Data-centric collara Infrastructure; web citation) integruje GENI ORCA (Open Resource Control Architecture) s iRODS, aby dynamicky poskytovala distribuovanou cloudovou infrastrukturu pro multiinštitucionální výzkumné spolupráce založené na datech. RADII toho dosahuje prostřednictvím softwaru určeného k modelování výzkumných dat a mapování datových prvků, výpočtů a úložišť na základní fyzickou infrastrukturu iRODS. DataBridge si klade za cíl poskytnout vícerozměrný sociometrický síťový systém pro sdílení datových sběrů.[10][11][12] DataBridge je nástroj pro spolupráci s otevřeným zdrojovým kódem, který vědcům umožňuje prozkoumat dostupné datové soubory a jejich příslušné algoritmy a definovat sémantické mosty pro propojení a přístup k různým datovým souborům v rámci sociometrické sítě.

Vědy o životním prostředí

Mnoho projektů RENCI v environmentálních vědách se zaměřuje na hydrologie, pobřežní bouřkové rázy a pokročilé modelování na pomoc při připravenosti na katastrofy. ADCIRC je softwarový model s otevřeným zdrojovým kódem, který aplikuje pokročilou analytiku na více zdrojů a typů dat (např. hydrologické datové soubory, atmosférické datové soubory, data o předpovědi tropických bouří, Geografický informační systém data atd.), aby bylo možné v reálném čase předpovědět dopady bouřkových rázů a záplavy po hurikánech a souvisejících událostech ve vysokém rozlišení.[13][14] Ve spolupráci s výzkumnými pracovníky v Centru pobřežní odolnosti UNC a Národní hurikánové centrum „ADCIRC je vyvíjen jako pobřežní prognostický systém, který pomáhá při plánování a podpoře rozhodování státních a federálních katastrof. EarthCube je iniciativa financovaná NSF, jejímž cílem je „vyvinout rámec v příštím desetiletí, který pomůže výzkumným pracovníkům porozumět a předvídat systém Země od Slunce po střed Země“.[15][16] EarthCube je navržen jako otevřená dynamická cyberinfrastruktura, která umožňuje komunitní správu sdílení dat napříč geovědami, včetně oceánská věda, polární studia, věda o atmosféře, geoprostor, informatika a další pole. HydroShare je podporován CUAHSI (Konsorcium univerzit pro rozvoj hydrologických věd Inc.) financovaného NSF a je vyvíjen jako otevřená spolupráce pro kybernetickou infrastrukturu pro hydrologii.[17][18][19] HydroShare umožňuje vědcům z oblasti vodního hospodářství identifikovat a načíst datové soubory související s vodou a přidružené algoritmy a modely a poté je analyzovat a vypočítat pomocí distribuovaného výpočetního prostředí, které zahrnuje mřížkový cloud a vysoce výkonné výpočetní a úložné možnosti

Biomedicínské a zdravotní vědy

Hlavním zaměřením práce RENCI v biomedicínských a zdravotnických vědách je klinická genomika. RENCI spolupracuje s NC TraCS, Lineberger Comprehensive Cancer Center v UNC-CH a UNC Information Technology Services Research Computing Division na vývoji a implementaci technologií pro podporu genomických sekvenčních technologií nové generace, jako je Whole Genome Sequencing (WGS) a Whole Exome Sequencing (WES). Mezi tyto technologie patří GMW (Genetic Medical Workflow) Engine, který byl částečně financován NIH a poskytuje end-to-end zachycování, analýzu, validaci a hlášení dat WGS a WES. GMW Engine je navržen jako architektura otevřeného zdroje, která koordinuje pracovní toky, dílčí pracovní toky, vzorky, data a lidi, aby podporovala všechny aspekty výzkumu genomiky a klinické aplikace, od počáteční návštěvy pacienta až po hlášení genomických nálezů pod dohledem lékaře.[20] MapSeq (Masively Parallel Sequencing) je open-source plugin-based Service-Oriented Architecture (SOA), který poskytuje bezpečnou správu a provádění složitých následných výpočtových a analytických kroků zapojených do vysoce výkonného genomového sekvenování a dalších datově náročných aplikací.[21] MaPSeq a jeho domácí sesterská technologie, GATE (Grid Access Triage Engine), jsou postaveny na vrcholu Apache Karaf a společně poskytují rozšiřitelné funkce pro následnou analýzu genomových dat a dalších velkých datových sad, včetně provádění a správy potrubí pracovního toku, meta-plánování úloh pracovního toku, oportunistického využití výpočetních zdrojů, zabezpečeného přenosu dat a přístupu webového klienta. PLÁTNO (CAroliNa Variant Annotation Store) a AnnoBot (Annotation Bot) spolupracují na poskytnutí anotací a metadat řízených verzí pro data genomových variant s cílem podpořit aktuální klinickou interpretaci genomových variant a tím řídit klinické rozhodování.[22] CANVAS je navržen jako otevřený zdroj, relační PostgreSQL relační databáze, která ukládá data genomové varianty s přidruženými anotacemi a metadaty. AnnoBot se skládá z modulů Pythonu a kódu softwarového ovladače nakonfigurovaného tak, aby poskytoval automatické monitorování a načítání externích zdrojů dat pro aktualizace anotací. POVÍDAT SI (Convergent Haplotype Association Tagging) je softwarový algoritmus, který umožňuje identifikaci středně pronikavých genomových variant pomocí genetických struktur mezi populacemi. CHAT vyvolá algoritmus založený na teorii grafů k určení haplotypové fáze populace nepříbuzných jedinců: identifikací podmnožin jedinců, kteří sdílejí oblast genomu sestupem; a poté generování konsensuálního haplotypu pro sdílenou oblast.[23] The SMW (Secure Medical Workspace) zajišťuje bezpečné prostředí pro přístup k citlivým údajům o pacientech pro klinickou péči nebo Institucionální kontrolní komise –Schválený klinický výzkum.[24][25] Open source architektura SMW využívá virtualizační technologii (tj. VMWare ) a technologie Data Leakage Protection (DLP) (tj. WebSense ) k vytvoření zabezpečeného virtuálního pracovního prostoru spojeného se schopností zabránit fyzickému odebrání dat z centrálního zabezpečeného úložného prostředí (nebo jej povolit výzvou a auditem pracovníků informačních technologií).

Instituce a konsorcia

Společnost RENCI byla průkopníkem založení národního institutu WSSI a dvou hlavních konsorcií, konsorcia iRODS a NCDS.

WSSI

WSSI financovaná NSF byla založena v září 2012 jako spolupráce mezi společnostmi RENCI a SESYNC. Posláním WSSI je „umožnit a urychlit novou transformativní vědu o vodě současnou transformací jak softwarové kultury, tak výzkumné kultury komunity vodních věd“.[26][27] Když bude plně funkční, WSSI si klade za cíl fungovat v rámci modelu Open Community Engagement Model, který bude integrovat více iniciativ financovaných NSF (Centra syntézy, Environmentální observatoře, Instituce pro udržitelnost softwaru atd.) K destilaci dat, myšlenek, teorií a metod a tím poskytovat syntetické informace k řešení výzev vodní vědy, které nelze řešit pomocí tradičních disciplinárních metod. Činnosti WSSI se zaměřují na rozvoj otevřené komunity a podporu open source a agilního vývoje softwaru s cílem urychlit transformativní výzkum vědy o vodě. Kromě RENCI a SESYNC jsou současnými členy Institut pro životní prostředí při UNC-CH, University of Illinois Urbana-Champaign, Michiganská univerzita, University of Maryland, NCSA, Červená čepice, Národní úřad pro oceán a atmosféru, a IBM.

NCDS

NCDS byl založen RENCI v únoru 2013 jako partnerství veřejného a soukromého sektoru předních univerzit, vládních a neziskových agentur a podniků věnovaných rozvoji vědy o datech, které NCDS definuje jako „systematické studium organizace a využívání digitálních data za účelem zrychlení zjišťování, zlepšení kritických rozhodovacích procesů a umožnění ekonomiky založené na datech. “[28] Posláním NCDS je „poskytnout základ potřebný pro pokrok v oblasti výzkumu dat, vzdělávání a ekonomických příležitostí“. NCDS pracuje na dosažení této mise tím, že poskytuje intelektuální vedení a pořádá řadu workshopů, akademické stipendijní fakulty, sérii letních krátkých kurzů Data Matters, akce týkající se kariéry studentů, pozvané přednášky a setkání na summitu. Kromě toho NCDS sponzoruje Data Observatory, která poskytuje sdílenou federovanou infrastrukturu pro sdílení a výpočet dat. NCDS také spolupracuje s četnými regionálními snahami v oblasti datové vědy, včetně Datapalooza, Triangle Open Data Day, Pearl Hacks, Data4Decisions, Analytics Forward UnConference a dalších. K červnu 2015 zahrnuje NCDS 15 členských organizací, z nichž 8 má sídlo v Severní Karolíně a 4 nadnárodní společnosti se silným zastoupením v Výzkumný trojúhelníkový park, NC oblast.

Konsorcium iRODS

Konsorcium iRODS bylo založeno společností RENCI v prosinci 2014 a má sídlo v RENCI, as, která je hlavním vývojovým týmem iRODS. Posláním konsorcia je „zajistit udržitelnost integrovaného datového systému s pravidly (iRODS) a podporovat jeho přijetí a další vývoj.“[29] K dosažení svého poslání pracuje konsorcium na vývoji standardů pro open source technologii iRODS a na jejím budoucím vývoji, na podpoře technologického pokroku a na rozšíření uživatelské základny. Konsorcium také podporuje vývoj kritické verze iRODS na úrovni výroby (aktuálně v4.1). Konsorcium iRODS zahrnuje rozmanité členství v uživatelských organizacích iRODS z celého světa. Mezi současné členy konsorcia patří RENCI, DICE Centers v UNC-CH a University of California, San Diego, Sítě DataDirect, Technologie Seagate, Wellcome Trust Sanger Institute, Bezpečně, EMC Corporation (EMC2), IBM a NASA Atmospheric Science Data Center.

Reference

  1. ^ Web RENCI, renci.org.
  2. ^ University of North Carolina v Chapel Hill. (2004-2010). Výroční finanční zprávy. Chapel Hill, Severní Karolína: University of North Carolina at Chapel Hill. Dostupné v: http://research.unc.edu/offices/vice-chancellor/about/annual-reports.
  3. ^ University of North Carolina v Chapel Hill. (2011-2014). Komplexní výroční finanční zprávy. Chapel Hill, Severní Karolína: University of North Carolina at Chapel Hill. Dostupné v: http://finance.unc.edu/reports-and-data/financial-statements-archive.
  4. ^ Baldin, I., Ruth, P., Xin, Y., Mandal, A., Chase, J., Tilson, J., & Prasad. S. (2013). Vize budoucího internetu: příklad ExoGENI. RENCI / NCDS, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC, USA. doi:10.7921 / G0CC0XM1.
  5. ^ Baldin, I., Xin, Y., Mandal, A., Ruth, P., Heerman, C., & Chase, J. (2012). ExoGENI: Vícedoménová infrastruktura jako služba Testbed. Sborník příspěvků z 8. mezinárodní konference ICST o testovacích postelích a výzkumných infrastrukturách pro rozvoj sítí a komunit (TridentCom). Dostupné v: https://www.cs.duke.edu/~chase/exogeni.pdf.
  6. ^ Rajasekar, A .; Moore, R .; Hou, C .; Lee, C. A .; Marciano, R .; de Torcy, A .; Wan, M .; Schroeder, W .; Chen, S .; Gilbert, L .; Tooby, P .; Zhu, B. (2010a). „iRODS Primer: Integrovaný datový systém s pravidly“. Syntetické přednášky o informačních koncepcích, vyhledávání a službách. 2 (1): 1–143. doi:10.2200 / s00233ed1v01y200912icr012.
  7. ^ Rajasekar, A., Moore, R., Wan, M., Schroeder, W., & Hasan, A. (2010b). Uplatňování pravidel jako zásad pro sdílení dat ve velkém měřítku. Inteligentní systémy, modelování a simulace (ISMS), Mezinárodní konference o inteligentních systémech, modelování a simulaci v roce 2010. Dostupné v: http://ieeexplore.ieee.org/xpls/abs_all.jsp?arnumber=5416072.
  8. ^ Schmitt, C., Wilhelmsen, K., Krishnamurthy, A., Ahalt, S. & Fecho, K. (2013b). Zabezpečení a ochrana osobních údajů v éře velkých dat: iRODS, technologické řešení výzvy implementace zásad a postupů zabezpečení a ochrany osobních údajů. RENCI, University of North Carolina v Chapel Hill. Dostupné v: http://www.renci.org/wp-content/uploads/2014/02/0313WhitePaper-iRODS.pdf.
  9. ^ Fortner, B., Ahalt, S., Coposky, J., Fecho, K., Krishnamurthy, A., Moore, R., Rajasekar, A., Schmitt, C., & Schroeder, W. (2014). Ovládejte svá data: iRODS, integrovaný datový systém s pravidly. RENCI, University of North Carolina v Chapel Hill. Dostupné v: http://renci.org/wp-content/uploads/2014/07/0214WhitePaper-iRODS-2-FINAL-v6.pdf.
  10. ^ Rajasekar, A., Kum, H., Crosas, M., Crabtree, J., Sankaran, S., Lander, H., Carsey, T., King, G., & Zhan, J. (2013a). DataBridge. Vědecký deník, ASE. Dostupné v: http://databridge.web.unc.edu/files/2013/01/DataBridge_Journal_Final.pdf.
  11. ^ Rajasekar, A., Sankaran, S., Lander, H., Carsey, T., Crabtree, J., Kum, H., Crosas, M., King, G., & Zhan, J. (2013b). Sociometrické metody pro analýzu relevantnosti údajů o vědě s dlouhým ocasem. ASE / IEEE International Conference on Big Data. Dostupné v: http://databridge.web.unc.edu/files/2013/01/Databridge-ConferenceVersion-final.pdf.
  12. ^ Crabtree, J. (2013). DataBridge: Budování nástroje prostředí e-Science Collaboration Environment pro propojení různých datových sad do sociometrické sítě. IASSIST 2013. Dostupné na: http://databridge.web.unc.edu/files/2013/07/IASSIST2013DataBridgeFinal.ppt.
  13. ^ Luettich, R. A., Westerink, J. J., & Scheffner, N. W. (1992). ADCIRC: Pokročilý trojrozměrný oběhový model pro pobřeží a ústí řek, Zpráva 1: Teorie a metodologie ADCIRC-2DDI a ADCIRC-3DL. Technická zpráva o programu bagrování DRP-92-6. US Army Waterways Experiment Station, Vicksburg, MS. Dostupné v: http://www.dtic.mil/dtic/tr/fulltext/u2/a261608.pdf.
  14. ^ Westerink, J .; Luettich, R .; Feyen, J .; Atkinson, J .; Dawson, C .; Roberts, H .; Powell, M .; Dunion, J .; Kubatko, E .; Pourtaheri, H. (2008). „Na jižní Louisianu byl použit model nestrukturované síťové bouřkové bouřkové bouře v měřítku od kanálu po kanál“. Měsíční přehled počasí. 136 (3): 833–864. Bibcode:2008MWRv..136..833W. doi:10.1175 / 2007MRR1946.1.
  15. ^ Caron, B. (2011). Whitepaper o řízení EarthCube: Realizace očekávaných výnosů z investic EarthCube do budování komunity a demokratické správy. New Media Research Institute, Santa Barbara, CA. Dostupné v: http://semanticommunity.info/@api/deki/files/13792/=004_Caron.pdf.
  16. ^ Gil, Y., Chan, M., Gomez, B., & Caron, B. (2014). EarthCube: Minulost, současnost a budoucnost. Zpráva o projektu EarthCube. EC, 3. Dostupné na: http://earthcube.org/file/3616/download?token=bVernkf4.
  17. ^ Tarboton, DG, Idaszak, R., Horsburgh, JS, Heard, J., Ames, D., Goodall, JL, Band, LE, Merwade, V., Couch, A., Arrigo, J., Hooper, R. , Valentine, D., & Maidment, D. (2014a). Přístup zaměřený na zdroje pro rozvoj spolupráce prostřednictvím hydrologických dat a sdílení modelů. 11. mezinárodní konference o hydroinformatice, HIC 2014, New York City, USA. Dostupné v: http://www.hic2014.org/proceedings/bitstream/handle/123456789/1539/1566.pdf?sequence=1&isAllowed=y.
  18. ^ Tarboton, DG, Idaszak, R., Horsburgh, JS, Heard, J., Ames, D., Goodall, JL, Band, LE, Merwade, V., Couch, A., Arrigo, J., Hooper, R. , Valentine, D., & Maidment, D. (2014b). HydroShare: Podpora spolupráce prostřednictvím hydrologických dat a sdílení modelů. In D. P. Ames, N. W. T. Quinn, and A. E. Rizzoli (eds), Proceedings of the 7th International Congress on Environmental Modeling and Software. San Diego, Kalifornie: International Environmental Modeling and Software Society (iEMSs). ISBN  978-88-9035-744-2. http://www.iemss.org/sites/iemss2014/papers/iemss2014_submission_243.pdf.
  19. ^ Heard, J., Tarboton, D., Idaszak, R., Horsburgh, J., Ames, D., Bedig, A., Castronova, AM, Couch, A., Dash, P., Frisby, C., Gan T., Goodall, J., Jackson, S., Livingston, S., Maidment, D., Martin, N., Miles, B., Mills, S., Sadler, J., Valentine, D., & Zhao, L. (2014). Architektonický přehled Hydroshare, hydrologického informačního systému nové generace. 11. mezinárodní konference o hydroinformatice, HIC 2014, New York City, USA. Dostupné v: http://www.hic2014.org/proceedings/bitstream/handle/123456789/1536/1562.pdf?sequence=1&isAllowed=y.
  20. ^ Owen, P., Ahalt, S., Berg, J., Coyle, J., Evans, J., Fecho, K., Gillis, D., Schmitt, C., Young, D. & Wilhelmsen, K. ( 2014): Technologies for Genomic Medicine: The GMW, A Genetic Medical Workflow Engine. RENCI, University of North Carolina v Chapel Hill. doi:10.7921.G0KW5CXC. Dostupné v: http://renci.org/technical-reports/tr-14-02-the-gmw-a-genetic-medical-workflow-engine.
  21. ^ Reilly, J., Ahalt, S., Fecho, K., Jones, C., McGee, J., Roach, J., Schmitt, C., & Wilhelmsen, K. (2014). Technologie pro genomickou medicínu: MaPSeq, výpočetní a analytický manažer pracovního toku pro následné genomové sekvenování. RENCI, University of North Carolina v Chapel Hill. doi:10.7921.G0VD6WCF. Dostupné v: http://renci.org/technical-reports/mapseq-computational-and-analytical-workflow-manager.
  22. ^ Bizon, C., Ahalt, S., Fecho, K, Nassar, N., Schmitt, C., Scott, E., & Wilhelmsen, K. (2014). Technologie pro genomickou medicínu: CANVAS a AnnoBot, řešení pro anotaci genomových variant. RENCI, University of North Carolina v Chapel Hill. doi:10.7921.G0QN64N3. Dostupné v: http://renci.org/technical-reports/tr-14-04-canvas-and-annobot-solutions-for-genomic-variant-annotation.
  23. ^ Webb, A. E. (2011). Analýza propojení, asociace a haplotypu: Spektrum přístupů k objasnění genetických vlivů složitých lidských vlastností (disertační práce). Získáno z kolekce elektronických prací a disertačních prací UNC. (CDM 3992)
  24. ^ Schmitt, C., Shoffner, M., Owen P., Wang, X., Lamm, B., Mostafa, J., Barker, M., Krishnamurthy, A., Wilhelmsen, K., Ahalt, S., & Fecho, K. (2013a). Bezpečnost a soukromí v éře velkých dat: SMW, technologické řešení problému úniku dat. RENCI, University of North Carolina v Chapel Hill. Dostupné v: http://www.renci.org/wp-content/uploads/2014/02/0213WhitePaper-SMW.pdf.
  25. ^ Shoffner, M .; Owens, P .; Mostafa, J .; Lamm, B .; Wang, X .; Schmitt, C. P .; Ahalt, S. P. (2014). „Pracovní prostor zabezpečeného lékařského výzkumu: Infrastruktura IT umožňující zabezpečený výzkum klinických dat“. Klinická a translační věda. 6 (3): 222–225. doi:10.1111 / cts.12060. PMC  3682797. PMID  23751029.
  26. ^ Ahalt, S., Minsker, B., Tiemann, M., Band, L., Palmer, M., Idaszak, R., Lenhardt, C., & Whitton, M. (2013). Water Science Software Institute: Open Source Engagement Process. Proceedings of the 5th International Workshop on Software Engineering for Computational Science and Engineering, 40-47. Dostupné v: http://waters2i2.org/documents/2013/05/water-science-software-institute-an-open-source-engagement- approachach.pdf.
  27. ^ Lenhardt, W.C., Ahalt, S., Jones, M., Aukema, J., Hampton, S., Idaszak, R., Rebich-Hespanh, S., & Schildhauer, M. (2014). ISEES-WSSI Lessons for Sustainable Science Software from an Early Career Training Institute on Open Science Synthesis. fík. Dostupné v: http://files.figshare.com/1796332/ISEES_WSSI_TrainingInst_REV_20141115.pdf.
  28. ^ Ahalt, CS, Bizon, C., Evans, J., Erlich, Y., & Ginsburgh, GS, Krishnamurthy, A., Lange, L., Maltbie, D., Masys, D., Schmitt, C., Wilhelmsen , K. (2014). Data k objevu: Genomy pro zdraví. Bílá kniha od Národního konsorcia pro datovou vědu. RENCI, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, NC, USA. Dostupné na: doi: 10.7921.G03X84K4. Dostupné v: http://data2discovery.org/dev/wp-content/uploads/2014/02/NCDS-Summit-2013.pdf.
  29. ^ Konsorcium iRODS. Podle zákona. 1. prosince 2014. Dostupné na: http://irods.org/wp-content/uploads/2014/12/iRODS_ByLaws_V1120114.pdf.

externí odkazy

Souřadnice: 35 ° 56'22 ″ severní šířky 79 ° 01'08 ″ Z / 35,939561 ° N 79,018753 ° Z / 35.939561; -79.018753