Propidium monoazid - Propidium monoazide

Propidium monoazid
Propidium monoazide.svg
Propidium monoazid-02.png
Jména
Název IUPAC
3-Amino-8-azido-5- {3- [diethyl (methyl) amonio] propyl} -6-fenylfenanthridinium
Identifikátory
3D model (JSmol )
ChemSpider
Vlastnosti
C27H32N62+
Molární hmotnost440,582 g / mol
Pokud není uvedeno jinak, jsou uvedeny údaje o materiálech v nich standardní stav (při 25 ° C [77 ° F], 100 kPa).
Reference Infoboxu

Propidium monoazid (PMA) je fotoreaktivní Barvivo vázající DNA, na které se přednostně váže dsDNA. Používá se k detekci životaschopnosti mikroorganismy podle qPCR.[1] Viditelné světlo (vysoce výkonné halogenové žárovky nebo specifické VEDENÝ zařízení[2]) indukuje fotoreakci chemické látky, která povede k kovalentní vazbě s PMA a dsDNA. Mechanismus modifikace DNA pomocí PMA lze vidět v tomto protokolu[3]. Tento proces činí DNA nerozpustnou a vede k její ztrátě během následné extrakce genomové DNA.[4] Teoreticky mrtvé mikroorganismy ztrácejí schopnost udržovat neporušené membrány, což ponechává „nahou“ DNA v cytosolu připravenou reagovat s PMA. DNA živých organismů není vystavena PMA, protože mají neporušenou buněčnou membránu. Po ošetření chemikálií je v qPCR použitelná pouze DNA ze živých bakterií, což umožňuje získat pouze amplifikovanou DNA živých organismů. To je užitečné při určování, které patogeny jsou aktivní ve specifických vzorcích.[5] Hlavní použití PMA je v Životaschopnost PCR ale stejný princip lze použít v průtoková cytometrie nebo fluorescenční mikroskopie.

Schopnost PMA rozlišovat životaschopné a neživotaschopné buňky se však u různých bakterií liší. Příkladem je, že permeabilita PMA pro grampozitivní a gramnegativní buněčné membrány je odlišná. Proto je aplikace PMA na smíšené komunity stále omezená.

PMA byl vyvinut ve společnosti Biotium, Inc.[6] jako zlepšení ethidium monoazidu (EMA). PMA poskytuje lepší rozlišení mezi živými a mrtvými bakteriemi, protože je ze živých buněk vylučována efektivněji než EMA.[7]

Reference

  1. ^ Qiagen, životaschopnost BLU-V. "PMA Kit". Web Qiagen. Citováno 24. října 2013.[trvalý mrtvý odkaz ]
  2. ^ GenIUL, Foto aktivační systém pro elektronky. „PhAST Blue“. Web GenIUL. Citováno 26. ledna 2014.
  3. ^ „Protokol PMA“ (PDF).
  4. ^ Nocker, Andreas; Cheung, Ching-Ying; Camper, Anne K. (listopad 2006). "Srovnání propidium monoazidu s ethidium monoazidem pro diferenciaci živých vs. mrtvých bakterií selektivním odstraněním DNA z mrtvých buněk". Časopis mikrobiologických metod. 67 (2): 310–320. doi:10.1016 / j.mimet.2006.04.015. PMID  16753236.
  5. ^ Nocker, Andreas; Ching-Ying Cheung a Anne K. Camper (2006). "Srovnání propidium monoazidu s ethidium monoazidem pro diferenciaci živých vs. mrtvých bakterií selektivním odstraněním DNA z mrtvých buněk". Časopis mikrobiologických metod. 67 (2): 310–320. doi:10.1016 / j.mimet.2006.04.015. PMID  16753236.
  6. ^ "Barvivo PMA | Propidium Monoazid | Biotium, Inc". Citováno 8. března 2016.
  7. ^ Nocker, Andreas; Cheung, Ching-Ying; Camper, Anne K. (01.11.2006). "Srovnání propidium monoazidu s ethidium monoazidem pro diferenciaci živých vs. mrtvých bakterií selektivním odstraněním DNA z mrtvých buněk". Časopis mikrobiologických metod. 67 (2): 310–320. doi:10.1016 / j.mimet.2006.04.015. PMID  16753236.